DreINT0171864 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000033327 | unc5b
Description
unc-5 homolog B (C. elegans) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041213-1]
Coordinates
chr13:29070510-29073746:+
Coord C1 exon
chr13:29070510-29070674
Coord A exon
chr13:29070675-29073713
Coord C2 exon
chr13:29073714-29073746
Length
3039 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCAGTAAGT
5' ss Score
9.07
3' ss Seq
GTTGCCTTTTTTTCTAACAGATA
3' ss Score
10.35
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGATGGAGGCTGGACCGAGTGGGCCAAGTGGTCTGCGTGTGGGACGGAGTGCACACATTGGCGCAGTCGTGAATGTCAGGCTCCACCGCCACGTAATGGAGGACGACACTGCAGCGGCAGCATGATGGAGAGCAAGAACTGCACTGAGGGATTATGTGCACGCA
Seq A exon
GTAAGTCATGTGATTCAGCATCATCAGTGGGAAAATGTCTTGGAATGTTGGTCTGGATATCATATTAACAAGTGGCAGATATGGAACTGGTCCACACTGGGGTTATTGCTGACTGTCAGCAAAATGTCAATATTGTTTTGTAGTACTGTAGAAATAATTGTATTCTTAATTAATAATTGTATTTTTTTCAAGTGCAAAAATGTGCAACGTTTCTTTTTACATTTAGTTTAAATGTAGTAAGTTAACAAATTTGACATAAACAAATCTGTATTTCAGCTATTTATAACTTTAAAATATTTATAACTTAAAAAGAAAGATACATATTTGATGCATGAAATAAACAATATACTAAAATAACTATACTATTAATTAAAATATATATATTTTAATTACAAAAACTGCCCAATACCTTTGCTCATTTTCATTTAGTTAAACTTGATGAAGTAAAATAGTTCTTATGAAAATAAATTTTGAATATTTATATTTTAAATATTTACTAAATTAACTTATTTTATTTCATACATGAAATAATAAAAATTGAAAAAAACAACAATATTCATAAAAATATATGTATTTTATATTTCAGTTAAAGAATAAACTAAAATAACTATTCAATAATTAGTAAAATAACTTTTTATTTCCAAAAATTGCCCAATAACATTGCTCATTTTCATTTAGTTAAACTTGATATACTAAAATAATTATTATTGAAACAAATTTTGAATATTTTAATCTATAAAATAAATAAATTATATTATATTATATTGTGTTATATTATATTATATTATATTAAATTATTACATCCTTTACAAAAACAATATTAAAATTATTTAGTTTAACAATGTATTAAATCAATTTAAATAAGTTTATTTTATTGTATTAAAATATCTAAAACTAAAACTGAATTTTGAAAACTGAAAAATGTTGCTAAAATTATATACACATTAAAATCAACACAAACACTTTACATTAAGGTTTAATTAATTGATGTATTTACTAAGATGAAATGTAAGTCATGAAGTAACATAAAAGTAAAGTCGTTCACCATTAGTTCTTTTTAACTAATGTTAACAAGCATAACTTTTAATAATGCATTAGTAAATGTTAAACTAAAATCCTGTACTAGCATTGTTTATTTCTAGTTAATGTCATTAAATGCGTTAACTAACATGAATAAATGAAACTATAAATTATAATCTTTTATAAAGTGTGTTGGACTCAACATCCTCAGAGAATAAGTTAGTTCAGGGTTCTGAGCACAGATGGACAGGAGGGTAAACGGTGAGGTTTGGTCAGTCAGACAAATGTAGTTTTAAACCTAGCAAGTGAAGAAGCACATGAGCTGTGTGACGGTGAGCCAGATTCATGCTGACACTGGGTGCTCGTCCCAGAGCTGCTTTTGGAGGAGCGCAGCTGACAGCATTGAATTATCCCAGGAGAACATGATAGCAAACTCACACTCTCACATATGCACACACTGTTCAGCAAGAACACTGCAGGTTTAGTGCACCCTGTCTTGGTTTCAAGTTTGAGCACAACCCATATTCTAACATTAATAATGCAACATAGACACACACACACACACACACACTTACTTACACTGGTCAAAAGTTTGGGAACGGTACAATTTTAAATGGTTAAAAAGAAGTCTTTGAATGGTTTAAAAAGAAGGTTCTGCTCACCAAGGCTGCTTTTATTTGATAAAAAATACAGTCAAACTGTAACATTGTGAAATAGAGTATTATTTAAGTTTTAAATGCCAGTTTTCTTATCAAATGTGGTTTAAAGTTTTATTTATTCATGTGATTCAAAGCTGAATTTTCAGAATCATTACTCTAACACACTTAGATAATTGCTTTTTTATTTTGGTCAATTACTATTGATAAAAATGTTTTACCTTGCTTCATAGTTTTGTGGAAACTGTGATGTAGTTCTTTTTTAAGATTTTTTACATTACAAATGTTTTTACTCTCATTTTTAAATACTTTAATATGTCCTTGATGAATAAATAACATTCATTATAATACATTTTCAGTGGTATTTTTGAATGGTACCACATCAGTTTCCACAATTTTTAGTATACAAAATAATTTTGATTGAATTGAATTTTTTGAGCAAGCAGAACAGTGGCTCAGTGGTTAGCACTGTAGCCTCACAGCAAGAATATTGCTGGTTTGAGTCTGGAGTTTGCATGTTATTCCCATGTTTGTGTGGGTTTCCTCTGGGTGCTCCGGTTTCACCCACAATCCAAAGACATGCGCTATATGTGAATTGATAAACTAAATTGTCTGTAGTGTATGAGTGTGTGTGTAAATGAGTGTAAAAGGGTGTTTCTCAATACTAGGTTGTCACCGGAAGTGCATCCGCTGGGGAAAGCATATGCTGGAATAGTTGGCAATTCATTACGCTGTGGCAACCTCTGAAAAACAGACTAAGAAAATAAATGAATTAATGTTTTCTGAGCAGATGTTCATCATATTATAATGATTTCTGAAGCATAATTTGCCACTGCATCTGGCAAGAATCTGCCTTTGCCTTAGTCTCTGCATTGTCTTCTCTCCATCAGGTGACAGTATGTACATTTAAACTAAATCTAGTCAATTTACAATATTTAATTGAAACATTTAATTTCAGTTAGCTTTTAACAATAAAACAAACAAACAAAAGGTCACATTAAAATGATAATCTCTAAAACATCCCCATCCTTCTTACTCTCTTGTCAGATAGGATGGCTGGCCAAATCAAAGGTTACCATGGGCCAACTTTGACCTCGAGACCCTAGTTTGAGCATCTCTGCTCTAGAACATTCTATCTTTTGAGAGCTGCAAGATGTTTACTTTTGCTGCATTATAAGCCATAAAAATATGATTTCAGTTTATAATCCTCAGTGCTTCATTTGCTGAGTTTTGTGTTTGCATTGATTGACTATTTGTTCTGTATTCATTAGCATTCATCTCTGAGTTATGCTCATCCATTCTCATGCTCATTCTTTCTTGTTTTTCTTTCTTCTTTGTTTTTTGTTGCCTTTTTTTCTAACAG
Seq C2 exon
ATAAAAAGGTTTCTGTTGAACATACAAGCCATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000033327:ENSDART00000045951:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.018 A=NA C2=0.229
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0009014=TSP_1=PD(1.9=1.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]