DreINT0154666 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000019516 | sp7
Description
Sp7 transcription factor [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040629-2]
Coordinates
chr6:58656953-58669637:+
Coord C1 exon
chr6:58656953-58657118
Coord A exon
chr6:58657119-58668840
Coord C2 exon
chr6:58668841-58669637
Length
11722 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACGG
5' ss Score
9.4
3' ss Seq
CTCTTTAAATCTCTTCTCAGGAG
3' ss Score
8.28
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCATCAGGAGGCGGGTCTCCTCTTTTCTCTGCTCCTCATAGAGCCGTCGCTCCTGTTTTTGACGGTATTTGTTTCAGACTCCGCGGACCGCCAGCTCTCCTCTCCCGCTTTTGGATTGACCCTCACTGGACTGCTTCCTCCGGGATGGCCGCGTCGATTCTGGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGGAAACACGTTATGGATCCAGTCCCTTGGCTATGCTAACTGCGACCTGCAACAAATTCGGGAGCACCAGTCCAGTCCGAGATTCTGCCACACCTGGTAAACCGGGAAGCACCATCCCTATTAAAAAGGCCTACAGCATGACTTCTGAACTCCAGAGCGCTAAAAACGGACGCAATGAAAGCGTCGCGGACTCTTACACCGGCTCATTCAGCTCAAGCGGAGGCTTGCTAACACCAACTGGAAGTCCTCCACCGGCTCCAACAGGAGCGTACGGCTCCGAATACAACCCATTCTCCACTTTCCAGACCTCCAGTGTTTCCCAGGACCCTTCGCTTTTGGGATCCAAAGCCACTGCGGATTGCCTTACAAGCGTCAATACTTATTTAGACATGACGCATCCTTACGGCTCATGGTACAAAGGCATCCATCCAGGAATCACTGCGTCTCCTGCTAACGCCACGTCTTCTTGGTGGGATGTCCATACTAATGCCAACTGGCTAAGTCCAGGGCAGGCTCAGCCAGATAGTCTCCAAGCACCACTGCAGCCGGTGGCTCCTCAAGCATCGCTCAATCCTCAAATGCCGAGTTACACTCCTGATTTCACGCCATTGAATCCGGCTCCGTATCCATCCGTAGGCTTGAGTTCTTCCTCACACTTGCTCCAATCTTCACAGCACATGCTCCCGCAGGACATGTACAAACCCAAGCCCGTCCCGACATCCGGGATCCTGGATAACTCAATGGGGCTCAAATCAGCTCGTGGTTCTGGATACGCCGCTGGGTCTACCACCGGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000019516:ENSDART00000128793:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.517
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]