GgaINT0073578 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012004 | PRSS12
Description
protease, serine, 12 (neurotrypsin, motopsin) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9477]
Coordinates
chr4:54454488-54461053:+
Coord C1 exon
chr4:54454488-54454629
Coord A exon
chr4:54454630-54460847
Coord C2 exon
chr4:54460848-54461053
Length
6218 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGA
5' ss Score
7.61
3' ss Seq
AAAATGTATTTTGTTTCCAGAGG
3' ss Score
6.18
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCTCCCATCAGGCTGATGGATGGTGAGAATAAGAAGGAAGGACGCGTAGAGATTTTTTTCAATGGTCAGTGGGGCACGATTTGTGATGACGGATGGTCTGATAAGGATGCAGCTGTAGTTTGTCGACAGCTTGGCTACAA
Seq A exon
GTAAGAAAATCTTTTGAGCTGTTCCTCGAGTTATCCATTTGCTATATCTAACAATGTTGTGCAACTAAATATCACCAAATTCTGTCTGCTTGCATAATAGAACTTTTAAAAATTGTCTGTTTGGCATAATTATAGAAAAGCTTGTTTATGCCACTAACATAAAAAAATATAGACTATGTCTTAAAATTTTCATTAACTAGCAAAACTGGGAAAAGGAATTTTGATGCTCAAAGGCGTATCAGAGTGATTGGCAACTAAAAGGCAATTTAATGCTAGTTATGAAAATAATTTTATCACAAGTCAAATATTCCAAATTACTAAGCCGCTGAATATATAATGTTTTTATTTGTCACTTATGGTGCTACATGTCCGTAGGATACAAACACATTACACACAATCCATTTTTTTAACCCTTGGTTGCACTAATGTAACAGAAAATTTTGTTCATTGTATCTACACTGTGCACTTTCCCATTCAAATCACGTTTACTTTACTTGTTTCATCTTCAGTTTTCAGATTCCTAATTTCTAGTTTGGGGAAATGAGGGGAACTAATATCAACATCTAGATCAGCACACAGGGTTACATGTTCTGTGAACTGTGCAGATTCTCTCTTCTGCTTCTGCTTTTATGTCAGAGCTTTGTGTTTCACCATACTTAAGAGACAGTGTTTGTTCCTATAAAAAATTTCATATTGAATCACCTTTAATCAACAAATCAAAACTGAAGGTATCTGACCTTTAGTGCTTTAGTGATAAGATGTAACAGTAAAGTAATCAAAACAAACAAACAAAAAACCAACCAAAAGCACAGAGGAAATTAAAATGCTTTTCTCATTACATTTATAAATAAAATAAAAATATGCAGAACCTAGATGTGGTTTATGACAGTTTTCTGAGGCTATCTGGAATTTAGCTAAATTCTCATGGATAATGTTTGTATTGTTTCAAAGAGCTCTTAATCTGTTCTCACTGAAAGCTATACTTTTGCATATTGCAAATATTTTATCATTTGTGAATCTTAATGATGACTTTTAACTCAATAGTTTCCAATATAACAGTTATTTAGTTATTTTACTGAAGTATAACAACAGGTCTTTGTCCACTGTCCCCACGTGTGGATATGATTTCAACATTGGTTAAGATTTAGGCACACCAGCTACTCATTTCCCTATTCCATGGAGTTTTTTCTGCATTTCCTGCTCTGTCTAAACTTGATGTAGCTTGGAAATTTGATAAAATTGTTATACAAATGATTGACTTCATCCTACAATAATCTGAATAGCTTCATTTAATATATGAATAGACCTGATGGGACAAAACGCCCTCTAATTAAAACCACTGCAGAAGATAGGAGCCACTTCTGAACTAAGTCACATCCCTTATGAACATTTTTTTTATGAATCCTATTTATCATAGTTATCCCAAGTTGGAAGGGATCCACAAGGATACCTAAGAGTAGTAAAGATAACAGCATAAGGATGAACATATAAATAGCAGGACTAATATGAGCGGAAAGATTTCCAGAACACTAGTGAAACATCTTCTCTGAGTGCATCTGTAAAGAAATCTGAACTTAAAAAATACAAAACGAGCTTTTTCTAACAAAGTTTGTGCAACTGAATATCATCAATTTATGCCTCTTCACATAACATATGCCTTTTAAAAGTTGTCTGTCTGGTATTCTTAAAAAAGCAACAAAAAGCACAACATATGTATGCTATAACTAGGAGCAGACTGCATCTTCAAAACTACAAAACCTGACTTGTATTATCTCCTACCAAAACATTCATTTAGTCTGCTCCATCCTCTGCCTCTCTGGCTGTATATTTCTCCCGCAGATTATCAGACTCAACCATTTATCCATACCTTCTCCTTTCAAGCCTTTGCAAAGACAGATGGTTGTCTAAATTCTGAATTTCTGTCATGAGAGGCCAAGGGCTTAAGTTTATAGGATACAACAGAATACATGTTTCCTGAAGGACTTAGGAGAAACACATTTTTGAAGTCTAAAATTAGGTTCCACAAGTCGGTAAAGCTTGTTGGAAATGGATCTTGGCAGCCCTATGTGTAGACACTAGCATTTCACAATTGTGACTACACTATTACATGCAGTGATGAGCTGGAATTGCTTCCGGGCCTGGGAATTCATGAATAAATCTCTTTGTTAAAATTCAAATTATATTCAGTGATGACTTGACTGTTCCTAAGCACAATTTGGGCTTCTAGATACATATATCTGAGCTGGGGGTTGATTAATGTTGTTTCTTTACATTACAACCTTTTCCAGGAGGAACTCACAAAGTGCCTAATACTGATGTTAACATCGGTTTTCATTAAGATGGATCACAGGACTAAACATTATAATTCAAATCCCTTTATAATGCTGTGTTCAATTCCCAAGTCTGGGGAATCTTGAACATACTTAGCCTTGCATCACATTTCTTGGGAAAAAAAGAAAAACACAGATTTAGTATTACAAATGGGAGAAAAGACTGTCTTAGAACAGAAGACCTATGTAAATAAAGAGTAAAGATTGAGAACATGGGACTGAGTTTTTCCTGCATATATTATTCATAATGTCAGAGGCTAACTGTACATTTATTTTATGAAATCCTGTTTTGGAAAATTCTCAGCTACTTATTAGTGTTCACTTATGAGACTGAAACAAGAGAAACTCTGAGTTGGCAAAATCACTATGTTCAAAGCAACGCCAGTTTTAAAGATGCTTCATTAACCTAGTGTGTCAAACAGGATTAATATTGGAAAAATATAATATTTTTCACAACAACAATAACAATATAAAGAACATCAGAAAAAAAAAATCTTGGAAACATAAAAAGAATAGCAGCCTAATGTAAGTAATATTTGTGGCAGGTTAAATGCTAAGAGAATATGCACCTTTTCTGAAGTACAATCTAGTATGTGATTAGCTTAGCGTACAAAAGAGTATTTTAATAGAGTGAGCAAAGAGAAAAAGGTTTTAGAATCCTTTGCATTTTTATAAGTAACTGTGCCAATAAAACCGGACCCTCCTCATTTACATCAGGCTTATAAGAACATACTTTCCCACTCAGTCTCCACCCCAAAAATCCTGCCTTAGTCCTCCAAAAATTATCTACTACAGAGAAATAAATATTCTAGGGAAGTTGGTTTTTTGAATTAATCAACTGGATTTCTTGATTAATAGCATTATTAACAGTGGTCATACTGCTTCCGAGGAGCTAAGCCTAAGTATAGTGTGGTGATTTACAACAAATTAGTTTTCAATATCCTGAGCAATTTTAGAGCCATGTCCTAGGGCAGGAACTTAGTATTTTGATACAGAAATACCTAAACCAGGTAAAATTTTGCAATATGTGCTTGTGTTGTCCCAGCATTTTCTAATATCATACATGGACAGATCAGCTGCCCATGAGTATGAGGGAGTAAACATTTTTCATCAAACATTTTATTTGTCATCAGAGTATCCTTCACAAAAGAAAATATCTGGAGCAAGAGACACATTGCTTGTGATTGACAAGATAAATCATAGTAAACTCATTAGGCAAAGATTGACCTATTCTGGTTTGAAAGTATGTTAAGGCTTTGGATTATCTGGTAAATACATGGTGGCCATGGAAATTAAAAAATGTCTAAGGACAGTTGACCTTGTGGTATCATCTCTGTTAGCTGGTCTGCACGCTTCCCTTTCCTGGTTTTCTATAATTCATGAATTCTAAATAACATTTCCTACTTAGGAATCCTGTGCCCTTCAATATGTGGTAAAGAAATCCAAATAGGCAAGGTTTTCTATGTGCAAGTTCAAAAAAGGAGGAAGCTTGAATTATAGCATGCTCTATATTATGAATTATATGAATATAGACAATTGAGTTTGATTCAGCCACATTTCCAGAGTGAAGAAACATTGTAAGTGGTATGACTCATCAAAATTTCTCCCCAAGAAAGAATCCCTAGCTGATGAAAGTATATAACTCATAGAATCATAGAATCATATCAACTCTTTATGACATTTCCCACATATCTTCCTCAACACTGCAGGCATAAGAAGAGATATAAAAATAGAGATGTAGAAAGAAATATTTTCTTGCCTAATACACCTTCATCATTAAACTCTCTTTCTCTATTCTGGCATTTCATTGTACATGCAGTTATCCTTCTGCATACACAGAGGTACTTTCCTATTATTTAGAATTCAGTATATTATATAACAACAAAATATCAGGAAAGCTCTTAACTGATACATAATCTTTTAATTCAGACACACCTAAAGCAAACTGCCCAATTCTCTACAGAGAGCTGGGTTGTTTCCCACTAGTAGTTCTTTCTTACTCTCAAAACATATACAACAAAACTGCTATCAAGATATTATGAAGTGTATTCTAAATACTTAAAACTAAACATCTATCACAAAAATCACCAAATGAAATAAATACATGCACAAATCATGGCTCTTTCTTTTTGTTTGTTCATTTCTGAACTGCTTGTTCACTCACTCATTTGGATAAAAGGTTGATTACTCAAAAAAGGTCATTCATACAGCAGACGGCAGTCACTGCTGAAGCTACATGGCACTACATACAATCCATAAGGATCAGAACTTCAAACCACAATAAAATGTCTCAGGCTGACATTTAAATACTTACATTTGATATTTATCCTTACACAAGCATAGGATTATTTGTAAAATGCCTTGAGACAGATGTATTAAAGTGCTACTGTCTTGGTTTTGGCTGGGATAGAGTTAATTTTCTTCATAGTGGTTGGAAGGATGCCATGTTTTGGATTCAGGAGAAGAAACAATGCTGACAGCACACAGACATTTTAGTTGTTGCTGAGCAGTGCTTACACTAAGTCAAGGGCATTTTAGCTTCTCACACTGCACTTACAGCTTGTTTTACCTTTTTCCGATTCTCCCTCCCATCCTACTGTAGGAATTTTGAGTGAATGGCTGCACAGTGCTGAATTGCCTGTTGGGTTAAACTGCAGGTACCAAGGACTT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Seq C2 exon
AGGTCCAGCAAGAGCAAGGACAATGGCATATTTTGGGGAAGGCAAAGGCCCAATCCACGTGGATAATGTAAAATGTACTGGAAGTGAGAGATCCTTGGCAGACTGCATTAAGCAGGACATTGGAACACACAACTGCCGTCACAGTGAGGATGCAGGCGTCATCTGTGACCACCTAGGCAAGAAGGTCCCTGGGAACAGCAACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012004:ENSGALT00000019591:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.167 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0053013=SRCR=PU(41.8=85.4)
A:
NA
C2:
PF0053013=SRCR=PD(57.1=80.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]