GgaINT0027378 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr10:20403818-20409538:-
Coord C1 exon
chr10:20409402-20409538
Coord A exon
chr10:20404031-20409401
Coord C2 exon
chr10:20403818-20404030
Length
5371 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TCTCACGTGTTTCATTGCAGGTG
3' ss Score
11.19
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGTTGGTGTGTGCACAGCCATGTCCTCCTGGGACATTCGGAATTAATTGCAGCCAGGTCTGTCCATGCCACAACGGAGGACACTGTGATCCCGTGACAGGAAAATGCATCTGTACACCTGGCTATGTTGGAGACAG
Seq A exon
GTAAGAATCAAACCCTCAAAGCCTTTGCTTTTAACCAAGGATTGGCAATATTTATATCTCTGCTAGGGCAATCTTACTCTTGAAAAAACAGTGTTCTGTTTCTGTTGCTGCTATTAGGTTCATCCTTCTGCAGCAGTTCAAGTATTATAAATGTGGCAATGTTATTACTTCTTATTGGCAATGCTTTCCATTCACCGTTTTTTTAATATAACTTTTAAAATTTAATGGATTAAATTTAATTTAGATATTTACAGTGATAAATTTAATAGAGAGCATTGCATGTTTACAAGATATGTAAATGAACTATATTTATACAAATTAATATCCTCAAGAGTAAGCAATGCAGCAGTTTAATGTTTCCATCAGCCCCTCTATGCTGCTGCTGCACTGATCCATCTCAGGCACCAACAAAGGGTGATAAATCCTCAACATTTATAAACTAATGTCTTCACCCACAAATCAATCTAAGATGATAATGTTGCTTTACGAAGGTGTCACAGGTTTAGCAAAATGACTACACAGCAAAGTCAAGGTGGGATTGTGACATGTGCTGGCTTAGCCCTCCAGCTAATCCTGCCAGTAGGTGAGGAAACTGTAGCTGAGCAAGCTTTCATGTGCAGCTTTCACATGCAGCTTTCACTAGGGATTGAACTCTGTCACTGGGGTTTCCAGAGACCCTGGGCACAGCTCACTAGTGTTCCATATGCTAAAGCCCTTTGTCCTGTATCTTCCCTTCTGTTTCTAGCTAGAATGAGCTAGTACTGCTATGCTGATATTTGCTAAAATTATACTTCTCTGCAGCAAAGCATAGGAATTTCTTATTTCTTGCCTCACTGCATAATCAGCAGGTCTTTACAGCACACAAGCAGACCAGCCTTCAATATGCTCTGCGGTTCAGAAGGTCACATTCTGTCCCAGCAAATGTGGATGCTCCTTGTTTCCATGTTATTGACAGTGGTAAATCGCAAGGGGCTCTGGAGATTATGTCAGGGTTTGCATGTGATTAAATATGGTGGAAATATTGTTTTAAATTAATTTAATAGAGAAGGCATCAGTGTATCTCTCTTCCCCCATCCTCCATCTGGAGGCAGTGATTTCAAGATCCCTGGGATATAATGTGAGAGCGCTGTGTATGACTAACCAAAGCTTTCTCTTTCTCAACTTTTGGAGATAATTCCACTTGAAGAGGCAACTGTGCAGCCTGGACACTTCCACTGCTGACCACACTTCAGTCACAAGCCATCCTCAGTCCTGGCTCTCTGGCTGGAGGTCTCCTCATCTGGTTGCTGCAGACCTAGATCAATTCTTGGCCATAGGTGAATCGACAACATTAGAGCTGTCAGGAGCCTCCAGCCAGCAGCCTGCAGCTGAGCCAGCTTCTTTGCTCAGCTGCCAATATAGCCTCCAGCCACGAGGGAGGACGTGCAGCAGAAGAGCTGGCTCTGTTACTGGCGTGTGGCATGGGGAAACAGCAGTGATGGAGTTGCCATACTTCCTGCAACACTGAGATGTACTCCAGCAAAATAGCAGAGAAAGAACCAATGGGGAAAGGGATTGCCAGAGGACAGCAGAAGACACAGTTCTGCCTCTTGCCAAAATCAGAGGTTCTTATACTTCATCTTCCTTAGAGAGGGCCTGGAGAAGGAGTCTAAGAAAGAGAAGGGGTAGAGGAGGCACTGCAGGGCAGAACTTACAGGAACCGTATTGAAAAAAGGGTCTGTGGGCTCTTCAGATCTGGGTTTGGAGAGAAGTGGTAGACATTAGGACTCTGCAGAGGTGTGCCTTGGAAAAACAGAGCAAAGCAGGGAGGCAGAAAATAAAGCATGACCAGCTGGAAGCCGAGGCAAGAAGCTGTCCCAGAGAACCTGTACCTAAGCAAAACCCTTGGAAGTAGCTCACCTGCCCTCTCCTGGAGCAGGAGAGTAAAAGATAGAGTGAAGGGAGAAGTCAGAGAGCAGAAATGCAGGCTCCATTTCTGCTGCTATCTTCCCACAAATAAGAGCAGAGGGTAGTAAAGTGAAGACTGTCCTGAAAGCTTTTCTGGTAAAGCTGACATTAGCCAAGAAATTACCACCTTCCAATTGGGTTCTTTGGAGCTTGAAGCAAGTGAACATTGGGCCCATTGCAATCACTTGGTCTGGGACAGCACATTGCCTGCAAGGGTTGCTGTGAGCAGGTGTGCGTGCACGTGCCTTGCTGGCAGCTGCAGCCTGCAGATGGGAGATTGCCCATTGATTTTGGTGAGGCAGGAGCAGGCACAAAGTCTTAAAGAAGTCTAGATTGCTTTCCTGAGTTGTGTGCTTGCACGGCGCAGACAATGGGATGGATTAGTCAGCAGCATTTTGGGTTAGTCTATTTTATTTTCTGGGTCTCATGTAAGCATTGCGGTGCTACAGTATAATTGCAAGTGCAGCAGGAGAATGGTGCTGCACAGCAAAATAATGTTTTCTTTGAAATTCTACACGGCGCTGAAAAAATATTTCTTAGTAATAACAGACTTTGTGAATAACCACAATAAAAAAGTAAACACTCTCTCTACTATTATCCTCTCTAATTGTCAGTGAGTACTGCATAAAATCGAGGCTCGTCGTCTTGTGCAGGAGATAATAACATGGAGTTGGGTAAATATTTGTGGCGATGAAATGGTCATAAAGGTCTGTGTAAGTGTAATTGTGATGCTTTATTCCCCACCTGTTTTCCAGGAAGAGGCAACACACAGAATATCTTGTGAATTGCCATCACTATTAATAACTGCAGGCAGCTCTGTGCTGAAGTGACGGGATGTGTCATGCAAATGTGTGCTTTGCAAACTGGAAAGGAATAATAGCAGAAGCACAGTTAGAAGCTGGGGATGGGGAATTCAGTGTGTGACTGGAAAAGTGAACATACTGTTTTAGCTTTGCTTTGCGCACTGCCATAAAGCTTAAAGAGTGAGTCTTAACAGAGTGAATGCCACATTTGTTACAACAGCATGAGCAGACTTACTCTTTTGTTGTTTTGTTTGTATCTGTATCTTTTATACACAGAGCAGTGATTTGCAGGTTAGTGGTTTTGGATGGCTTTAATCTTTGTCTGTGCTACGTAAATGTGATCACTGTTATGAACACAAACAGAACCTTAAAAACTTAACAGCATTATTCAACAGAAAGGAATTATGTAGACAAAAACGTAGGTACATGTGCTAAGTTCATCTGTTAGCAGGCTGTCTTATGTTTAATATTTTGTAAAATTGCTTCCATTAATTCTACAGGTGACAGCCATATTATCCTATCCAAACCCAAATAATTATAGTACGTATTAAAGTTCAGTGGATATTATAATACGGATCTCCCCAGATAGGCAGAAACCAATGTAAATTAAACAAGAAACATAACTAGGGCTTAGCAGCTCATTTTGTAATTTAATTGAACAATGTATCTGGTTGTTAATGGTGCTATGGACACATTAGATTGATATGTTGCAAAGGAAGGATGTTCAAGTAGAAAGCTAATTCCTGCTGTGATTATTCTTATGTTCCAGAGGAGTTGTTATTAGTATTCTTTGTATAAAATTCATTAGCGGTAGCTGCTTGATCTCCAAATAAATAAGTTGGTTAAATTGCTAGTAGAAAAAGGCTAATTATGTAAATGGATTAGGTTGTCAATATTTCATTTCCAGATGCTTTTCTCCCTGCTAGGTAATGCTTCATCTGCTATAAATATAGAATGATATAGTGCACTATTGACTACGTATTCATTTCATTGAGTACAGTGCTCTCCTGCTAACTAGTAGAGCTGTGTACGGCAATGGAGGCATAAGGCATCTTAATACGTTCTTCATTGCATTTCAGTTGCTGTAAGTGTTCCAGTCCTGATGTTTCCCATTCTTTGCTGGTTGTTTCCTTTGCAGCTGAACTGCCCTGAGAGCAGCAGGGCCAGCAGCCAGCACTGGGCTCTCTCCCTTCCTGTTTGCCACAGGCTCCTCTCTGTGGGTCTCAGATGAACTCCTGAACCTGGGTTGTGTAACTAGCAACTGTGTTGATGCTTGCTGCAATTAAATCACCAGCTCAGCCTTTGGCTTTGTTCATTTATTTTTAGTAAAATGCAGTAATCTGAAGCTGCAGTAGTAATTCTCTCCTTATATACTGACTGTGTTTATTGCAGTTTTGCCTGGCTTGCATCATGCATTAATCTTTTATTACTGATCATTATATTAACTCTCACCTGCCAGCTGTGAAATGACCTGCAGAAAGGCATTTAACAATTGCCTCTATCCACTGAGTTTGCTGTATACACTTTAATCAATGCTTAGGATTAAATTAATGCTGATAGGCAATTTCCAATACCTGGCATCCATGCGATAAGGGAATTGGGCTTTTCTGGACTTCTTTTTCTTTTTTTATTAACTGAAAAGGCGTATCTGTATTTCACGGTGGATCATGTAAGTGGTAGTACTGACTCATGGCGAGTTTCTGAGACCTCTGAATTATGTCAAGCAGAGAATCTGTAGCTTCCTGTAGGACTTCAGCTGAGCTTTTTAAAGTATGAAATATTACGATCACTTAAACTGTAGAACAATGAAAGAGATTTTCTTGCAGAATTCACAATATCTCCAGTTGGGAAACAGCGGAAAGCAGTGCATGGAAGGTGTAATTTGAAACAATCTGTGTGTTTGCAGATTCCTTCTCTATGTCTATCAAATTTTTAAAATGATGGCAATTTTGGAGGAGCTGCGATGCTAAGGAGTGTGAAAGTGATTTGTCTGGAGATTTTGCAGTACTGAGTGTCCCTGGAGTAAGAGATGAAAAGCAAATTTGGAGTTGCTCAGAATACAGGCAAAAGATGAAGGAGTATATTTTCTCCTGGTTGCTGTAAAGCTGGTGCAATGGCAGCACAGAGGGAAAGTAAAGCTCTCCTTTGCTTGGACTACATTTTATTAATATTGCTCAATAGACCACATTTCCTTTCGGACTTCACTGTCACTCGAGGAGGAGTGGCAGATTTTAAAGAAGGTGTGCAATC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Seq C2 exon
GTGTCAAGAAGAGTGTCCAATTGGGACATTTGGCTTTCAGTGCACACAAAGATGTGACTGCCAAAACGGTGCAAAGTGTTACCATGTGAATGGAGCGTGTATGTGTGACCCAGGGTTTAAAGGGATTCACTGTCAAGAAAGAATGTGTCCGGAAGGGTTTTATGGCCTCAAATGCAACAAGAGATGCCCCTGCAATATTACCAACACCCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007631:ENSGALT00000012349:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126612=hEGF=PD(23.1=6.5),PF0005319=Laminin_EGF=PU(54.3=54.3)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(43.5=27.8),PF126612=hEGF=WD(100=18.1),PF0005319=Laminin_EGF=PU(21.3=13.9)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]