DreINT0132132 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000099554 | sec16b
Description
SEC16 homolog B (S. cerevisiae) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050208-274]
Coordinates
chr6:23820685-23824124:-
Coord C1 exon
chr6:23823979-23824124
Coord A exon
chr6:23820747-23823978
Coord C2 exon
chr6:23820685-23820746
Length
3232 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTAGA
5' ss Score
4.15
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTTAATTTTAGGTA
3' ss Score
12.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTGTGCCCGTTGAGGTCGCTCCACTCAAGTTCAGCATCCCTCATGTGGCAGTGAGTTTTGGGCCGGCAGGTCAGCTTGTGTGGGTCAGTCCAGCCCTGGCCTCTGAGGGTGAGCCTGCTCAAGTGGAACTCCACAGCCTGGAG
Seq A exon
GTTAGAAAAACATGATACAAACTTAAGTTTTAAGGCATAGTATGAGATGTTGGGTTGGATTACAGTTTTTTACAGATGCTAGTACACATTTCTCAATACTTTGGTCACTTTTGCAGGACTCTTCACACAACTGAAGTCCATGTGGGCTAAACTGAGGATCAATTATTATTGTTTTGGCACAAAGTCCATTCAATGGCTACATCTCTCAAATTTCATAAATTCTTTTTTCACTCAGACACAACTGCCAAAAATCTTTGTACGTACAGGACATTTTGCACATGCTTACATACTGTTTTTAAAACTGTTAAACTTATGTTCAAAATAATAACAATGCAAAACTGAAAAAGACAGCAAAATTCGACAGCAAAATTTTATTGAAAAAATTCAAATTATGTAACACATTATAATAAATAATAACTACACACTATGAAACATTTAATAAGCATTAGCATCTGGTGAATTCATTATTTGTTGAGCATTAACTCTACATTAATAAGCATTAATAAGCAGTTTATAACTGCAGCCACAAATGCTGTATTCTTGACTTATAACCACATTTATAATGTGCTTAATAATAGTACTTTCATACTTTGCAATTGGTTGCTTTTTAATTACTAAATGAAGTATTGCATTATTTACAAACCATTTGTATTTAAGAATAGTTGGAGGTTTTTAAGATAATTCAGAATGAGTTAGTAAATGATTAATTAACTATTGAAATCAACATTTATGTATCTTATTATTCAGGCGTATAATAATGGTTACTATGCATGTTAACAAATGCTTTATTAACAGAACTTTGTGCAGTTTGGAAACCTAATCTAAAGTGAGGACTATTCATGCTTTATAAACCCCTTGACAATTAAAGGCTTGGCATCATATGAACAATACATTGTTGCAATCTTGTCTAAAAAGTATTGCCGAATAACTGGAGTGTCAATATACGACATCAAATTGGATAAAACAACAACAATATAATAATTTAACAATATAATATTGTGCAATGTTTAAACTGTAGTCATTTGATTTTAGATAAGGCTGCAAAGGTTTACTTTTTGTTTGATACAGTTTCATTTGTGTATCTTCAAATAATTAGAAATCAATGTTGTTTAAAGTTGTTTATTTTCTTTTTTCCTGTTTAGAATTTAACTGAGCCTTTAATTGTTATTTATAAGGGATTTTAAAGCATAAATAGTCCCCACTTTAGATTAGGTCACAAAACTGGATGAAGTTGAGTTAATACAGCATTTCTTAACATACAAATTAACCATTTCTATATGCCTAAATAATAAGTTATAAATGTATAAATTATTTATAAATTTATAAATAAATTATAAATGTTAGTTTTAATAGTTTATTAATCATTAACTAACTTATTTTGAATTATCTTAAAAAACAACCAACTATGCTTAAATAAATGGTTTGTAAATAATGCTATATTTAATTTAGTAATGAAAAATTCATCATTATCAAGATATCAAAGTACAATTATTTAGCACATTATACATTTGGTTATAAGTCAAGAATACATCATTTGTAGCTGCAGTTTTAAACTGCTTACTAACATTTATTAATGTAAAGTTAATTAATGTTACTCAAAACTAAAAATGCAGTTTAACCAGACAGATTAGCATTACTACTATATCTGTATCAGTGGATGGTGTGTATACAAATTCTTGTATTTTGTAATTAAATAAAATAAATAAAAATAAATAATTGGCATAAAACATTGACAAATTCTGCATCATGTCTGATTAATTTCAGTCACATATATTGCGGTTATAAACAATATATATTGCAATTATAAACAGAGATGTGTACTTGTTTTACACAAGAAAACACTGTGTAATGCTACATGTTAATGCTCTTTTTAGGTCATTGTTTTGTGGGTGACAAAGTGTGTTTGTTGGCTATCAACCTTTGCTAGTGTTCTGGAGCAATGAGTTTATTTGAGAACTGAATAAAATGTTTTGGTAGTTGTAGTGTATTTTTAATGTGAAATGAACTGTTTTGCCAAGATGAAAGTCGATTAGGAGAATTGTGTGAAGAGTTTTGCAAAACTTACCTAAATAATGAGAAATGTGTCCTAGCATCTGTAAAAAACTAAAAATAAGAAGGCTTAAAATCCTAAACTTTGGAGTCTCTCTGATTTTTTTTAGGTTCAATAATTTAACTTTTAATGATAATTAAAATGTTCTAAATGTGATTAGTCCAGTTGCTGTTTACAGTTTTATTCCAACTGCTTACACATTTTCAAAACAGTGTCACCTTTTTTTCAAAACTCTACACACAATTCTCTAAACTGAAGCATTTGCATCAAATGGCAGACACTTTTTTCACTATAGTAAATGTTTGGATAAACCATGTAAATACTGTTGTTTTAAATCTAAATCTCTTTGCTCTTTCATTGGCTTATATCTACATTTCAATAAAATGTTCAACAGTGACAGAACTGCTGAGAGGAGTAACCAGTATATAGACTAGTATATAAATTAAAAATATTTATTAGGCCAAACATTACTAGTGTATACAGTAGCATACAACAAAACCATAAACATACTGGATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGTAAAGTGAAAGTATTCTCCAGAAGACAGTAAAGAACACAATTGTGTGTGGGGGTTTTGGGGGTGGAGAGCATGAATTGCCTGGAAAGGTGTCATGCTGGCATATAGATTTTGAAAAAGTGGATATGGGGTAGATGCAAAACTACAAGGTTTACATAGGTACATAGGTGGCGAACCAGGCTTTTTTTTTTTGCACCAGAACAGCCTTTGACCCATTTATAGGCATATACTACAGTAAAGCAGTGATTGTTTAGTGATCTTTTAAGAAATAAGTGTTTCCACATTTAAGCAGTGAGTGTGTGTGTGATCTGGTGAATAAGTGTAACATTTTCATTAGTTGTGTTTGGAAAAAGAAGTCACTTCATGTAAGATTTTTGTGGTTTTGGTAGAGTTGTGTGTAGTGTTTTTAAAAAAGTGTCTAATGCGATTGAAGCACAGGACTGAGAAATAGCTTCTGGTTCTGGAGATTTGCTGTGCAGTTTTGCAGTTTGAGTAAGAAGTTTTAGAAATTGTGTAATAAGAAAAGAAGAGCTTAACAAAAAAACTGTGTTTAAGCAGTTGGAAAAAACTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATAAATGTCATACTGCTTCTGAAGTTTTTTTTTTTTTTAATTTTAG
Seq C2 exon
GTAATTCTCTGTGACACACATGCACAACACGATATGAGAGACTTTCCTGGACCTCTGGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000099554:ENSDART00000160547:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.095
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF129322=Sec16=PU(33.0=69.4)
A:
NA
C2:
PF129322=Sec16=FE(19.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]