DreINT0181638 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000071868 | znf711
Description
zinc finger protein 711 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081107-49]
Coordinates
chr14:11669330-11676247:-
Coord C1 exon
chr14:11676116-11676247
Coord A exon
chr14:11673581-11676115
Coord C2 exon
chr14:11669330-11673580
Length
2535 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
ATTGTCTTTCTTTATTTTAGCTG
3' ss Score
9.93
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGCAGTCTAGAAAGTAAGAATGGTGCTGCCACTCCCTACCTGCAGATCACTGACAGCATCAGCACAAGCCGAGCACTTAAGCAAAAGATTAAGAAGAGAAGGCGAGGAGAGACACGCCAGTGTCAGACAG
Seq A exon
GTATGAGCTTCTGTAAGTGCAGTTTGATCCAGGATGTTTTTGAACTCCTCTGTCTATGACAATAGAAAGTCGCATCTAAAATATATATATATTTTTTTTACATTTTTTATTTAATATTTTTCACTAACATATACATTTGGGTGTATACATTTTTGACTGTTATCATAAATCAGATTTGGCTTCAGTACTGGCTAATTGAATGTATATGCATAAATATAATTTTGTATAACATCTTATAGAAATAGAATTTTTTTTTTTGATAAGAGCAATCTCAGTCACCAGATTGGCACAATTTTGATCAAAGAAGACAACAAGGTTTGTTTGAGCTTGGGTTGGCCATGATTCATTGCTGTGTGTATTATTTTGTATTACATAATTGTAATTGTACTTTGGCTATGAATTTAATAATGAATCTGTGTTTTACTTTAAGTCTAGCTCTATTTATTTAAAAAGTGGTACGGTTTGCTATTTTTGTACCATTCACAACTGACAGTGGAAACATACATAATAAAACATTTTATACTGTACCAAACCATGCCTTACCACTTAGTGGAAACAAGCCATAATACTGGTGTTTAGTGTCAGTGATCAAATCAGATCTGGAATATGGTTCATCCAGACACCCTCATCACTTATTTTAAGGGTTTGTATTTACATTAATATTCATTAAAACCCTCAGAGCATGAGTGAGTCAGCCAGTACATGTCAGGTCCAGTCTCATTTCCACAATCACTAATGGGGTTTTATCAGGCCTTCTCGAGGCTTCCTCAGGGGAAATAGCCAAGGGTTTTGGGTCTACCAAATACTGTGAGCCAAAGCAGCTAAGCTGTAGCTTGATAATAGTCATGAACATATAACACACAATGATTTGCAATGCTAAAGGATATTTATACTAATGCTTGCCATAATAAATATACAATATGTTTATACAAGAGACTAAATTATTATTGAAATTGTCTATTTGTTTGTTTCATATTTCATTTGTATCTTCGCTGTGCCATTGTTCAAGCTAAACTTCAATGTGTCCGTTTTCCTCATGTGAGCTCCATCTGTTGCTTTGATTGATTGGATAACAGTAGTATAATGGTACATGATAATAGTGAGATGGACAAATTATACAAATGTTCATTCTTCTTGAAATTAAAGCCCTAATGATCTTTTAGTTTAGTCTAGCGATCATAAAATAAAGGGACGGAGGGAAGCAGCAACCAAACCAGTAGTGCTTTTGTTTTTTCCTCACATATAAAAAATAATGCTCAATACCTATCAGGGTATGCATGTAGATTGCAGTTCAAGTTTGTATATTTATTTTTTCATTTATATAACAGGGAAGCGAGTTTTGGAGTATACGTATCTGACTGCAGTTTATGTATATCACATGAATACCTGATGGCTGCAGTGTGCTCTCTCTCTTAAACACATTACAGCTGTTCGATGGTGCGTACACATCACTCCCTATTTGTGTATCTATGGTTAAGGCCTCCACAATCCATTCTGTCCCATCATGGATTAACATGGTTCATTCTAATATTATCCATGGGATTCCTGCAAAATGTTTAAACATAAATTGAAAAAGGCAAATAAATGTATCTTAATGTAACTTAAAAGTAAAAAGGACACATTAAGACCTGCTCACTTATCAGCAAGTGATAAATTGCACAACAACTTTTCCTGCTTCTTCCATAGTGGAAGCATTTTGTCTGGTTGAGAGTTGGGTGTGTATCGCAGTTTCAGACATCTCTAATGTTATGAACAACAAGGTCACATTTGCATTTCCTCAAATCTGTCAGAAGTAGTGGGACAAAAACTTCAGTATTGCAGAAAAATATGTCCCGCGCAGATCTAGTCTGAACGTGCTTTCACTGTTTCCTGATTTCTCCACTGATGGTCTAGCAAAAATAGTATCTTTCACAGTGAGTGTTATGGCTTAAGACTCACTAAGCTCACTGTAATTTGGCAAATACAGCTGTTGACCTTTTTCACAAGATGGTAATGATGCATTTAACGGTAGTAAGCATCTTAAATCCTTGAAAAATTTTAATGTCTTCATTTATTTATTTTTGAATTTTTATTTCTATTTAAATAAGATATTTTGAACATGTTTGAAAATGTGTTTTGATAGTTTACAGCGGATATTCACTGTCTGCATACACTGTAGATGCATACCTTCGAACAATTCTTGTAGAATCAACCAATGGCTAGGATCTATTTCACTTGAGTGGTTCAACATGGAATTTCAGTGTTTACCAAAGTGTTACTCTCCATGTGTGATGGCATTTCCCCAGGAGGATATACATGCATATATTTAATTATAATTTTGCATTAGTCTGAAAGAAGACAACACATGGGCGAATGTAATTAAGTTCTAGTAATGTTTCAATAAAAATTGCATTAATACACAAGTAACAGCCTTTAAAAGAACACTGGATACATGATTGTATGTATCTTAAGAGATTAAGTATAGATGGTATAGTCTTATTTCAAAATATAATATGGAATTGATTAATTTCAGCACATTGTCTTTCTTTATTTTAG
Seq C2 exon
CTGTAATCATTGGTCCTGATGGGCAGCCACTGACTGTATACCCCTGTCACATCTGTGGCAAGAAATTCAAATCACGGGGTTTCCTGAAACGGCACATGAAGAATCATCCGGACCACATGTTCAAGAAGAAGTACCAGTGCACCGATTGTGAATTCACCACCAACAAGAAGGTGAGTTTCCACAACCATCTGGAAAGCCACAAGCTCATCATCAAGAATGAAAAGATCCCTGAGTACACGGAGTACACTCGCCGATATCATGAGGCCAGCCCGCTCAGCTCCAACAAGCTCATTCTGCGAGACAAAGAGCCCAAGCTGCACAAATGCAAGTATTGCGAGTATGAGACTGCCGAGCAGGGTCTTTTGAACCGCCATCTTCTGGCCGTGCACAGTAAAAACTTTGCACATGTCTGCGTAGAGTGCGCTAAGGGTTTCCGCCACCCCTCTGAGCTTAAGAAGCACATGCGGACTCACACGGGAGAGAAACCTTTCCATTGCCAGCACTGCGAGTTCTCTTGTGCCGACCAGTCCAATTTAAAGACTCATATAAAGAGCAAACATGGGACAGACCTGCCCTTTAAGTGTGGCCATTGCCCACAGGCGTTTGCGGATGACAAGGAGCTCCAAAGGCATGCTGAGATATTCCAGGGTCATAAGACTCACCAGTGTCCCCATTGTGAACATAAAAGCACCAATTCCAGTGATTTGAAACGTCACATAATCTCAGTACACACTAAAGACTTTCCGCACAAGTGCGACGTGTGTGAAAAAGGCTTTCACAGACCCTCTGAACTGAAAAAACATTCGGAAACCCACAAGGGGAATAAAGTACACCAGTGCCGGCACTGTGATTTTAAGACGTTGGACCCCTTCACACTAAGCCGCCATATTCTTTCTGTTCATACTAAGGACTTGCCGTTTAAATGCAAGCGCTGCAAGCGAGGTTTTAGGCATCAGAACGAACTTAAAAAACACATGAAAACACACAGTGGCCGCAAGGTTTACCAATGCCAATATTGCGAGTACAACACTACAGATGCTTCAGGTTTCAAAAGGCATGTCATATCAATCCACACTAAAGACTATCCCCACAGGTGCGATTACTGCAAGAAGGGTTTCAGGCGGCCATCAGAAAAGAACCAACATATCATGCGACATCACAAGGAAACCCTGTTATAACGATCTTTAAACTACAAGACAAGATCTGACGCTGTCATTTACATGGTAAAATTGAAAAAATTCCTTATTTAATGGTCTGCTAATATGTAAAAAACATAAATCAAATTTGAGGCGGGTATAAGTGGTTAACAGTATGGTCATGTCTGTTTTTGTTTTGTCTGCATAGAAAAAGTTAGGAAAATGCTCATTCTCCAGTGCCTATATTTTCTACCCACTTTGATTCAATTCAGTAAGCAAATACTAATCCTCAACAACGTTTGCCCTACAATAAAAATTGTCATTATTTACTTGCCCTTGTGTTGTGCCAAACAATGACTTTTATATTGAGATAGCATAAAAGCAGTGCCACATAAAACTTGTGCTGCTTTATTTCATTGCAGCTTAGCATCAGAAAGGCTAAAACCGCAACATAAAGGCATCATAAACTTAAGCTTTTCTATTTTGTGCACATGTTGGCAAATGTTTGAAAGCCGGATAAAAATATTCAAATAATTATGTGTAGCATAGAAAACGGTTTGAAATAACTCAAGGGTGAGTAAACGATGATCAAGTTTAACAATAGGTGTCATGATAGATGCCATATTGAATTGTACACGGATGTAAATTAGGCTAGACTCACTGCACAATGTAAAGATCCTACATCACTCCTCAACTTTACAATTCACATTACACAAGGTTTATGTTCTTGCAAACGAATATTTTAAAAATATGTTTTGTCAGCTGAGCATTTGGCATTTTGTCAAACATCCGCACGATCCACTTAACTAGGCTTTTTTTTACATCATTTTATGAATTAAATGTGCTGTTTGCTAGTTTTTTTTTCTTTTGGCCGAGGACAATAAATAATTCAGTTATCTATGGTATGTTTAACCATTATGATGTTAATTTAAACAACTCTTGTAGTTATCAGAAATTGTGCTGTTTAAACCAGTATGTTTTTTGAGGACTTTCATACCATTTGCTCCTTGCGATCCTGGTGTCTTGATTGATTCTTCACATATCACTCTGTGTTGTTAACTTTGTGAATACTGTTGCACATTTTAGTGTATATGTACAATGAAATGTTAACAATGCGATGAACATGCACATACTGCCAATTATTTAGAATCTCTTGAGTCATGCCTTACATCTGTTTTTGCACTGAATTCAGCAAGTATAAATCACTTGTGAATATTTTAACAAGTTTCAGTTATGCTACGATAGACGTATACATTAACAAATGCAAATCAACAAAAGAGCTTTTACAACTTTTGCTTTTATAATGTCGCTACTTTGTTGATCATTTTTGGTGGGTGGGCAAATATTCACATCCCAAAGAAGCCATTCCCCTTCCAGAAGTATTTGTGCGGGGAAAAAAACTCAGTGCTTAACAGGCATGTCTTTATATACCAGTGACTGGCATAGCTGTTGACTTCTTATATGTCTGTAGTTAACAGCAGTACCCTGCAACTATAGTGCAGTAAACCATACATGGTGAATTTTATTAATAAGAAGAGGTGAAGAGAGTCGGTTTTAATCTATTTTATTGTCAGACACCCAAATGTAGTAGTCACTCTAATGGATAAAAAAAGTACTAAACGCGTCACTGTTTTTTTTCTCAGAACACTTTTTATAATGTGCTGTGGATTTTCACCAGATGTCAGTAAACAACCCAAAGTAATCAACAAAACTACTTGCTTTTGAAATTAAGTGATGTGTAATCAAATTAAATGACACAGAAAAAAAGTATTGAACACACAAAGAAAGGATGGGGTAGAAAGGCATGGAAAGGCCAGACAGCAGCGGAAATCTCACAGCCAAAGAAACTCTTAGCTGGTTTCAGACAAAGAAAATAAAGCTGCTAGGAATGGCCCAGACAACCACTTGACCTGAATTCAATCGAAAATAAGAGCTAAAGATTAGAGTTGATAGACAAGAACCACAGAACTGTCAAGATTTGAAGAATGTTAATGTATCGGGGGGGAAATCACACCTGATCAATGCCTGTAACTCCATTCTCCATTCAAGAGTAATCTGGAATCTGTCATCACTTTTATACAAAGTATTAAAATACATTTAAGTTGTTCAGTACTTTTTCCTTAAGTTATTTCATTGTTATTGCACATGACATAATTTCAGAATGAAAAAACTAAATTTTGGGTATTGTTCGGGGTTTTACTGAAATCTGGTACAATTGCACCTCAGCAGCACCTTTAGAATATGTATGTTTACAAGAAAAATTGGGACTGATCAATACTTATTTTAACTCCTGTATGTAAAACATAAGCTCTGTCTCATAAGAACATGTTTTAAGATTGCAACAATAGAGGATTGAAATCTTCAGTTCTGAACAATACGTTCTGTTTCTTGAAATTACAGAACACCCCTTCTAACAATTGACATCATGACAGAAATATTGCAATTTCAGTATCAAATGGATGTTGCAAATCTAACCTTTATTATTATTATTATTATTGTGATGGCCATCCTTTGTTCACAATTGAATCAGTTGTATTAGGTTAATGCTGTGAAACAAAACTGTTTAATTGATTATGTAATCATAACTTTTAGGCGTAGTTACAGACTTCATTAAGTGAGACCTGTAAACTGGAGAGATAAAGCAATTTAAAAAATTGTTAATATGCTTAAATTATGAATTAGGCCTATTACTTTTGTGGCTTTTTGAATAATTCCAACCTTAGTTCAAAACTCACCTGCACATGCAGTTGTTTGGCAGATGCCTAGTGTTGAAAATTATGTGAGCAGTACAGATATTGCAGTGTTTGTTAATGTTGTGATTGGGTACTTGCATAATCCATGAAAATAAAATTAATGCATTTCCTTGACTTTCTTTTTGCTATTGGCAACCAATGGACTACTGGTGAGGCGGTAATACATCTTTAGTTTTGTTTTAATTGATTAATGTATTTATGTATTTGCTTTAGAATTGTTTTGCACTCTGGTGTTTTATTGACATTCAGCAAATGGCACTTTTCAGATGTATGAAAAATAAAAACAATGAAAATTGAACTCCATCTACTTATATATAAGAGTTGTATTATGCTATTAAAGTGGTCAGTTGTAAATGCTGTAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000071868:ENSDART00000106654:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.125
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF047048=Zfx_Zfy_act=PD(13.7=93.3)
A:
NA
C2:
PF0009621=zf-C2H2=WD(100=5.9),PF139091=zf-H2C2_5=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.9),PF139091=zf-H2C2_5=WD(100=6.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]