DreINT0153757 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000044433 | sned1
Description
sushi, nidogen and EGF-like domains 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-100913-1]
Coordinates
chr6:27500176-27507054:+
Coord C1 exon
chr6:27500176-27500359
Coord A exon
chr6:27500360-27506941
Coord C2 exon
chr6:27506942-27507054
Length
6582 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGC
5' ss Score
7.16
3' ss Seq
TAGTTGTGTGTAACCCACAGCAC
3' ss Score
4.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCCTCGTCAGGTGGATCAGCTGGAGGTAGTGAACGTGTCGTCCTCTCAGGTTTGGCTGCGGTGGTTGGTGCATGTTGGACGTCATGCTGCGATCAGTCAGGTTCGAGTGTCTCTGGTGCCAGCTGATGGTAGTGGATCTCGCACGGCCGTTCTCAACAGCAGCGTCACAGATTACACCTTCAG
Seq A exon
GTCAGCAGCACAAAACACAAATAGATGAAACAAAGCTGCAATTTAAAGAATGAGCAAAATGCAAACGCAATGCAGAGTCAAGACTAAAGCTTGACATTATTTCAAAGGATAGTTCATCCTAATCTGAGAACAGATTTTTAATTTATGGGTGAACTTTGCCTTCAAGTATGTAAATTATCTTAGTATTCATTTATTGGCCTTTTTAGTATGTTGAAGCTTTCAGGTACTGCTGGATATGTTGCTGATGAGAACATGCATATAACGCAATATAATAATTTATCTCTGGCCTAAAAAATATAGCTGTGTGAGTATGACCAGAGCAGAATGTGTTCACGAGCACACCATGAAACAAGAAATAGTAGTTCCACACAATATCAACCACTAGATGGCGCTAGCTCATGCAGTACTTGACTGCTTTTCACTTTCCAAGCAAACGTAATATAGGTTATGTTAACTGAAATGGTTAGTTCAATAATAAACATTGGTTACATTTAATTGGCTTTCTGTTTATTCTTTTAAAACCCTTCAAAAGAGTCATGCTGGCTTGTGTGTACCACATGAATGTAAATAGCCTATATATGACACACTTTTGAACTTATCTAGAAAAAAGTAAATAAGCTTGCTAATTTCTTACCTTTGAACTGGAAATATATCCCCTGTATTTCACTTACAGCCTCTTGAATTAAACTGCAAGAGTGTTTTCTCTTTTCATCTATATTTTTTTGTTAAGGTCCATTGTTTTAAGCTTACTATTATAAATACATAAAAGTAAGCAGCACTGTGGCTTAGTGTCACCTCACAGCAAGAAGGTTGCTGGCTCGAGTCGCGGCTGGATCAGTTGATGTTTCTGTGTGATGTTTGCATGTTTTCCTCATGTTCATCTGGATTTCCTTTCGGTGCTCCGGTTTTCCCCACAGTCCAAAGACATGCGCTGTAGGTGAACTAGAAAAAAAACTAAATTGATCATAGTGTGTTTGTGTGAATGTGAGTGTGAATGGGTGTTACCTAGTGCTGGGTTGCAGTTGGAAGAGCATCTGCTGCATAAAAATCTGCTGGATAAGTTGGTGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCTGATAAAAAAGGGACTAAGCTGGAGGAAAATGAACGAATGAATGAATAAATGAATGAAAGTATTGTAATTATTATAAAAGTTTTATTATTATTATTATTATTATTTTTATTATTATTAAAGTACTATTATACAATTATTATTTTAAATAAATACCAGAAATCAATCCAATGTTAAGACACAACTGGAGTGAAGATCTTCTAAGAAATTGTATGCATGAAATTCAATTTCATATTACAATTCTAGAGAACACAAAAATGTGTAGAATTATCTTTTGTCTAAGACCTGACTCTGATGGAAAAGAATTAATGTTATTAAGTCTAATTTTCTCTGACTGATCATCTGTCCTTTGTGCTTCATAAAAAAAATCATCTTACAGGAGTAATGTTTAGTCAAAATATGATCATCATCATATTACTTAAACATTAGCTTTACCAACTTCCAAAACTTACTGAGTGCCGACACCTCTGAATCAAAGGCTGTTGTGCCCGTTTCACAACATATGAGCGGTGTATAATTTTTTTCACCATGCGTGTTAAACAACTAGGATTCACACCGGGAGCAGAAGCAATGGGTGAGGCACGCGGGAATGGTTTTCTGTGTGTATGTGTCAGTTTGTTTTCAGTTAAACTATGTTGCTTTCGCAAGCATTGATTCGGTTGTACATAGAGAATAACATCTTTATTCTGGGATTACCACTCTTAATTGATATACTTATATATAAAGTAAACTTTAACTAAACACATTAACTGGAGCACGGGTCATTTTTACTAGACAAGAGCATGTGCGCCTGTAAATGCAGTCTAGTGATGCCCCTGGTAAGGACATCCGTCCATGCACCCATCCATCTGCCTTTGAAGGATATATTCCTGATCCTCAGTTTCCAGTAGTTGCTGAAGTGTGTGATTCCTATTTTTCTTCACATGCTGCACTCCTGTCTGTAAAAGACAAAGACAGGACTAACAAAGCTCTACATGCTTGCTGAGCTCCAGCAACAGCACAAGCTGTTCCCCTTCAGTAGGAACTATCGCATGTACTGACACTTTGGGAGCTCGCTAGATGACCAATTACTCTGAAGAGTAAGAAAACGGGCCAATGAATGCCTTTCCCACAGGTGCTGGTGATAAATAATTAGTAGAGTATATAACCAGCACATGTGGAGCAAGCTGTTAGACTTTTTGCTTTAGAGCCTCATGAAAGACTGAAGAGAACCATACACTAAGCTGTCTTCCATAAAGAAAGCAGTACTTAATCCAGACCATATGACAACGCATAAAGCGGTGGCTAAACTGGGTCTATTTCCAGGGCATTTCACTGGTGGCTAAAAGAGCAGTCTCAAATAAAAGAACAGATTCCCTTAAGACAGGGTCGAGCAATGCATCTTTTTAAAGATTTCATTCTGACTGTGCGTTTCTGGGTGCAGTGATTTCCTCTCCCCAGATGACGTGCATGAGCATTGTGTCACATCTCTGGGGTTCAGCATGTTGAGGCGGTGCTTTCAGACATTTCATGCCATCACAGCAAGGGCATGACTGTTGTGCAAATGAGGTCGCAGCATGCTCTAGTATTAGGCTGTGCCACCTCAAGTGCTAAGTCGGTTAGCACTCGGGCAGACCTGAGGGTCACAGTGGGGACTCATCTGTCACCTTCGGGCCGGCAGACCCCTCATTCCTCCATAGTGTGCTCCATCCTCCATAGTGTGCTCCATCCAAGCTTCAAGTGAGTGTGGCGGTGCATCCCCAGAGATGGCCGCAGTCTCACTTGATGACACAGCGGACCAGATGTGTCCTACGCAGCTTCAAAGGGTGGGCTTACATATCCTGATGAAAGTCCGAACCCGGTCCCCCCCTCCGGTGGTTGTGAGGTCTCGGACCTGGAATCGGATATGTTGGCTGTGCTATCACAGCTGCTTTGCTGGTTGGACCGAACATGGCTGGTCCTCCAGTTCCACCGCTGGACAGACTAGGCAAGTGTTACATAAGGGCCAAGAAGAGAGTCAAACCCTCCAAGACCCCCACACCCTTCTTACTAGAGATGTTCTTACACAGTGAGCTATCGCAGTCACGAAGGGCACCTTTTTCTGCTCAGTCCTCATGCACTCCTGCCCTCACCACCCTTAATGGCAGAGCTACCAGGGGTTACAATGCGATTCCCCAGGTGAAGTATGCTAGTTTGGTCAATCTTTGCCCGCAAGGCACCACCGCCTGGAAAGGTCAGCCTAGATTCCTGTCCAAAGCACTTAGATTATCTGAGTCTCTCACGGCCAAAGACTACACTGCTGTGGGCCAGGTGACCTCCACCTTGCATGCCAAGAGTTGCATGAGGTCGGTTCCTCTCCAGAATTATTGCATGAGCTTTGCACAGCAACCCACTATGCTTTCATGACCACCAAGTTGGCAGCTTGTGCCCTTGGGATGACGATGGCCACACTAGTGATCCAGAAAACGCTACCTCTAGCATTTACTAGAATGACACAGACTCTGGTAACCACAGCAACACCACTGTGCCGCCGCCATATTAGATCATCTTAAAGGTCCAGTGCGCAATTTCCGTCAAGCACTGTCTAACAACAGTAATAATTCTGTAATTGATTTGGGTTTGAATCTTTATTTGACTAACTTTTGCATGCTTATATTCCATGTTACATGAAGTTATGTCATTAATTTGCTTCTCAGAATTTTGTTCTTTATTAAAAACACTTTACACTGTAGAAACGTTGTCCTCCTCTGTCTTTAGCCCAGTTGAACCAACTGCTTTAATAGTTTTGTTAGGCTAAAAACTGTTATTTAGAAGAAAAAAATACTTCAGAAATAGCAAGTTTAAATTGTTTTCATTCACATCAATTGATTAAACATAAAATTATCAATCAATTCTGCAAAAAAGTACTACAAATATATAATACACATACATTTACAATTGTCCCCATGTTTCTGTCAGTCCTGTCACATTTGCACTGAGTTTAACATTAAATGCGTGCAACACAACTACTCGGAAGTTACATCATCAGAAAGAAGAGAAGCTGACAGTGATAAAGGATGCATAGCAATTCCTTTAGGCCTAATTCAACTTATAAAATCTCATTTAGTTTTTAATGAAAATGTTATTAAAAAAACTGGAGTTGGGTGACGCGGTGGCACAGTAGGTAGTGCTGCCGCCTCACAGCAAGAAGGTTGTTGGTTCAAGCCTTGACTGGGTCAGTTGGCATTTCTCTATGAAGTCTGCATGTTTTCCCTGCGTTTACATGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCCCTGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTGGGTAAACTAAATTAGCCGTAGTGTATGTGTGTGAATGAGTATGTATGCATGTTTCCCAGTGATGGTTGGCGGTTCATTACGCTGTGGCGACCCCAGATAAATAAAGAGACTAATTTGAATAGAAAATGAATGAATTAAGAACTAGAGCTGAACTTAAATGGAATTAGTGTATTTGATAAAAAATTTAATAATATTCTACAAATTTTTCTAAATAAAAAGTATAATGTTCCTAAAGGCAAATTAACTGATCATCCTTCATTGATCTAATCGATTGGAAACATGCCTGGCTATTACCTCATAAATACTGCATTCCCGAGAGAGGTTAATTTTAAAGTTCTTCATAAAATATATCCAGTGAATAGTGCTTTGGCAAAGTATATTCTGATAGTTATAAATATGATAAACTGAAGACGAAACCCTGATTCGCTAATTTTTTTCAGTGTGAAAACACAAAAAAGCTTTTGGAATAGCTTATATCTTCACATAGGTAATTACATTCCTTTTTCCAGCCCCTTTCAGCTACAAGATATTATTTATTACAATAAAAGTAAAACCGATATGCCAGAGAAATACATTATTACCTTTTTTGTTTTGTATGGAAAATATTTTATTCACATGCAAAAATTCTCGAATTCGCAGCCTTTTTTTTCCACATTTTTAAATTGAAATTGATGTTTTTATTAAATCTCTTAGAATGGTTAACATCAAAAAAAAGTGATAAATTCTTGGATTATTAAAATAATTATTTTTTAAATATCACAAATACATAAGTCTTTGAAGTGATCAAGGATGTGTTCTCTCATTGAACTGTATATGATTATATGCTTGTTTTTGTATGATTTTTTTATTTTTTATTTAAATGACAAACTTAGTTCAGGCCCTGTCACATTTTTATAAGTGAAAATGTATATGTCTGGTAGAATGTCTCTTATTTTTTAGGCTGATGGTAAATTAGTAAAATTATCTCTAAAAAAAAAAAAAAAATCTAGTTCAGTTTTAAACTGCTAAATAACACTGGAAGGTTTTATTATATTGTTATATTTTTAAATATAGGCTATTGCTGTTGTTGTTGTTGTTTTCAAATTTGTTGTATGTAGTAAACATGTATTTTGACACTTAGTATTCAGCAATGTGTAAACTGCACGTTCGTATAATTATTTGAAAAGATTTTTTATTTCATGCAGTCGTTTGGTTTCATTTTTGTATCTAAAAATTTATATAATATTTGTGCTGAATCACTTTTGTTCATTTGTTATTTCCTTTATTCTGTTAAAAATAACAGCCTTTAAGTGTCATTTATAAGGAATTTACAATGCATAAACAATTCCTTACTTAATAAACAATGCTGATCCTCACTCAAAACAGTAGGAATAAAGCAAACACAGTTACTTCCCTCCTGAAAAAAAAGATGTATTTGAATGGATTATTAATTGTTTGCTGACACAAGACTAGCCATTTATTACAATGTGCATATGCTCCGTGCCAATTTCCCAAAGATAAGATATCAAGTCTTTAAATAATCTCAATACATTTCTTTGTAAACTAAGTCCATAGCACAATCTGTTCCTGCCCAGAGAATAACCTCTTTATTCTGAGATGACCACTCTCGATTATGCCCCAGTAAGTGGGGTCTAGCAATGCCCCTGATTGAGACTATCTTCAAGAATCTTTTGAAGTCCCCTATAAAATCTGAATGGGTTTATCTAACGATTCATATCTAACGTTCAAAATATGGAGAGGATGACTTTTTTAAAAACAAAAAATGGACAAATACCTGCAATATGTGACCAATCAACTGTTCCGATGTGTTGTTGCATTTTTTATTTTATTTATTATGTATTATTTGTATTTTTTTCTATCCCTTTTCTTCCTTAAAAAAGAGAAACAAAAATAAGGTGTAAAAAAATATAATTTTTGAAGTGTAATTTTAAGGTTCATGTTCATTTACACAGAGAAAGTACAGTTTTCAATCTATACTGATTCCAACCACCAGAGTGCAATCCAAATATTTTGGCTTCACTTTTTAGAATGCGTGAGGTTCACAATGCTGGCATGAGCTGTGTTTTAGTCAAGATGAAAAGCAATTTCAGTACATCACTAAATTTGCTACAACATTCTAAGATCAAAAAGGTTTAAAATATGACTTTGAAAAACACATATTTTACTGATTAGTTGTGTGTAACCCACAG
Seq C2 exon
CACATTACTCCCAGGTCAGATGTACACAGTAGACGTAGTCACTCAGAGTGGTTTGCGCCCTGAAGACCTGCCATCAACCAGCAAATCTGCCGGGCCCCTACACTTCTGGACCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000044433:ENSDART00000065255:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.231
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=PU(72.8=95.2)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=PD(25.9=53.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]