DreINT0131762 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000037362 | scube2
Description
signal peptide, CUB domain, EGF-like 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050302-80]
Coordinates
chr7:28309462-28315760:-
Coord C1 exon
chr7:28315554-28315760
Coord A exon
chr7:28309633-28315553
Coord C2 exon
chr7:28309462-28309632
Length
5921 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGT
5' ss Score
8.95
3' ss Seq
TTGAGTTTTCTCTGTGCTAGTCA
3' ss Score
5.69
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGAGGGCTGTGACCTGACTTGTGTTCGGCGGCGCTCTGAGAAGCGGCTTAGGAAGACCATCCGTACTCTTCGCAAGTCCATTAACCGAGAGCAGTTTCATCTACACTTTGCTGGATCAGAGTATGAACTGGCTAAGAAACTCGTCCGACCCGCTGACACACCAGATCATTGCGGCACTGGACAAATTCTGCTGGATAAAAAATGTG
Seq A exon
GTGAGTCCATTGTGAAAATATATGCTTATAGTAGTTAGTGCTGTTGCAACAGGTCTTTCTTTACAAAATTGTTCTTCATTTTAATTAATTGACAGCTGTAGTTTCAAATTTGTTCATCAAGTTCATTAAGAAGAAGATTATTGAAGGGTGCAACATGTAAGTTTGACACCCAATGGTTGAACTAGGTATTGTACTCCTGGTTGAAAACACATGCAGGAGCAGGTTGCCAGATTGACGACATCAACAAGAGTGTGTCTGTCAAGCCTGAAATAAGGCTGAAACCAGGCCTTTCTAAATAAAAGCAATGACATGCGGTAAAAAAAATAGTTTGCCTCATTAAAAGTATTTTTTGTCCTAAAAATCCTGAAATTTCTATTTTAGAAACGGCTTCTATTTTTTACAGGTGAACAACAGGATGAACTATAATTACTTCAGGTACACCTTACGTGCTTTATTCAGTGTTAAATAGTGTGAGTTTGAATGGCATTTTACATGGCATTTATTGCCATACTACTGAAAACAGCAGCAAATAGTTCACCTCAGATCCTGGAAATAAAATATTTCGTTAGAGTGCAGTAAGTGTACTATTCTGTGCTTCTTAATGGCTGTATTTAAATTTTTGTTGTTTTTCTTCAGGTGCAAACAGCCAAATTGTTTATCACTGCAAATCTTGTCATGTAGCCTGTTGTTAATGTTTACGTTTGTAATATTTATATTATTTGCTAATTAATAACCTCCTCATGTGGAACTCTGAATCTGCGTCTCATTTCTTTGGCTTTTACTGTCCACCGGAGGTTGCATTTTCAGTCACGGATGCATACCTTGCAAAGCCTTTCTGACTGAATAAAAAAATGCTGTTTTCCATCAAGGCAACCCAGGGTGCTGAAATATAATTGGCTAAACTGGCATTGGAAACATTCCTTTCAAAATAGTAGTAATGTTTATATCTAAAAATACGAACACTACCGAACACATGATAGATTTGATTGCTCCGGTGACTAGTTTAAAATGATATCGGTGCATTTCTTGGATGGTTATCGACATATAAATAGGTTGTGAACTAAATATTTCACTGAATTGGATTGACTGGACCCTTTGTAGTGTAATTACACTCTGTTTGTTGAAATTTTATAGATCTGTGGACATACAGGAGGCATAAAGTTAGTTTCTTCAGTTTGTTATTGTTTCTGCAGTTTTTGGCAGTTTGACAAAGGCACTAATTGTGTCTGCTGTGTTCATTGTGTCTTCAAATGGTTGGAATAATTTTAATCACAAGATTCTTAATTTTTAAAAGATATATGACAAGTTTAGTCTTTTTGTGGCAAGTGGTTATATTTTGCGATGTTCTGACATGTAACGCAGATGTTCAAAGCAGAATATCTGACTTCAGCACTGTTTTCAGATAAACAAGAATGTTCATTTAGCATTTTTCTTAAATATCTGCAAACATATTACGGGATTTTTATGGGTTAGAAGAGTCAAAAACTTGCATACAGCACTTTTAATTTTACTTAACACATTAAATCTGGTTAAGAAACTTCCCCAAAAGAGATAAACGTTTCAAGTCATTCTTGTGTTAAATGTGAAAAGCATAGACATGGAAAATTAGTTCAAGAAATAAATTCTGAAATTGAATATAAATTGTGGTAAATAACTAATAGTTAAGTCATCAATTATTTCATTCATTTAAATGACTGAATCATTCAACAACAAATTAACTGGCTTTCTATATGAATAGACCATTCAATCTTTGGTTTAACTGATTCCTTCAAAATGCAGATTCATTCAGAAAAGAAACATTGTGGTAAATGCGCTAAAACTTTAAAAGTCCCACTACTAATTAATTAAATTAACATGTTAAATCAACATGATTAAAAATGGTTTTGCTGCCATTGCAAAATTAGTACAGAGAACTACTGACATTTTGGCACACTGTATTATATTTACTTAGCATATTAGCAGTTTAGGTCACTGATTACGTCTAGCTGAAATGAATCGGCAGTATTTCAAATTATAGAGTATTTCGGATAGTAAAATAGTAGAGATTTGGTAGTAATGCAGGCCAGGTAACTGACAAATATGAGGTGTTTTATATAGTATAATATGTATTGTGTGAGAGAGTTGGCATGAGCGAGACTGGGAAGCATAAAGCTGATGTTGGCTCTTACAGCTGAATGCTGTTCCAGCACTGAGTGACAGACGTGCTTCAGATCAACTCGGCACAGTAAATGTTCATTGACTTTCTTCAGGCTCTAGAATAAACATCTCAATGGGTCTGCATGTGAGGAATAGCCAACTCTTTGTCTGGAGGACTCATTGTGTTTAACATTATCCCATTGACTTCATTGTCTTTGACATAAGGCCCTGTCTTTTTAAGGGGACTGTATTGCTGAGGTTGTTTGTTATCTTTTATTGTAGAAAAGTCCATTATCTTTTACAGGCTCGGTTTCAGCGGTAATACAGACAGCTAGAGGCTCTTAGCTTTTCAAGGGTGTCACTTGCTGTAAAGTGTTCTTTGTTAGAGTCTATGAGTAAAATGTTATAGCTCTGAGATCGCACTTTCATAGCTCCAGAGACTTAATAGACTCATAACTCTGGTGTGTTTTGTCCAAGTATCATTTATTTCTGGGATGTTTCAACTTTAGTTTAATCTTGGAAGAATATTTAGAGATTCAAGTTCATATTGAAATGTCAGACTTCAGATTGCTGCTTGAGATTTGAGATTTGGTGAGATTTTGGAAGAAAGTAAAAGTTCAGATTCTGAAAGGATGCATTCATGTGACAAAATGTCACAGTAAGACAAGTTGTTTTTTATATTGTAAAGTATTATGAACAACTTTTAGTATTGCTGTAATGTTTTAAGGATCTAATTGGCATAATAGAATTATCAGGTGACATAAAAGACTGGAGTAAATAAGGAAATTTTTATATTTTAAATCAGATGTCTGTTTTGTGTTTGTGATCAAATAAATGCTTCCTTTTTTTCAAAAATGTTCAAAAGTCTGTGTAGATTAGTTGTCTACAAACATATTGTCGCTACATGTGTCTATTTTGAAGTGGATTTTGGAGTTTGCATTGGTTCAATCTGTTGTTTCCTCAGGGGGATTTTGAGTGTTTGTTCCACTTTAACTGGAGTGGTTTAGTTCTCCAATGGAGAAAGATTATGGAGGGGAGTGAAGAGAGAAAATTGGTGACCGCTGACCCGCTCCTTCCTCATTGTTTTACAGATCCCGCAAGTCCCACAAGTCCAACTTAAAGCAATAAAAACCTCTTACCCAAGTTGGGTTGCAGTGTTTTACAGATACAGGCTATATGTTTACATCTCATTTAACATGCTCCGAAAAACATGCCAAGTGAAATGTGCACACTCGCCAATAAGTAATTAATTGAATCCATGCTGAATATGGGATTGTTAGTATTGCTATTTTCAAAAGCAGACGGACAATTAAGGTACACAGACGTGCAGTGTCCAAGTGCCAGCTCTGAAAAGAGCTATATTTTTTTCCTACCTTTTTTTTTGGCCTCCCCCACTGGCTCGCTTCACTAAGTGCAGTTTAGTCTTTTCAGTTTGCCCACTCCATTGTAAATCCCAGTGGGGCTTGTTCAGGCTCCTGGAGTGATTGGGGAAAATCTGTGCTTCGACACTTCTTCCCAGATTTACAAAACTGCATTTTCTTTCTCAAGTGTGATTATGAAAGATATTCTACCTAATTAAAGGCATAGCTCACCTAGTAATTAAAATTCTGTCATCATTTACTTACTCTGATGTTGTTCCAAAACTGTATGACAGAATGTCTGTGGAACATGGTGAAGTTTTAAATATCCCAATGATTTTTCCTTCATTGTTTTTGTGAAACCCAATGACTTTCAGTGAATGAACAAGAACATTCTTCTTTCCACAGAAGACAGAATGCCGTATAGGTTTTTGGAACAAAATAATAATTGAATGTTTATCTAGGGGTTAATTTATTTAAAGGCTCTCTGGACCCCAGAATTATAATTTTGTTATTTGTTCATAGTCATGTTGTTCTAATTGTGTTTATAGTTGAAACAAAAAAAGGAAAAACAAGTAATGAAATCTGAAAAAGTTCTATTTTTCCAATAAAAATGTTAATCCAAAATTTAGACATTTTAAAACATTCATAGAGAGATTAAAAAAATATGAATTTGATCTTTTATAAGATGAATTGATTTAATTTAGACTTGACATATATTCACTGATAAATGCTAAAGCAAAACGTGTATTACCATATTCAGCTTATGCTTGCTTGATGTGTGCTGACTAATGAGCATTGGTCAGCACCATTTCTGCATGTCAACCAGGAGCTTCTGTTTACACTCACTCATCAGTGTTTATATGTTCAGCATACTGTATGCGCAATCACCACAAGGATTTATTTAGAACTTTTTTATGATTTATGACTTCAACGGAGTGGCAGAATTTGCTCAGATTTGATTAAAAATATAATCATATAAGTGACAAAGATGAACAAAAGATTGACAGGTTTGGAACAACACGAGGGGAATAAACGGTGACAGAATTGTCATTTTGAGATAAACTAAACTTTGAAAGCTAGAACTTCATTGACATTTGTACATTGTAATCCATTCATTAAGTGTTACCAAAACACACAATGAAGAACTCTAAATGAACATCAAAGAGCTTGCATAATTTCAGCCCTCTCAGCTGCCGCTTTGCTCTCCTGTCCATAAATGTGCTAAGTTATTGTTTGCTTGTTTGTTTTTTTAGGGGGGTTGGTTCAGAGTGCTGTTTATTCAAGCAAACAGTTTAAGTGCCAAATTCCTCCTTAGGAAGGGCCACTCTGTGTGACCCCAGCCAGTGAGCAGCTCAAGAGAATTGACTTCAGCGACACCATGGGAATCAATTAGCATCAGCTGTTTGGGCCCCTGCCTGATAGGCGCAAGGAGCGATTGGACTCCACCGAATGGGGGGATTCACAATCCTGACCCCTTTTATTGGGTTCAGCTCCTTACCACTGTGATACCATGGTGTTTGCCTATGTCATCAAATAGGCAAAAGCCGGGGGACTTGAATAGAGGTGAAAGGTCCTTTAAACCTCTTTGGGACCATCAATTTCAGGATTCAATAGAATCGTCGCTTTGCATTTGAAAGGCTTCAAGGTTTTTTTTTTTCTCGCTCTCTTTTTTCAATCTTTCACTCTTTTCCTTTCCTCTCTCTTACTCCGTCGCTCTGTCAAATAAAAGCCGGCCCGGACAATGTGACGGTGGCTCCTCATGGTCATTCAGGATTAACAAAAGAGAGGAAAAAAATGAACTGCTCTTGAGAGAATTACATTTTCTTCTTCTTCTTCTTTTGGAAAATCGGGCAATTTGCTGAGGCACACATAATTGCCATGCTGTTTAAGCCTTTGTGGAATTAGCCGTCATTACCATAAAATCTCGGGAATAAGAGGTTTGTCTAAATTCTCCCGAACACTGTCAGTTGGATGTTTGCACAGAGACACTGAGATGAAAGGAACATTTCTAAATTGCCATGCTTACTGGGTTAAAGGACTGAATCGTACGGGCGAGTGGCTTATTTTAAGGCCGAGTGTGTGCAAACACTTTTGAAAGCGTGGCTATAAATCAGAGCGGTTTATAAAGCGAACATTAAAAAGACTTTGTTCCGCTCCCTTTAATCAGACATCATAGGTTTGTGCGAGGTAATATTCCCTTTGAGCGTGTTCGGTAAGGTGAGGGATTGTGTATGTGTGTGAGGGCTGTTTGATGTGGGGTTCAGGCAGCTGTGGAAAGGCTCAGTTCTCTTATTTGTTTGAATTTTTGGCATAGCTACATCAGGTCGATTTGCAGAGCCCCCTTTAGCAGCTTAATGTGAGGCCCTTCTTTGTGTTCCAACTTCAGACTCCGTTTCATCTCATTTTGAGTTTTCTCTGTGCTAG
Seq C2 exon
TCAAATGCAGCGTTGGCACATACTACGATGGAGAGCAGGGGAGGTGCTTTCTTTGCCCCCCTGGGACATACCAAGATGAAGAGGGGCAGGTGTCGTGTGACGTGTGCCCAGGACCCGAGGGCAGGGGAATCCCGAGAACCGCAGGAGCACGCAACATCTCAGAGTGTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000037362:ENSDART00000054366:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.043 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF076998=GCC2_GCC3=WD(100=87.9),PF075629=NCD3G=PU(12.8=10.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]