DreINT0181446 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052164 | znf507
Description
zinc finger protein 507 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1233]
Coordinates
chr7:46981849-46985061:+
Coord C1 exon
chr7:46981849-46981983
Coord A exon
chr7:46981984-46984864
Coord C2 exon
chr7:46984865-46985061
Length
2881 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGA
5' ss Score
8.72
3' ss Seq
TGTATGTGTATGTGTGTTAGATC
3' ss Score
6.57
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCTCGCTGTGCGGTTACGTGTGCAGCCACCCACCCTCTCTCAAATCCCACATGTGGAAACATGCTGGAGATCAGAATTATAACTATGAGCAAGTCAACAAGGCCATCAACGAGGCCATTTCCCAGAGCAGCCG
Seq A exon
GTGAGAATGCCCTTTAAATGTATATACAGTTAATGGGATTTGTTTTTGTTTATTTGCTTTATGGTTTTTGATTTTCGGTTAGGTGTTAAAGCTAATATCTTATGGGGTTTTTCCTAATCACATCAGTACTGCCCTTTAAACTTAATTTTGCAAAACAAAATGCTTCAACATTATTTGATCTCTTAATGTTTATTTGAAGTTAAAATGTTTTTTAAGTTATAATTAATACATTTGTTCAAATATTAGTAAGCTTAATATTGTTGTTATTATTATTATTGCTACTATTATTAATATTATTATTATTATGATTATTATAATAATAATAATTATTATTATTATTATTACTATTATTGTTGTTGTTATTGTTGTTATTACTATTATTATTATTACAATTATTATTATTATTATTATTATTATTGTTATTAATAATATTATTATTATTATCATTATTATCATTATTATTATTGTTGTTGTTACTATTATTATTATTATTATTATTATCATTATTATTATTATCATTATTATTATATTGTTAGGGGTTCAAGTAGGGTTGTAACGGTATGAATTTTTTACGGTATGATAATCGTCTAAAACAATACCACGGTTTGACGGTTTCGCGGTATACGGTATGTTACAAAATAATAGAACAGTGAAGCAAATTTGACTTTTTCCAAATAATATATTTTCAGTTACTATAAACAACACCACTTACAATGAACAAATAAAAAAATAAGAAAATAATAAATAATGTGTCAAAGTCCAAATAAAGTCCAAATAAACATGGTGCAAATCCTCAGTAAAAAATAGATATAAATATTTACTATACTATAAATAGTTACATAACGAAACTAGATTCAATATGGAACATCCTTAGGTTTTATGTGCCAGCAAGGATATGGTTGTCTGTGGATATGGATTAGGTTGTCTGCAATGCAGACAAACAGCTGCACCTTCATTTGCGTCTTTTGAAAACAGCAAGAGCAGCAGTTCGTCTTTGCTGTGTCACTGTTTTGTCATGTTTCTGTGCTGCTGTGCATGCAAAAGTACTTAGTATGAGAATTATTTCATGCAAAACTTTTTTTTTGCGTTTTATTTAGCCGCGCATAAATGTATGCCTATCTCTCATTCCGTGTTGTTCAAAAAGCTCGTTTTTGGTCCACAAACAAAAGCGAAACCTATGCTTATTGGTTGTGATATAGCGAGTTTGAACCAATCTGGGCATGGAGGAGGGACAATGCATCAATGTATCGTGTCTGGTTTGTCCGGAGACACAGTGACGAGCGTTTCTTTGTCAAATCAGCGTTGTCAAATTTTGATGACGTAATCGCACTGATTCCGGAGCCTCCGGAGCCGCGAATGTTATGTGATACAGCACTGGAAAGCTGAGATTCTCTTCTTTATGCCAATCTTTGAATTGTATGAATCGGATCAGCGGATCAAAAGTTATTAAACATTTAAGAGCAATACTTATTTTAGCCGCGGGCGGCTGTCTCGGTCTTTAAGGGTTAAAACCGTTGATATGCAATTGTTCATGGTATGATAATCGTGCACGTTCAAATCGTGGTAGACCGTCATACCGGTATATTGTTACAACCCTAGGTTCAAGCTTAAAGTGTCAATTTGTTTAAAATATTAAAGTGCCTGAAATGTAACACACAATACATTTTTTGTTTGTTGATTTGAAAGAAAGAAAGAAAATTAAATTATTAAGTTTGATTCATTACTTGAATTGTTTTAATGTACATTTAAGATTGAACATTTTGTTCTGAAATAAAGCTAGACAGGTACCAAAAAACCTTTGAACTATCAGGATCTGTTATGCCATTGAAACAGTTGGGATAGGTTACATTTATTTGAACGGTATTGTTGCATAAATGCAGTTATTTTAAAATAGTATAACACTGCAGTTTAGTATATTAAATTAAATTCATTTGTCTGACGGTAAAGACTTCAGTCCTATGTGTCCATAAGGGTCCATTATACCACATGGTTGATAAAATTCATGAATATGTATAAGCTTACTGAATTTAACTTGGTTGATCAGTGCATATTTTAATCAATCAAATTATATTTACCTTACCGCTAACCCGAAAACTTCATCGGCCCCTTATCATTTAATTACTGTCAGTCTTATTGTCTGTGATTTAAAGAGATAGTTCAGTCAAAAATGAAAATTTACAGTTATTTTTCTCACCCTCAGCTTATTAAGGAGACTTTTTACTTCGATAAAACATAATTTTTTTTTTTTTGCCAAATCCATGTTATTGGTGATTCATATGAAGCAAGTCCATGATAATCTGTTTTGAGATTAAAAATAAAGACCAATATTGTTAGCTTTAATTCACAGCCTGGGCAAACTGTTCGTTCTGAGCTTTCAGTTTCTTGATGAAGCATGCACGAGCGTGTGCTCAGACAAAAGGTAACATGCAAGGATGAGAATTTTTTAAAACTTTTCTACTGATGATTTACTACAGAAAAAAATGACCTACATTTTGAAAAAAATTAGAAGAGTTTGATTTTTTGGGGTGAGTTATCCCTTTAATGCTTTCTTGCATTATTAGTTTGATCACTGAATTGTCATGAGTTTTTCTTTGGAAGTTTAAGTCAAAGATGCCTTTGAAATGTCTTTTTTTCTTAGTTATTTATTTCATTTTATTATCTTAGTTGGTCAGTTGGTTGGTTTGATGGATACATAAAAAACCATAACACATTAACACACACACTCCAAATAGTAAGAACAAAATAAATAAATAATACTTCTTTAATAAATGAAGGGATCAAATAAGTCACAACTTAAAAACACAGTTCAAGCTATCATCTATCAAAGACACATTATAAATCATATAGGAACTGACTGTGTATGTATGTGTATGTGTGTTAG
Seq C2 exon
ATCTCCATCTGTAAAGTCGACACCTGAGCCAGCAGTCGAGCGTCCTTACATTGTCTTAAGCAGAAAAGACAAAGTGTGCCCTGAAGGGTCTTCAGGTTCAACCGGAGCAGAGGGCAACCCAGTGAGTGGGTCGTCCACCAGGGATCAGAGTGGCGGGACTGTGGCATGGCGGAGCAGCTCTGGCCAAACGCGAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052164:ENSDART00000162237:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.217 A=NA C2=0.672
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF138941=zf-C2H2_4=WD(100=20.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]