DreINT0160170 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079097 | tanc2a
Description
tetratricopeptide repeat, ankyrin repeat and coiled-coil containing 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060130-180]
Coordinates
chr3:22666249-22672316:+
Coord C1 exon
chr3:22666249-22666381
Coord A exon
chr3:22666382-22672224
Coord C2 exon
chr3:22672225-22672316
Length
5843 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAGGC
5' ss Score
7.72
3' ss Seq
CTTTTCTGCTCTTACTGTAGGTC
3' ss Score
10.79
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCAGTTTCTGGTGGATCACGGTGCGATGATTGAGCATGTGGATTACAGCGGCATGCGTCCACTGGATCGAGCGGTTGGATGCAGGAACACGTCAGTGGTGGTGGCACTGCTCAAGAAGGGTGCAAAAATAG
Seq A exon
GTAGGCTTAAATGGAAACGGGCCTTCTTACTGAAATTGTTAATGCTAAACCATTATCGGCTTACATGTTTGGGTATTTGCTGAGCTAGGGTTGTAATGCTGTGTTCCATTCAACCCAAAAGTCAGAATCACCAGAATGTTTGTACACAAAAATTCACTGTTTGTTTACTTGTTAAGAAATATATATATATATTATTATTATTTTTTTTTTAATAAGGTATTTACCATATTAGACTTGTAGTGCTGTAATTGGTCCCACTTTATATTAAGTGTCCTTAACTACTATGTAGTTGCATCAAAAAATAAATACAATGTACTTACTGTGTTCATAATGTATTTGAGAACAGTTGTGGTGCTTTTGAGTTGGGATAGGGGTTGGATTATGGACAGGTTTGGTGGTATGGGTAGGTTTAAGGGTGGGTTAAGGTGTAGAGAATGGTCAGCAGTGTATTTACAAATGTAATTACAGAAGTTAGTTACAGATGTAATTACATACAGGTATTTTTTCAAGCATAAGTACACAATAAATACATGTATTTACACAATAAGTACATTGTAACAAACTATTAATTCCTGTGTAAGTACATATTAGTTAAGGTCACTTAATATAAAGTGGGACCCTGTAATTCATTACACTCGGATAGCTGGATTCACTAGCTTACCCTACTTGAAAAAAATGCAATAAAGTGCCACTTTAAACTCATTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTACATAAATTTGGAGCTTGGATGAAAGCAGAGAATAGGTTTAAGTAGTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTCATTATTATTATTATTATTATTATTATAAACTATGATTCTTTTTTATCAGTATTCTATAAATTTTGGGTTAAAATTTTTATATATAAAATATATATTTTTGTAATTATTGTTTGAATATTAACATAAAATGAAGTCAAAACAGTAATATTATGACATACTATTACAAATCATACTATTACAAATTTTCTATTTAAATGAACAAATTTTTGAATATATATATAAAAATATTTCCGCAAATAAATAATTTTTCCAATATTTACGAAAAATAATTTCTTATGTTTCAGAGCTTATTTCTGTGTTTTGGATTAGATAATGTGTCTTATGCCGAGTTCAGACTGCATGATTTTAGCCCTGATTTTGACTCGCCAACAGGTTTTGAGAAATCGCTGACAAATGCATGAAATCACAGGCAAATCGGTGCTCGTGTACGCGAGTGACAATCACACAGTGTGAATTATCAAAGTCACGATCTATGAGAATCGCTGATGAGTCATTTGTATTGAGTATTTGGTATGCTAAATATCTGGAGCTGTCAGCGATCAAATCATGCTGAATGAAAGGTGTTCTGAAAATAACATTGGCGATCACCAACAGCCAACAAAAGAGCAGCATTTACTAGTGCGGGTATCTGCAGGCCTTCTAGAGGTTGGGGAGAAGATAAAAGCGCTCATTTTTAGTTTATTTGGACCCAAGAAATGGAGGAAAATCTAGTGTAAATTTGGCAGGAGCACATGTGTCTGTTTGCGTGTCATCTGAGCAATACCACAACCGCATTCAAAAGGAAATAGGTTGAGGATAAATTGCTAGTTTCTTTCAAAGGTCAGGTGTGCAACTGTGTACATTTTCCACCCCATTTAATGCTTTCTCATTATGCAGTTATTGCCAAAAGATATATGTGACCTCGCGTTGTTTCCATGTCACTTCTTGCTTGTGTTTGGTTGTGAGACGAAGTTTGGACAAAGTTGTCGGCAATTCTTCCTATTGTAAAGTCATACAGTGTGAAAACCCCTGTCGCCGATCCATCTTGCAGTGAAACAAAGAAGCGACAAAACGCTAGCCCAGATAGTCATGCGGTGTGAAAACATCCATGACGTGACTACTTTGAAAATCGTGCAGTCTGAACTCTGCATTACGATCAGTGTTTAAAACAGTCAAGCTGAACAAAACGTTTTTCCAGAATTAATTGGATGAGTACAAAGCTAAAAAGAAGAGTATTTCATTATTTAGATCTACGTTTGAATGGAATGCAGCATTAAAAAAGTCTAAGGATACTCCTTGAAAACTCCATTAGAAACATAAGCAGTACAGGCATGGATTATGTGTCACCTGAAATGAGCTTCACCTTTAGCTGTTTTTCTTTCATAACCCTCCCTGTGACCTCAGTCATCCTGCTCTAACCCTCTACTCATGTGTTCTTGACTGGACTCCACTGATCTGCAGCTGATCAGGACGGTCTTGTTGCTTTTTTGCTAATGTTGCTGCTTGCCACGGCTTCTCACGGCTGATCTTCCTTCTTCCTTTCACCCCTAACCACCATCAATCTCTCTCTGTTTCTCTTCCCTCGCCTCTGACTCTGTCTCGCTCTCCCCGTATCTTGTTTTCATAAACCTTTGCTTACCTGTCCGATACGGATGCCCTTCCCAATAACCTGTCACCCTTTCACTCGTGACCCCTGTCGTAACCAGGATGTCAGACACTCCCTACTCGTGCCCGAGGTAAAACAAAGCTTTGTGCGGGCCATTTGCCATTTTTTGACTGTGTCCCTTCATTCGTTACCTGTGTGGTCCTTTCTCCATTGGTCGGGTCTGATAGTGTGTTTTGGGTGCCTGAATGTGAACGCAGTTTATTGCTATTACTGACTAGGCAAAAATGATGAGATGCTGTGAGCTATAAACATGGGTGGAATTTGTGTTGTTATGGACTGCTGCATAATTCTGATGGTGAAAAATTGACTCATTTGGTTAATTATGTCTGCTTTTTTTCGCTTGCATGGCTGCATGTAGGATGACCGGTGTTGAAATTGTGCATGATGCTGCAGAATGTTTTGGTGGGTGTTCACACAGAATATATTCTTGCACTGTTTTTTACTATTTCTCTTGGTGAACGTGCATTAGGCACCATTGCAGTGACCTGATGTTTTTTGAAGGTGTACCGTGAGTGTTGCATTTTTAATATGCTGTGTCAGGTAAAAGAGAGTTCAAAATTTTTTCAAGAGTGGCTGTTTTATCAGCATCTAGCACCGTTTGTATTGCATTTTTAAAGGGTTTGTTTACTCAAACTTTTAGTTGTTAAAGGTGCAGTATGTAAGTTTGACACCCTGTGGTTGAACTAGGTATTGCATTCCTAAATCAAAACAAAGGCGAGCCTGACTATCGAGCCTAAAGGCTGATTTTGGTTGTGTTCTATATGAAACCAATGGCACATGATAGAAGGAATATTTTCCATATTTAAAAGGAGTTTTTGTTCTACCCAACACCTTAAATTGTTATTTTAGAAATGGTGATATTTGGAAATGGTAAAACAGGATAAACTGCAGTAATCACCTTTAGGTACACCTCATGTGCTTTATTCGGTGTTAAATGCTAACGATGTGAGTTTGAATGCCATTTCAAGCTACATTTATTGCCATACTACTGAAAGCAGTAACAGACAGTTTACCTCAGATCTTAAAAATAAAATAAAAAATTGAAATTGAACTTTAGAATGGTGACTCAGTGCAAACAAACACATATCAGTGATTCATCATGTACATTTAACAATGTTAAAGAGGTTTATTATGTAGGCTATTAGATTATAAACATTACCATTTCGTTGGAGTGCAGTAAGCGCACTATTCTGTGCTTCTGAATGGCTGTATTTAAATTTCTGTTGTGTTTTGTCCGGTGCAAACAGCCAAATTGCTTGTCACTGCATATCTCAACACGTAGCACATTGTTAGGACACAGGGTTACAATGTACCCTGCTCACCTAATGTTTACATTCATAACATTTATATTTTTTGCTAATAATAACCTCGTGTGTGTGAAAGACGTTTTATAATACATAATAGGGGCTCTTTGATAACAGATTAACAGAATTTTAGGGTGAACTAACCCTTTAAATGCTATGTGAAGTTCAAATAGTTTCAGATATCATTTTAAGATTCACATTTTGTTCTATTACATTGTGCTTTTCTAATGCGATTGTGTTGCAATAGTTGGATTTTAATTGCTATATTAATTAGTTGCTATATTAAAAATAAGTTAAACACTCATCTTGAGATGTTGCGGTGCACACCTTTCAGTGTTTGTGGTGCTTTTTGGATATTTTTGGGAGCCTCATATTAATGCCTCATTTTTTAGCAACATTGATGCCTGTCAGTGTTGCTGTGCTTTTTGACGTTTTTTCAGCATCTTGGGCCATTAGCATTGTTTTAAGTTTATTCATTGTCAAGTTAATGGAATTTTAAAAGTTGTCTTGAGAGACCTACATTTTGTGAGTTGTTTTTGCTTTTGAAAAGTGCAGAATGTGACATTTTTCAGTATTTGGGTGCAGCTGCATCTGCCATTAGTTTAACATTTCAAGATGCCGAACACCCACATTATTATTTTTTTGTGTGTTTGTGAACTATCCCACAATCTATTTAAGAAAGCTGTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTAATTCCGTTAAAATGTACTTAGCACTTTTCTCACTAAGTAAATAATAATAAGCACAATATTACATTCAAATTCACAAGCAGAAGAAATTCAGTTGTTTTGTATGAGGCCTATGCTACAGCACAGGTGTCAAAGCCAGTTCCTATAGAGTCCCCCCCCCCCCCTTTACAATATTATACTTGAGCATATACATTAGTTTAGTCAGTGCTAAAGCTGAATCTGGAGCTAATATAGTGAAATAACTTATAATAATGGTAGCAAAAATCAAGAGAAACAGAAACAAATATTTTCAGTTTTGTTGAAATGTTGTAGTTTGTAATTATTGTAATAATTTTTGCAATATTTTGAAGGAATTTAAATGTATTATCTTTCCATTTCTAAAGATTTTCTGTGACTAAAATATTATTTGAATAAATGCATCTGTTTAATACATCTGTTTTATTTAAATGCACTGATATACATTACCCAAATTTGCTGAGAAATGGAG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Seq C2 exon
GTCCTGCAACATGGGCAATGGCCACATCCAAACCTGATATTATGATTGTTCTGCTCAGCAAACTCATAGAGGAAGGAGATGGATTCTACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079097:ENSDART00000112270:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.011
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=FE(62.0=100)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=PD(2.8=6.5),PF134141=TPR_11=PU(15.2=38.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]