DreINT0156573 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000039335 | st6gal2a
Description
ST6 beta-galactosamide alpha-2,6-sialyltranferase 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060322-4]
Coordinates
chr9:6104739-6124172:+
Coord C1 exon
chr9:6104739-6105729
Coord A exon
chr9:6105730-6124074
Coord C2 exon
chr9:6124075-6124172
Length
18345 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGAGT
5' ss Score
9.27
3' ss Seq
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3' ss Score
5.95
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTCCCATGATGCAGTGCTGCGGTTTAATACAGCTCCTACTGTGGGTTATGAAAGAGACGTTGGGAATAAAACCACCATACGCATCATCAACTCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000039335:ENSDART00000142167:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.536 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0077713=Glyco_transf_29=PU(39.4=40.6)
A:
NA
C2:
PF0077713=Glyco_transf_29=FE(10.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]