GgaINT0027378 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007631 | MEGF11
Description
multiple EGF-like-domains 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29635]
Coordinates
chr10:17742564-17748284:-
Coord C1 exon
chr10:17748148-17748284
Coord A exon
chr10:17742777-17748147
Coord C2 exon
chr10:17742564-17742776
Length
5371 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TCTCACGTGTTTCATTGCAGGTG
3' ss Score
11.19
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGTTGGTGTGTGCACAGCCATGTCCTCCTGGGACATTCGGAATTAATTGCAGCCAGGTCTGTCCATGCCACAACGGAGGACACTGTGATCCCGTGACAGGAAAATGCATCTGTACACCTGGCTATGTTGGAGACAG
Seq A exon
GTAAGAATCAAACCCTCAAAGCCTTTGCTTTTAACCAAGGATTGGCAATATTTATATCTCTGCTAGGGCAATCTTACTCTTGAAAAAACAGTGTTCTGTTTCTGTTGCTGCTATTAGGTTCATCCTTCTGCAGCAGTTCAAGTATTATAAATGTGGCAATGTTATTACTTCTTATTGGCAATGCTTTCCATTCACCGTTTTTTTAATATAACTTTTAAAATTTAATGGATTAAATTTAATTTAGATATTTACAGTGATAAATTTAATAGAGAGCATTGCATGTTTACAAGATATGTAAATGAACTATATTTATACAAATTAATATCCTCAAGAGTAAGCAATGCAGCAGTTTAATGTTTCCATCAGCCCCTCTATGCTGCTGCTGCACTGATCCATCTCAGGCACCAACAAAGGGTGATAAATCCTCAACATTTATAAACTAATGTCTTCACCCACAAATCAATCTAAGATGATAATGTTGCTTTACGAAGGTGTCACAGGTTTAGCAAAATGACTACACAGCAAAGTCAAGGTGGGATTGTGACATGTGCTGGCTTAGCCCTCCAGCTAATCCTGCCAGTAGGTGAGGAAACTGTAGCTGAGCAAGCTTTCATGTGCAGCTTTCACATGCAGCTTTCACTAGGGATTGAACTCTGTCACTGGGGTTTCCAGAGACCCTGGGCACAGCTCACTAGTGTTCCATATGCTAAAGCCCTTTGTCCTGTATCTTCCCTTCTGTTTCTAGCTAGAATGAGCTAGTACTGCTATGCTGATATTTGCTAAAATTATACTTCTCTGCAGCAAAGCATAGGAATTTCTTATTTCTTGCCTCACTGCATAATCAGCAGGTCTTTACAGCACACAAGCAGACCAGCCTTCAATATGCTCTGCGGTTCAGAAGGTCACATTCTGTCCCAGCAAATGTGGATGCTCCTTGTTTCCATGTTATTGACAGTGGTAAATCGCAAGGGGCTCTGGAGATTATGTCAGGGTTTGCATGTGATTAAATATGGTGGAAATATTGTTTTAAATTAATTTAATAGAGAAGGCATCAGTGTATCTCTCTTCCCCCATCCTCCATCTGGAGGCAGTGATTTCAAGATCCCTGGGATATAATGTGAGAGCGCTGTGTATGACTAACCAAAGCTTTCTCTTTCTCAACTTTTGGAGATAATTCCACTTGAAGAGGCAACTGTGCAGCCTGGACACTTCCACTGCTGACCACACTTCAGTCACAAGCCATCCTCAGTCCTGGCTCTCTGGCTGGAGGTCTCCTCATCTGGTTGCTGCAGACCTAGATCAATTCTTGGCCATAGGTGAATCGACAACATTAGAGCTGTCAGGAGCCTCCAGCCAGCAGCCTGCAGCTGAGCCAGCTTCTTTGCTCAGCTGCCAATATAGCCTCCAGCCACGAGGGAGGACGTGCAGCAGAAGAGCTGGCTCTGTTACTGGCGTGTGGCATGGGGAAACAGCAGTGATGGAGTTGCCATACTTCCTGCAACACTGAGATGTACTCCAGCAAAATAGCAGAGAAAGAACCAATGGGGAAAGGGATTGCCAGAGGACAGCAGAAGACACAGTTCTGCCTCTTGCCAAAATCAGAGGTTCTTATACTTCATCTTCCTTAGAGAGGGCCTGGAGAAGGAGTCTAAGAAAGAGAAGGGGTAGAGGAGGCACTGCAGGGCAGAACTTACAGGAACCGTATTGAAAAAAGGGTCTGTGGGCTCTTCAGATCTGGGTTTGGAGAGAAGTGGTAGACATTAGGACTCTGCAGAGGTGTGCCTTGGAAAAACAGAGCAAAGCAGGGAGGCAGAAAATAAAGCATGACCAGCTGGAAGCCGAGGCAAGAAGCTGTCCCAGAGAACCTGTACCTAAGCAAAACCCTTGGAAGTAGCTCACCTGCCCTCTCCTGGAGCAGGAGAGTAAAAGATAGAGTGAAGGGAGAAGTCAGAGAGCAGAAATGCAGGCTCCATTTCTGCTGCTATCTTCCCACAAATAAGAGCAGAGGGTAGTAAAGTGAAGACTGTCCTGAAAGCTTTTCTGGTAAAGCTGACATTAGCCAAGAAATTACCACCTTCCAATTGGGTTCTTTGGAGCTTGAAGCAAGTGAACATTGGGCCCATTGCAATCACTTGGTCTGGGACAGCACATTGCCTGCAAGGGTTGCTGTGAGCAGGTGTGCGTGCACGTGCCTTGCTGGCAGCTGCAGCCTGCAGATGGGAGATTGCCCATTGATTTTGGTGAGGCAGGAGCAGGCACAAAGTCTTAAAGAAGTCTAGATTGCTTTCCTGAGTTGTGTGCTTGCACGGCGCAGACAATGGGATGGATTAGTCAGCAGCATTTTGGGTTAGTCTATTTTATTTTCTGGGTCTCATGTAAGCATTGCGGTGCTACAGTATAATTGCAAGTGCAGCAGGAGAATGGTGCTGCACAGCAAAATAATGTTTTCTTTGAAATTCTACACGGCGCTGAAAAAATATTTCTTAGTAATAACAGACTTTGTGAATAACCACAATAAAAAAGTAAACACTCTCTCTACTATTATCCTCTCTAATTGTCAGTGAGTACTGCATAAAATCGAGGCTCGTCGTCTTGTGCAGGAGATAATAACATGGAGTTGGGTAAATATTTGTGGCGATGAAATGGTCATAAAGGTCTGTGTAAGTGTAATTGTGATGCTTTATTCCCCACCTGTTTTCCAGGAAGAGGCAACACACAGAATATCTTGTGAATTGCCATCACTATTAATAACTGCAGGCAGCTCTGTGCTGAAGTGACGGGATGTGTCATGCAAATGTGTGCTTTGCAAACTGGAAAGGAATAATAGCAGAAGCACAGTTAGAAGCTGGGGATGGGGAATTCAGTGTGTGACTGGAAAAGTGAACATACTGTTTTAGCTTTGCTTTGCGCACTGCCATAAAGCTTAAAGAGTGAGTCTTAACAGAGTGAATGCCACATTTGTTACAACAGCATGAGCAGACTTACTCTTTTGTTGTTTTGTTTGTATCTGTATCTTTTATACACAGAGCAGTGATTTGCAGGTTAGTGGTTTTGGATGGCTTTAATCTTTGTCTGTGCTACGTAAATGTGATCACTGTTATGAACACAAACAGAACCTTAAAAACTTAACAGCATTATTCAACAGAAAGGAATTATGTAGACAAAAACGTAGGTACATGTGCTAAGTTCATCTGTTAGCAGGCTGTCTTATGTTTAATATTTTGTAAAATTGCTTCCATTAATTCTACAGGTGACAGCCATATTATCCTATCCAAACCCAAATAATTATAGTACGTATTAAAGTTCAGTGGATATTATAATACGGATCTCCCCAGATAGGCAGAAACCAATGTAAATTAAACAAGAAACATAACTAGGGCTTAGCAGCTCATTTTGTAATTTAATTGAACAATGTATCTGGTTGTTAATGGTGCTATGGACACATTAGATTGATATGTTGCAAAGGAAGGATGTTCAAGTAGAAAGCTAATTCCTGCTGTGATTATTCTTATGTTCCAGAGGAGTTGTTATTAGTATTCTTTGTATAAAATTCATTAGCGGTAGCTGCTTGATCTCCAAATAAATAAGTTGGTTAAATTGCTAGTAGAAAAAGGCTAATTATGTAAATGGATTAGGTTGTCAATATTTCATTTCCAGATGCTTTTCTCCCTGCTAGGTAATGCTTCATCTGCTATAAATATAGAATGATATAGTGCACTATTGACTACGTATTCATTTCATTGAGTACAGTGCTCTCCTGCTAACTAGTAGAGCTGTGTACGGCAATGGAGGCATAAGGCATCTTAATACGTTCTTCATTGCATTTCAGTTGCTGTAAGTGTTCCAGTCCTGATGTTTCCCATTCTTTGCTGGTTGTTTCCTTTGCAGCTGAACTGCCCTGAGAGCAGCAGGGCCAGCAGCCAGCACTGGGCTCTCTCCCTTCCTGTTTGCCACAGGCTCCTCTCTGTGGGTCTCAGATGAACTCCTGAACCTGGGTTGTGTAACTAGCAACTGTGTTGATGCTTGCTGCAATTAAATCACCAGCTCAGCCTTTGGCTTTGTTCATTTATTTTTAGTAAAATGCAGTAATCTGAAGCTGCAGTAGTAATTCTCTCCTTATATACTGACTGTGTTTATTGCAGTTTTGCCTGGCTTGCATCATGCATTAATCTTTTATTACTGATCATTATATTAACTCTCACCTGCCAGCTGTGAAATGACCTGCAGAAAGGCATTTAACAATTGCCTCTATCCACTGAGTTTGCTGTATACACTTTAATCAATGCTTAGGATTAAATTAATGCTGATAGGCAATTTCCAATACCTGGCATCCATGCGATAAGGGAATTGGGCTTTTCTGGACTTCTTTTTCTTTTTTTATTAACTGAAAAGGCGTATCTGTATTTCACGGTGGATCATGTAAGTGGTAGTACTGACTCATGGCGAGTTTCTGAGACCTCTGAATTATGTCAAGCAGAGAATCTGTAGCTTCCTGTAGGACTTCAGCTGAGCTTTTTAAAGTATGAAATATTACGATCACTTAAACTGTAGAACAATGAAAGAGATTTTCTTGCAGAATTCACAATATCTCCAGTTGGGAAACAGCGGAAAGCAGTGCATGGAAGGTGTAATTTGAAACAATCTGTGTGTTTGCAGATTCCTTCTCTATGTCTATCAAATTTTTAAAATGATGGCAATTTTGGAGGAGCTGCGATGCTAAGGAGTGTGAAAGTGATTTGTCTGGAGATTTTGCAGTACTGAGTGTCCCTGGAGTAAGAGATGAAAAGCAAATTTGGAGTTGCTCAGAATACAGGCAAAAGATGAAGGAGTATATTTTCTCCTGGTTGCTGTAAAGCTGGTGCAATGGCAGCACAGAGGGAAAGTAAAGCTCTCCTTTGCTTGGACTACATTTTATTAATATTGCTCAATAGACCACATTTCCTTTCGGACTTCACTGTCACTCGAGGAGGAGTGGCAGATTTTAAAGAAGGTGTGCAATCCTTCTCTGGTGAAGAGAAAAGATTAAGTCATGTTTTCTTTCAGAAAGTGTCTTACCGTATATGAATTTGTTATGGCTTATGCATGGAGAATGCTGAGGTCCAAGAAACAAGAATGCATTCTGTTAACTCAGGTAATATTAATGAATGCAAATTTTGCAGGATATAATTGGGCAGAGACTAACCCAGGTTAACAGCTATTTACATGCTCAAGATGTCACATCACCCAATGATGGCAGTTCACAGTGTATTACTTAAATAAAAGAGCAGCGGTTTTATATTTAATTGGTTAACAAAAACATTCTCATGTAAATGTCGTAAGCAGAGTAGACTACAGCATTTGTTTGCATCCTGTCTCACGTGTTTCATTGCAG
Seq C2 exon
GTGTCAAGAAGAGTGTCCAATTGGGACATTTGGCTTTCAGTGCACACAAAGATGTGACTGCCAAAACGGTGCAAAGTGTTACCATGTGAATGGAGCGTGTATGTGTGACCCAGGGTTTAAAGGGATTCACTGTCAAGAAAGAATGTGTCCGGAAGGGTTTTATGGCCTCAAATGCAACAAGAGATGCCCCTGCAATATTACCAACACCCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007631:ENSGALT00000012349:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(43.2=41.3),PF0005319=Laminin_EGF=PU(54.3=54.3)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(43.5=27.8),PF126612=hEGF=WD(100=18.1),PF0005319=Laminin_EGF=PU(21.3=13.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]