RnoINT0144194 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000046515 | St6gal2
Description
ST6 beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1559663]
Coordinates
chr9:7001357-7023080:+
Coord C1 exon
chr9:7001357-7002330
Coord A exon
chr9:7002331-7022982
Coord C2 exon
chr9:7022983-7023080
Length
20652 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTGGGT
5' ss Score
6.9
3' ss Seq
TGTCACTTATATGCCCTTAGATT
3' ss Score
8.56
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAGCACTTATCAGGTATGAGTGCACTACCCATGTGTGTTTTTTCTGTAGATTGGTTGCTCACTCAGGATGATATTTTCCAGTTCCAACCAATTTGCCTAGAGAATTTCATTAAGTCATTGCTTTTTTGAGTAGCTGAGTAATATCCATTGTGTAGATGTCACATTTCTGTTCCATCTCTGTTTAGAAGGGATCTGGGTTCGTTTCCAGCTTCTGGCTCTTTTACCCGCTGCGGGCCTGGATCTGCGGGTTTGGGATTCCTGGTAAACATAGGAAGTGCCCTGTCCTAGAGGAATTTTGCCTCTGTGTGTCCTGAGTTCACCAGGTAGGTCTCTTGCAGCAGAAAAGTTGGTCTTACCTGTGGTCCCGAGGCTCAAGTTTGCTTGTGTGGTGCTGCCTACGAGCTCTGCGCGGCGGCAGCAACCAGGAAGATCTGCGCTGCCCTCTTCATTCTCTTCTATGCCTTAGGTTTGATTTTCTCATTGTGTCCTGGATTTCCTGGATGATTGGGTTAGGAGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTCATTTTACATTATCTTTGATGATTATGTGGATGTTTTCTATGGTACCTTCTCCCCCTGAGAGTCTCTTTCCTATCTCTTGTATTCTGTTGGTGATGCTTACATCTATGACTCCTGATCTCTTTCCTAGGTTTTCTATCTCCAAGGTTGTCTCCCTTTGTGCTTTCTTTATTGTTTCTCTTTCCATTTTTAAATCCTGGATAGTTTTGTTCAATTCCTTTTACCTGATTGGCTGTGTTTTCCTGCAATTCTTTAAGGGATTTTTGTGTTTCCTCTTTTTAAGGGCTTCTACTTGTTTACTTTTCTTGTCCTGTATTTCTTTAAAGGTGTTATTTATGTCCTTCTTAAATTCCTCTATGATCATGATGAGATGTGATTTTAAATCCACATCTTGCTTTTCCAGTGTGTTTGGATATTCAGTATTTGCTTTGGTGGATGAACTGGGCTCTGATGATGGCAAGTAGTGTTGGTTTCTGTTCCTTACATTCCTGTGCTTACCTTTCATCATCAGGTTGTCTCTATTGTTAGTTGGTTTTGCTGTCTCTGACTGTGTCTTAACTCTCCTGTAGGCCTGTATGTCAGCATTCCTGTATACCTGTTTTCTTTCAGACAGATCTGGGTACTGAGATCTGCTCTTGGGTTTCTGCTTTCTGAAGCTTCCAGGTGTGTTGCTTAGTGCAGAAGAGTTGGTCTTACCTCTGCTCTCAGGATTGTACGTAGTCCTGGAGACTGGCTTTTAGCTCTAGGTGCAGGCAGAAGCCTGAAGGGTCCTGCTTCTAATTTCTCCTAGGTCCCTGTACCCAGAGTACACCAAGGGCACTCCACAGGTTCCTCTTGGGTCAGGAATGTGAGCAGAAGTAGTGTCTACACTTCTGAGAGTTCAGCTCTCTTCCACGGGGGATTTGATTGCAGGCAGCTGTAGGACCAGTTTAGTAAGTTAAGCAAGTTCCTGCTGCTGTCCTATATCCCAGTATCCACAGGTCACTCTGCAGGTTCCTATTGGGCCAGGAATGGAATGTGAGCAGAAGTGGTGGTCTCCCCTGAGCTCTCAGGGTTGTCTGCACTTCTGAAAGTCCATCTCTCTCTCCCCCACGTGATTTGGATTTTTTTTGTTTTTTCATTTCATAATAAAAATTGATTTTCAGTAATTTTTTGGGACCAAAACATTTTTTTAAAAAAAATCACTGATATGTTTCTGAGATGCCACAATGCATCCAGCTTTTAACAAACTATGACTTACCAAATATCAAATAATAGTCACAATTTTCTACAAGAGCTTATAAGCTGACAGTATAAAAAATGACAAGCATCTAAATGTAACAAGCAAAATAGCTCACTTGTAATCCTTTGGTTTTATATATGTGCATATGCTCAGATATACACTCATAGAATGTTATCAAGAAACAAGGGGATACATCTGAAAAAATGCATCATTAAGTGACTTTGCCAGTAGTGGGCCTCATATACTTGGTAAGAGAAAATATCACTCTTACTAGGAAGTATAACTTGGGAGTACATTTTTATCTGTGAGCTGGTATTGACTGGTGTCCCTTAGTGTTGTTTGACTCTTGAGTATCCATACTAGTCTCTCTATTTAAGCTGACATCCAAAATCAGTGTCAAATTATTTAAAAATGTGTGTACGTTATCTCTATTAGTGGTTTCTAAGTTTCAAATATTGCAAGATTTGTTTTAATGCTTTTTTCCCCAGATTATGTGATTTCACAGAGAAAAAAATGTCACTTATATGCCCTTAG
Seq C2 exon
ATTCTCATGATGCAGTTTTGAGATTTAACTCTGCCCCTACACGTGGCTATGAGAAAGATGTCGGAAATAAAACCACAGTACGCATCATTAATTCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000046515:ENSRNOT00000072796:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.299 A=NA C2=0.030
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0077713=Glyco_transf_29=PU(34.9=33.1)
A:
NA
C2:
PF0077713=Glyco_transf_29=FE(10.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]