HsaINT0187446 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000168813 | ZNF507
Description
zinc finger protein 507 [Source:HGNC Symbol;Acc:23783]
Coordinates
chr19:32873373-32878573:+
Coord C1 exon
chr19:32873373-32873507
Coord A exon
chr19:32873508-32873622
Coord C2 exon
chr19:32873623-32878573
Length
115 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTT
5' ss Score
7.51
3' ss Seq
GTGTTTGTTTTGTTTTTAAGAGT
3' ss Score
9.07
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCTCTCTGTGTGGGTATGTGTGTAGCCATCCTCCTTCTTTGAAGTCTCATATGTGGAAACATGCAAGTGACCAAAATTACAACTACGAACAAGTAAACAAGGCTATTAACGACGCGATTTCACAAAGTGGCAG
Seq A exon
GTATTTCATCCTACCCCCTCCCTTTATTGCTATATGTAAATTAAAGCCAGGATTAAATCTACTAGTCCTACATTGTAGCCTCCTCACGGTGTGCTGTGTTTGTTTTGTTTTTAAG
Seq C2 exon
AGTTCTGGGGAAATCCCCTGGAAAGACTCAATTAAAGAGCAGTGAAGAGAGTGCAGATCCCGTCACTGGAAGTTCAGAAAATGCAGTGTCATCTTCAGAACTGATGTCCCAGACTCCCAGTGAAGTTCTGGGTACCAACGAGAATGAGAAACTGAGCCCTACAAGTAATACCTCATATAGTTTAGAAAAAATCTCCAGTCTGGCCCCTCCTAGCATGGAGTACTGCGTTTTACTCTTCTGCTGTTGTATTTGTGGTTTTGAATCAACCAGCAAAGAAAACCTCTTGGATCATATGAAAGAGCACGAGGGTGAAATTGTAAACATCATCCTGAATAAGGACCACAATACAGCTCTAAACACAAATTAGGTGGAATAATGACTCGAGCAGGAAAGCAGTAGAAGAGGATTCCTTCACCACAGTTTCACCTTTACGCTGTCAGACAACTTCCTGCCACAGAAGAAGTCGTTGATGTGATTTTTGAGGAAATGACAGATGTGACTTTGGAACCAAACTTGTAATAAAAGGAATTCCAAATGGACAAGCAGTAATGATATTTAAATATTTTGAGTGAGGGGGAGTGGGTCAAAGAGGAAGTAGAGGTGTAATCCTGTATTAACCCTCTGTCACCCCTTCTTAGTGTCGAGTGTATTTATTAATAAAAGCTTATTAGAGTGTAGAAATGCCAGCAAGAGTTAAGAAAGGGCTTTTCAGGAACTATTCTAAAAGTCATAAAAGGGTCACAGTCTTAAGCAGAGCTTAGTTTTCTTCTCACTTGTCAAATGCAGACTGTGAGGCCTCCAGTGAGAAATGGGAGGCAGTTCTGGGAGGGGGTTTTTTCAGTGTCACCAACAGAGTCAACAAGGAAACATAATTAGAGGGCTTTGAAATGATCTACTGAAATACCTAAATTGATAGAAATTAATCATACTCAATCTAGGACATGTTCCTTTACTCCTTAAAAAAGAAAGGAAAGATCTCTAAATTCAAAGCTAGATTGTAAATAGGCATTCAAGAAGTATTGTCTTAAATTTACGATGAATTTCTTGTGAGCAGAGGACGAAACAGGTGAATTCTCACCAGACTCAAACCAGATCTCAATTCGTAGTAATGCTAAATCGTCTTCCGTGTTCTCAGAGGTTCTTTTCAGTGTCTGTCAGAACTTGGCATACTTTCTCCATAGTACGTAGACCTTCTAATACTCTGCTAAATGAAACCACACTTGTTATCTGAAAGTGTGTGAAAGAAACAATGTATGAAAATTTACATTTGATCATCCGGCATTGGAAATAGTTTGAACTATTTCCAAAAATCCCTTAGGGGATGAGGGGTGAAATTTAAAAGCTCCTGAAAATGAGTACTGCTGTGTTGAGCTTTTCTTTCCTGGGGTATATTAATTTAGTTATATTTAGCAGAAGAGGAATATAACCAAATGTGACTAAAATATAGCAGAAATTCAGGTTGTTTGTAAAAATTTTAATAACAAATAGCATTTGGCAAGTCTATAGGATTCTTCCTATCTGGAAATTCTATTTTGTTAGAGTGCGATAGGACATATGGAAAACCAACACAAAGTGCTTTAGCATTAAAACTCACCATCAAATAGATGTAATCTTATTAATTACACATTTTGTATTTTAATTATTTCAAGGAGTGAAGAAAACAGGGTGTTTTTGTTTTTGTAGTTCTGATTACTCATTTATGCATTGTTTTGTTTAAGTAAATTCTGCCTACAAGTGAAAAGGTCGGTGCGCTCTTCTGTGCACCATCCTCACGGTGCTATTTCCGAATATCTGAATATTGATTTCTAACACCTGGATGAGGCTGTGACCGATCAACTTGGAACACTGTAAAGGTTTTCGAATGGGATACGCTGTAGGCACGTTTTAAGAAGTATTCTGTTCCTAAAGTCCAGGTATGATTGGATTAATATTTATAAAATTATTATTAGGAATTATTTAAGTGGGGCCAGGCATCTTGCAACATTTTCTGATTTTTTTTTCTTTCTTTCTAATCTCATTTTGGTGATATTTAAACAAACATAAATGATTGTAACTTTGCAGCTTTTTTATTTAGGTAGCTTTAATTTATTTATGAAAGTTAATCCATTTCTGATACGTGGTTTTTAAAAATATGAAATGGATTTATATATACTATATTCCTCAAATCCACTGTATGTGGACTTATATTCATTTTCTCCTTTTTTCGGAATTGAAACATTTTAATTTCAAATTCAAATAGAACATTTAAAATGATTTCATTATTATTACCCATACTGTTGCCACTCATATTGTAAGTCAGTTTTTTCATTGCTGGTACAATGACTCAGTATTTCTTTATAAAAATCTGTTGTTCTGAAAATCAACAACCTTAGAAGGATTTTGTCTTAGAAAATTTCCTTGGCTTTAGTTTTATATCATATTTAGAAAATAATAATGAAAAGCATCCCCAAAATTTCAATGATGTGAATTTTTAAATTACCTTTATTTCTTTAAACTAATTCCATTGATTGTTACTTAAATTTTCCACCTGGAATCATGGATTTAAAATTTCCCCACCTCATGGGGAAAAAACTAACCCAGAAGTTCAAAGCCTTTAAAGTTTCATCTGATTCTGGCCTTAGAATTGTCCTTAAAAGCTTTCTCCTGGCCGATAGGAGGAAGCATATATCAAGGAGGTTCTTTCCCTTCCCATTATCATTTTGTGGCAAGCCTTAAGTTAACAATGTGTCTACCAAGAACAATTGAGTTTTCTAAAAGTAATAATGAAGATTATGCAATTCTAACTGTAGAAGAGATAGCTATTAAAATAATCAGTAGCCTGGGCATAGTGGCTCACACCTGTAATCCCAATACTTTAGAAGGCCAAGGCTGGAGGACTGCTTGAGTCCAGAAGTTTAAGACCAGCCTGGGCAACACGGGGAGACCCTGTCTCTACAAGAAATTAAAAATTAGCCAGGCATAGTTGGCACGTGCCTGTAGCACCAGCTACTTGGGAGGTTAAGGTGGGAGGATCACTTGAGCCTGGGAGATAGAGGCTTGCAGTGAGCCGTGATGGCACCATTGCACTCCAACCGGGGTGACAGATGAGGTCCTCTGTTTACCTCCCCCCCCAAAAAAAAAATTCAGTAGGAATTCCTTCATAGAATAACATGTTATTTATTGGTATTGACTTCTTATTAGACAGAGCTCATAGTATTTGTTTTCTGCTCCGAACACTTAAAAAATACTAAGACGTGATAGTGAAAATAGCTTTGAAAAGAAACTACATATGGCAAAGGTGGGGAGGGGGGAAGATGATGCATTCTGATCATTATAAAGAATACTTTTCAGGGCTCTATCATTTTCTCCCTTTCTCTAATCATCCAGAATATGGCGGGTGTCCCAGTGTTCAACAGTATCATGCTAATATTCCATTTGATCGGTAGTCCAAGTTCTTTGGCCAGATAGTGCAATGTTGTGACACCGACCGAAGCCTTTGTTCTGGATCTTTCTTCCTATTGAAGGTGGCTGCTGGTGGCTTCATAATTTTCTGTTTTTTTTCTCACAAAGTAAATGGTGGGCATCCATGTTTACATTGCACCTTCCCGTGCTGTAATTGGCTTGACAAAGACAAGCAGGCTTCTCTGTTGAGACTTATTGTGTTTTTAGTTTTCATAGACACTTATTTAATCTTTTTAAATTGTACAGCAAGGTGCTCTAAGTAATATTCGATAAAATATATTTAATAGAAATTTGCGTTTGATATTCATGAACATGAATACATGTATTTTTTTAAGAAATAAGTATTGTGTAACACTATGGCATTGCTTCTATAGCCAAAGTATAAAAATTTCTGGAATACTGACATGTAAAGACTACAGTTAATTCTGACACTGTATCTTATTAAAATAGGATGATTTGCATTTTGTAAAATTATCCTGCACATCAAGCTGCATGCCTTAAAGCGGAAACTCTAGGACTGTGTTCATGGGAGAGCAGTTCATCTGTTCAGAACAGTGAGGCAAGGTCTGTAGTGCTTCTTTAACTACCTTTGGAAATACTGTACAATGTTAGAATAATTTATTTTGCTTTACAGGAGTTTGTCATGTATTGACTTTAATATTGTATTTTGGTAATAAATTTTTTGTTAAAAAAAACTTGGCTCCAAGTTCTATTAACCACAGGTTGTGTTCATTCTTTTCCTGGAAATGATGACTTTATTGCTTAGAAAGTTGTAAATAATTAAAAGCTTCCCAAGAGTTAAATGAAGGTTATGATGACTCTTGATAACTTGTTAATCTGTTGCTGACTAGCATTAGACTGTTACACGAAGATAAACTGAATAAGCATTTAGCTTTTTAAATCATTTTAAAAATTAAGTCTAATTTTGAAGCTTTTTTCCTTGCTACCCAGTTCAGTTTCTCTTCCAAATGTGACACGCTTATATGCTTTCAATTCTGATATAGTCAAAGTGCTAAAGACTAGTTCTGCTATTGACGAAGGAATTAGCATTCCTTAGTGAAGGCCAAAAACTACAGTGATATGTTCACACCTTGATCACTCTGTCGTCTATACAGACAGCTATTGACATATTTGTTGCATTGACGAAGCTAACATCATCTGACTGTATCGTGGGTCTGGTTATCCATTTGTGCCCTAGAATCCTGGGTCACCTCAGTTGAAAGTGACCAAGGCCAAATATTTCGTCCCATGCTTCCCAGGGACAACATAATCATATCCCCTGTCTTTGAAAAACCCAATCTGAAACTGTGTCACTAACCTCCAAATTAAAGAATCCGAGCATGGAAGCTCTAGAACGTATGGTCCAGTGTGGCAGCCACTATAATATCTAAGTGTAAAATACATAGCAGTTGCAAAGACTTAGTACAAAAAGAATGGAAATGTATTAACAGTTTTTTATATTGATTACATGTTGAAATGATATTTTGGTTTAAATAAAATATTAAAATTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168813-ZNF507:NM_014910:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.138 A=NA C2=0.598
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=PD(38.5=21.7)
A:
NA
C2:
PF138941=zf-C2H2_4=WD(100=19.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
CGCGATTTCACAAAGTGGCAG
R:
ACGCAGTACTCCATGCTAGGA
Band lengths:
249-364
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)