Special

GgaINT0027378 @ galGal3

Intron Retention

Description
NA
Coordinates
chr10:20403818-20409538:-
Coord C1 exon
chr10:20409402-20409538
Coord A exon
chr10:20404031-20409401
Coord C2 exon
chr10:20403818-20404030
Length
5371 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TCTCACGTGTTTCATTGCAGGTG
3' ss Score
11.19
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGTTGGTGTGTGCACAGCCATGTCCTCCTGGGACATTCGGAATTAATTGCAGCCAGGTCTGTCCATGCCACAACGGAGGACACTGTGATCCCGTGACAGGAAAATGCATCTGTACACCTGGCTATGTTGGAGACAG
Seq A exon
GTAAGAATCAAACCCTCAAAGCCTTTGCTTTTAACCAAGGATTGGCAATATTTATATCTCTGCTAGGGCAATCTTACTCTTGAAAAAACAGTGTTCTGTTTCTGTTGCTGCTATTAGGTTCATCCTTCTGCAGCAGTTCAAGTATTATAAATGTGGCAATGTTATTACTTCTTATTGGCAATGCTTTCCATTCACCGTTTTTTTAATATAACTTTTAAAATTTAATGGATTAAATTTAATTTAGATATTTACAGTGATAAATTTAATAGAGAGCATTGCATGTTTACAAGATATGTAAATGAACTATATTTATACAAATTAATATCCTCAAGAGTAAGCAATGCAGCAGTTTAATGTTTCCATCAGCCCCTCTATGCTGCTGCTGCACTGATCCATCTCAGGCACCAACAAAGGGTGATAAATCCTCAACATTTATAAACTAATGTCTTCACCCACAAATCAATCTAAGATGATAATGTTGCTTTACGAAGGTGTCACAGGTTTAGCAAAATGACTACACAGCAAAGTCAAGGTGGGATTGTGACATGTGCTGGCTTAGCCCTCCAGCTAATCCTGCCAGTAGGTGAGGAAACTGTAGCTGAGCAAGCTTTCATGTGCAGCTTTCACATGCAGCTTTCACTAGGGATTGAACTCTGTCACTGGGGTTTCCAGAGACCCTGGGCACAGCTCACTAGTGTTCCATATGCTAAAGCCCTTTGTCCTGTATCTTCCCTTCTGTTTCTAGCTAGAATGAGCTAGTACTGCTATGCTGATATTTGCTAAAATTATACTTCTCTGCAGCAAAGCATAGGAATTTCTTATTTCTTGCCTCACTGCATAATCAGCAGGTCTTTACAGCACACAAGCAGACCAGCCTTCAATATGCTCTGCGGTTCAGAAGGTCACATTCTGTCCCAGCAAATGTGGATGCTCCTTGTTTCCATGTTATTGACAGTGGTAAATCGCAAGGGGCTCTGGAGATTATGTCAGGGTTTGCATGTGATTAAATATGGTGGAAATATTGTTTTAAATTAATTTAATAGAGAAGGCATCAGTGTATCTCTCTTCCCCCATCCTCCATCTGGAGGCAGTGATTTCAAGATCCCTGGGATATAATGTGAGAGCGCTGTGTATGACTAACCAAAGCTTTCTCTTTCTCAACTTTTGGAGATAATTCCACTTGAAGAGGCAACTGTGCAGCCTGGACACTTCCACTGCTGACCACACTTCAGTCACAAGCCATCCTCAGTCCTGGCTCTCTGGCTGGAGGTCTCCTCATCTGGTTGCTGCAGACCTAGATCAATTCTTGGCCATAGGTGAATCGACAACATTAGAGCTGTCAGGAGCCTCCAGCCAGCAGCCTGCAGCTGAGCCAGCTTCTTTGCTCAGCTGCCAATATAGCCTCCAGCCACGAGGGAGGACGTGCAGCAGAAGAGCTGGCTCTGTTACTGGCGTGTGGCATGGGGAAACAGCAGTGATGGAGTTGCCATACTTCCTGCAACACTGAGATGTACTCCAGCAAAATAGCAGAGAAAGAACCAATGGGGAAAGGGATTGCCAGAGGACAGCAGAAGACACAGTTCTGCCTCTTGCCAAAATCAGAGGTTCTTATACTTCATCTTCCTTAGAGAGGGCCTGGAGAAGGAGTCTAAGAAAGAGAAGGGGTAGAGGAGGCACTGCAGGGCAGAACTTACAGGAACCGTATTGAAAAAAGGGTCTGTGGGCTCTTCAGATCTGGGTTTGGAGAGAAGTGGTAGACATTAGGACTCTGCAGAGGTGTGCCTTGGAAAAACAGAGCAAAGCAGGGAGGCAGAAAATAAAGCATGACCAGCTGGAAGCCGAGGCAAGAAGCTGTCCCAGAGAACCTGTACCTAAGCAAAACCCTTGGAAGTAGCTCACCTGCCCTCTCCTGGAGCAGGAGAGTAAAAGATAGAGTGAAGGGAGAAGTCAGAGAGCAGAAATGCAGGCTCCATTTCTGCTGCTATCTTCCCACAAATAAGAGCAGAGGGTAGTAAAGTGAAGACTGTCCTGAAAGCTTTTCTGGTAAAGCTGACATTAGCCAAGAAATTACCACCTTCCAATTGGGTTCTTTGGAGCTTGAAGCAAGTGAACATTGGGCCCATTGCAATCACTTGGTCTGGGACAGCACATTGCCTGCAAGGGTTGCTGTGAGCAGGTGTGCGTGCACGTGCCTTGCTGGCAGCTGCAGCCTGCAGATGGGAGATTGCCCATTGATTTTGGTGAGGCAGGAGCAGGCACAAAGTCTTAAAGAAGTCTAGATTGCTTTCCTGAGTTGTGTGCTTGCACGGCGCAGACAATGGGATGGATTAGTCAGCAGCATTTTGGGTTAGTCTATTTTATTTTCTGGGTCTCATGTAAGCATTGCGGTGCTACAGTATAATTGCAAGTGCAGCAGGAGAATGGTGCTGCACAGCAAAATAATGTTTTCTTTGAAATTCTACACGGCGCTGAAAAAATATTTCTTAGTAATAACAGACTTTGTGAATAACCACAATAAAAAAGTAAACACTCTCTCTACTATTATCCTCTCTAATTGTCAGTGAGTACTGCATAAAATCGAGGCTCGTCGTCTTGTGCAGGAGATAATAACATGGAGTTGGGTAAATATTTGTGGCGATGAAATGGTCATAAAGGTCTGTGTAAGTGTAATTGTGATGCTTTATTCCCCACCTGTTTTCCAGGAAGAGGCAACACACAGAATATCTTGTGAATTGCCATCACTATTAATAACTGCAGGCAGCTCTGTGCTGAAGTGACGGGATGTGTCATGCAAATGTGTGCTTTGCAAACTGGAAAGGAATAATAGCAGAAGCACAGTTAGAAGCTGGGGATGGGGAATTCAGTGTGTGACTGGAAAAGTGAACATACTGTTTTAGCTTTGCTTTGCGCACTGCCATAAAGCTTAAAGAGTGAGTCTTAACAGAGTGAATGCCACATTTGTTACAACAGCATGAGCAGACTTACTCTTTTGTTGTTTTGTTTGTATCTGTATCTTTTATACACAGAGCAGTGATTTGCAGGTTAGTGGTTTTGGATGGCTTTAATCTTTGTCTGTGCTACGTAAATGTGATCACTGTTATGAACACAAACAGAACCTTAAAAACTTAACAGCATTATTCAACAGAAAGGAATTATGTAGACAAAAACGTAGGTACATGTGCTAAGTTCATCTGTTAGCAGGCTGTCTTATGTTTAATATTTTGTAAAATTGCTTCCATTAATTCTACAGGTGACAGCCATATTATCCTATCCAAACCCAAATAATTATAGTACGTATTAAAGTTCAGTGGATATTATAATACGGATCTCCCCAGATAGGCAGAAACCAATGTAAATTAAACAAGAAACATAACTAGGGCTTAGCAGCTCATTTTGTAATTTAATTGAACAATGTATCTGGTTGTTAATGGTGCTATGGACACATTAGATTGATATGTTGCAAAGGAAGGATGTTCAAGTAGAAAGCTAATTCCTGCTGTGATTATTCTTATGTTCCAGAGGAGTTGTTATTAGTATTCTTTGTATAAAATTCATTAGCGGTAGCTGCTTGATCTCCAAATAAATAAGTTGGTTAAATTGCTAGTAGAAAAAGGCTAATTATGTAAATGGATTAGGTTGTCAATATTTCATTTCCAGATGCTTTTCTCCCTGCTAGGTAATGCTTCATCTGCTATAAATATAGAATGATATAGTGCACTATTGACTACGTATTCATTTCATTGAGTACAGTGCTCTCCTGCTAACTAGTAGAGCTGTGTACGGCAATGGAGGCATAAGGCATCTTAATACGTTCTTCATTGCATTTCAGTTGCTGTAAGTGTTCCAGTCCTGATGTTTCCCATTCTTTGCTGGTTGTTTCCTTTGCAGCTGAACTGCCCTGAGAGCAGCAGGGCCAGCAGCCAGCACTGGGCTCTCTCCCTTCCTGTTTGCCACAGGCTCCTCTCTGTGGGTCTCAGATGAACTCCTGAACCTGGGTTGTGTAACTAGCAACTGTGTTGATGCTTGCTGCAATTAAATCACCAGCTCAGCCTTTGGCTTTGTTCATTTATTTTTAGTAAAATGCAGTAATCTGAAGCTGCAGTAGTAATTCTCTCCTTATATACTGACTGTGTTTATTGCAGTTTTGCCTGGCTTGCATCATGCATTAATCTTTTATTACTGATCATTATATTAACTCTCACCTGCCAGCTGTGAAATGACCTGCAGAAAGGCATTTAACAATTGCCTCTATCCACTGAGTTTGCTGTATACACTTTAATCAATGCTTAGGATTAAATTAATGCTGATAGGCAATTTCCAATACCTGGCATCCATGCGATAAGGGAATTGGGCTTTTCTGGACTTCTTTTTCTTTTTTTATTAACTGAAAAGGCGTATCTGTATTTCACGGTGGATCATGTAAGTGGTAGTACTGACTCATGGCGAGTTTCTGAGACCTCTGAATTATGTCAAGCAGAGAATCTGTAGCTTCCTGTAGGACTTCAGCTGAGCTTTTTAAAGTATGAAATATTACGATCACTTAAACTGTAGAACAATGAAAGAGATTTTCTTGCAGAATTCACAATATCTCCAGTTGGGAAACAGCGGAAAGCAGTGCATGGAAGGTGTAATTTGAAACAATCTGTGTGTTTGCAGATTCCTTCTCTATGTCTATCAAATTTTTAAAATGATGGCAATTTTGGAGGAGCTGCGATGCTAAGGAGTGTGAAAGTGATTTGTCTGGAGATTTTGCAGTACTGAGTGTCCCTGGAGTAAGAGATGAAAAGCAAATTTGGAGTTGCTCAGAATACAGGCAAAAGATGAAGGAGTATATTTTCTCCTGGTTGCTGTAAAGCTGGTGCAATGGCAGCACAGAGGGAAAGTAAAGCTCTCCTTTGCTTGGACTACATTTTATTAATATTGCTCAATAGACCACATTTCCTTTCGGACTTCACTGTCACTCGAGGAGGAGTGGCAGATTTTAAAGAAGGTGTGCAATCCTTCTCTGGTGAAGAGAAAAGATTAAGTCATGTTTTCTTTCAGAAAGTGTCTTACCGTATATGAATTTGTTATGGCTTATGCATGGAGAATGCTGAGGTCCAAGAAACAAGAATGCATTCTGTTAACTCAGGTAATATTAATGAATGCAAATTTTGCAGGATATAATTGGGCAGAGACTAACCCAGGTTAACAGCTATTTACATGCTCAAGATGTCACATCACCCAATGATGGCAGTTCACAGTGTATTACTTAAATAAAAGAGCAGCGGTTTTATATTTAATTGGTTAACAAAAACATTCTCATGTAAATGTCGTAAGCAGAGTAGACTACAGCATTTGTTTGCATCCTGTCTCACGTGTTTCATTGCAG
Seq C2 exon
GTGTCAAGAAGAGTGTCCAATTGGGACATTTGGCTTTCAGTGCACACAAAGATGTGACTGCCAAAACGGTGCAAAGTGTTACCATGTGAATGGAGCGTGTATGTGTGACCCAGGGTTTAAAGGGATTCACTGTCAAGAAAGAATGTGTCCGGAAGGGTTTTATGGCCTCAAATGCAACAAGAGATGCCCCTGCAATATTACCAACACCCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007631:ENSGALT00000012349:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF126612=hEGF=PD(23.1=6.5),PF0005319=Laminin_EGF=PU(54.3=54.3)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(43.5=27.8),PF126612=hEGF=WD(100=18.1),PF0005319=Laminin_EGF=PU(21.3=13.9)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]