DreINT0181673 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000076171 | znf827
Description
zinc finger protein 827 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080728-3]
Coordinates
chr1:35297579-35300406:-
Coord C1 exon
chr1:35300209-35300406
Coord A exon
chr1:35297757-35300208
Coord C2 exon
chr1:35297579-35297756
Length
2452 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
ATCCTGACCTAATCTCCCAGGCT
3' ss Score
6.11
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTCAATTCTAGAAGCCCTCTCAGTGAGACCAAGAGCACTTCCTCCTCTCTGTCAGCCCTCAGCGACTCCCTCAACAGCTCTGAAGGTGGAGATGTTGCCCAAGGTAACGAAGAACTAAAAAGCCTTTTGGCTCCGCCTTCATCTGTGGGAAGCCAATCAAGCTTAGGCCCAGGAGCAGAGGAAAAAGCAGAGAAAG
Seq A exon
GTGAGACTTTTAGCAGATACACCTAGCGCATTTTATCCCTGATTAAGAGTGAACTAAAGCATGTTTGAAAAAGTTTTACATTTCAAAACCATGAACAGCTCTAAAAAAGGAGCTTATTTAATTCATTTATTTAGGTGGCTTTATAAAAGATGGCTGCCATATTTAGATTACATAACCAGTGCAAAAAACAGAATTCAGTCATTAAAATGGAATTAGATGTATGATGCAGAAGGTGTTTGAAGTCTTTAAATGGGTGGTCCACTACAATATCATATTTTAAACTTTAGTTGATGTGTAATGTAATTGTGTGAACATAAATAGCATTTCTGAATGTAAGGGTGACATTGGCTTAAACAGAGTCAGCTTAGTAATGCCTACAGCGAACAAAGTTTGGGGTCTACAAAAAAATACATCTGGGCTAGTGAGATTACAATGCTTTAGGTTACACGCATTTACCACGCGCATATACCCAGTGCAGCAGAGGGGTGTGGCCAGAGGCCAGAATCTATAGGCCACTGTTTTGTTATAGCAGAGAAAGCTAAAACGGCTAATTAGCATGTATATATATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGCATTTGACAAAGGAAAGCTTCCAGAATTTCTCCCAGTTCAGTGCTGGATTCAGCTAAAAGCTCCTCCAACCATAATAGACGAAGCTGTGGATTGTGAGCCACAACCTGTAAGTATTTTTATTTGGTATAATTGATCAACCACATGCACAGTTTCTAGCATAAACAACAGTAAACAAAAGGAAATGCTGATTGGCACCGCTAACAATTTAGCTTTAAATTCATATTTATCAGTCAAACCGCTGTAAACAGCTACAATCTTCAGCAGCGCTGCTGTGTCTCTCTATGCGGACGCTTTCAGTGTTTGACATCTCAAATAACAAACTCTCAAAAGATATTTTTTATATTACTTACACATGCTTATTCCGAATATATGTGTAAGACACTTGTCAGATTTTATTTTATAGAGCAGGCATAAGGTTAGATGTCCTTTTCACTTTCTGTCTAATTAGTTAGCAGCTAATGCTTCAAACAGCTTCTCTGTTTACACAGTGCAAAAGCTTGTGTTTGTAAAGGTGTGACGTGGTAACGTGAAGCTGATCCGCGATTCACAACACAACAAAGCGTTAAAAATACACTGTGGACCACCCCTTTAAACCACAGTTAGTTTCAGTAAGTTAAATAAATTCGCTACCCTTAAACATTAATTGTTACCACAGTAACTCAGCAACAGTTATCTGAGCCTTTATTCCTCTGTGTATTCATGAGCACACTGACGTCTGCTTCATAAGGGAGCCGATGGGGATTAACCACTGCAGCAATATGCTCATGAATATTTGCGATAAGGCAGGTAATTGATGTTATTGTGAGCTATTAGATATGACTGTGTCATACACACTATTTCTGTGGTTATCGATGGCTAATTCAGGGTTGGCAAATGTAATCATATACATTTTTATAATCATTTTTTTACCCATTCCGTCAAAAATTGCTCTGTTAGTTTTCGTTTTTAAATTAAATTAGTCCATAAAAAACGATCTTTGGAAAAAATTTCATTAATAATAGAGTAAATGTATTAATTCCTTTCAGTTAAAAAAAATCTTAGCTAACAACTGAATATTAATATTTACATGTTCAATTTAATTACTTGTATATTGTATTGATTCAAAGCAGCTTTACAAAAGGTGCACATTATTGCAATGCAATCAAAATAAGTCAAAGTTACACTCAAATAAAGTTATTATATACAAACCATTATATTACCTGCAATTGTATTATTATAACTGTAGGTGATGTCTATGTGTAGAAGTTTAATGAAGTGTATTTGTGTATTAAGTGTACGTTTTGTTCTCAAAGTCCTCAATGGTTGGCATCATCTCTTCATATGTGCCGTCCTTGAAAATAATAATGCTTTTTTTAATAGTGTTACAAATATTATATTTGAAATAAATGCATATCATTAGAACTTCCTGTTCATCAGAAAAATCATTAGAAAAAAAATCTCACAACCCCTTACAACATTGATAACAATAAAATCTTATCAAATTAGCATATTGCAGTAACTTTATTAGCATATTATTAAAAATATTAACAGAATATTGAGTTGAGTAATGTTGCATCAAAATTCAGCTAATTTCAGACTCAATATATGTGCGTAGTAAATATTAAATTATAATAATTCACAGTAACAATCGTTTAATGTCATTTTTGTTAAATAAACGCAGGTTTGGGGAACAGTTTTAACACAAGAAATCATACCGATCCCACATTTTTAATGCAACAATGCAGAAAATAGAAAATACTAAGTAATATAATTATATAATGTATATGAAAGATAATGAGATTAATTTCTTCTTCTCTCATCCTGACCTAATCTCCCAG
Seq C2 exon
GCTTTGAATGCGTCTTCTGCAACTTTGTGTGTAAAACCCGACCCATGTACGAGCGGCACCTACAGATCCACCTGATCACGCGCATGTTTGAGTGTGACGTCTGCCACAAGTTCATGAAGACGCCCGAGCAGCTCCTGGAGCACAAGAAGTGCCACACCGTCCCCGCTGGAGGGCTCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000076171:ENSDART00000037516:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.433 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=43.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]