GgaINT0035422 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004578 | RABGAP1L
Description
NA
Coordinates
chr8:7432692-7439924:-
Coord C1 exon
chr8:7439832-7439924
Coord A exon
chr8:7432803-7439831
Coord C2 exon
chr8:7432692-7432802
Length
7029 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACGG
5' ss Score
10.26
3' ss Seq
TTGTTCCTTTCTTTCTGCAGAGG
3' ss Score
11.35
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCCAACAAAAAAACTGAAGAAATATGAGAGAGAGTACCAAACAATGCGAGAGAGTCAGCTGCAGCAGGAAGATCCTATGGACAGATACAAG
Seq A exon
GTACGGGAGATGCTGTGTGGGAACCTCTTTCATTTGCTGAATTACATGGGGAGCGGTGCAGTCCCAGCCGTTAGGCAGAGGTCTGCGTCCCACGCTCACCTCTCTAGGATTTGCTGATGCAGATTTTAGGGAATTAAAATGGCAGGCAAAACTCATTCCTTCTCTTGAACAAGCACTGTGAACACTCAGACTTAGTGTTTTTGCAGGGATGTTTGAATCATGATTTGTTACTCTCGAGACATCTTCAAGTAGCCACATATAATATTTTTCTTCTTTCAGTTTATATGTTTGTAGGTAACTCTCCTGCTGTTGCACTTTTACGGGAGATCTTCATGAGATGCAGAAACAAAGGGTGATTCTCAGCTACAGACACAGAAAGGAGAAAATACACATTGTTCTAGCCCAAGCTGTGTGCAGTAACATCCACAGAGACTTCGGGAAGATGCATTCTTCCTTGACTTGATATGTCCTTGTTTCTCAACTCTGTTTATAGCAAATGTTAGTAATTTTTTGTCAGTGTAATGACTAGTACAGTGGGACCCAGTGTTCTCTTGGGGTCCTGGCATACTACTGCAATAGGATTAATAGTCATAAGTAGCATGCTTTAGAGCAGCAGAAGAATAAAGCTTCAGTTATTAATATGGTAGCTCAATAGTTTACAAAAATATAGTCCTTGATAATTTTGGATCAGCGTTGTTTCCAATATGTTTGTTTTATTGTTACTGCTACGTTCTGTTGCCATAGGTTTTTGTGTGATGGAGGCTCTGCCTCTAGGTTTATATTTTACACAGTGTTCAGGATTCTTTTCTTGCTTACCCAGTATTAAAAAGAGGTTAGTGTTCCTTGGGAAAAGCTGCCAAAGATGAAGCACTTTACTGCATATTGCCCAGTTTTGCTGGGAACTGACATTGCTTTTATACATCTGTGTTGTTTTCCTGCCGTTCTTCATTGTGCCTTATTATGTGTTGATACGGAGTCTGCCCGGAGTGTGGGCTAGTGAATAATTACAGGTGCTGCCACAGGTTTACATGGCATGTAAGCATAAGGAAAGTGCACCGTGTTCGTAAAACCACAGTGTGAAAGACTGTGCTGTAATCCATAAATACGATGAGATAGAGTTACACTTACAAAGAAAGTAAAACTGACTTTAAAAAAAATACTTGCTTCTGAAAAATAATGTTTTAAGTGTAGTTCTTTTATGTCAAAGAGTGAATTGAGAACTGAGAACTGGGGCTGCCAAGAGCTGCTGATGATAAGAACATTGAGAAAAAAACACAACTTGCTGCTGATGAACTTCTTTTCCAGTGATTTGCTTATACTACTGTGGAATTAAAGTGATACTTAAAAGCCAAAGAAGGCTTCTTTAAAGCTCTGTGGAAACTGGTTAATCCTGGGTGATGGACGGTGAAGAACATCATCTCCAAACTGCAAATGAGGATATAGAAAGTGGCTCTGTGGTCACTGCCTATGTGAGTCACTGTCATGGCCAAGAGCACAGCACAGGTGTTGGCTTGCACTTGCCCAGCTGCCTGTGTTGGGTCTGCTCTTCTTACAGATGATGTGCTTAGGTAGGCTCCATAACTTGTTGGCTGCACATTAAATGCAAAGTTCAGAGTTATTCTTCAGCTGATCGATGTGATGGAGAAATGCTTGTCAGTGCTGTCTGTCCCTTGTCTTGCTTGTTTGATTTTTTATTTGCGTATCAGGCTGAGGTTGGTGAGAATTGACATTTCAAGAGAGTTTCCAAAGGGCAAGGGGAAATGCAAGCTGTGGACCCTTGTGGACAGAAAGTGGAGAGCCAGCTTTGCTTATCCCTTAAGTGATCACAGAGCAGCCCTTGTGTTTTGAAATGCATTTGGGTTTGGCAGTGCCTGGCTGGGCTTGGTTAGGGAAACACCTGAGACAACGCTGCTGAAAAGACAACATATTGCCTGAGTACAGCCTTGCTGCTAGTTCCTCTGGCCTGTGTGGGCTCTACCCTAGAGGTCCACTTTGTAATCTTCCAGAACAGCATGTTGCTTTGGTTTACTTACCTAGGAAGAGGGGACTGCTTGGGCTCATGGGTGCCACTTAGAATATTCCTCTTAGAGGTTGAGAAGGACACAGGCCTGCAGTCTCTTGGCAGTTTTTAGTTAGAATTGTTACAGTTTTTGCTGTTTGCAGCATGTGTTGAGGTTTTTGTTGCCAACAGAGATTTGTCAGGACCAATGGGATGTGCTCAGTGATGGTGTTGCATTGGCGCTCCTGACTTGCAGGGATGAAGGATGTGTTGAGTAAGACCCCTCCCTGTGAGCAGGATGGTGCTGGGGAGTGGATGGGAGCAGCACCCCTTTGATGGCAGCAGGGCTTCAGCCAAGCTGCAGTCTCTTCCTGCTGTCCCCACTGCCCTGTGAGCAGCAGGGAGAGAGCTCGCAGGAGGTGATGCAGCTCTTGCCATTGCTGAGGAGCAGTCTGACTTCAGGGAGAGAGACCGAGGCCCATGGAGTGCACGACAGCTTCTTCCTGTCCTGGTATTCCTGAGCACAGTAACTCTGGGGCTGAGGAGCCTCCTCTGCAATGCCAGGAGAGAGATGCCTCATGCACAAGGGCAGCTGGACGCATCCAGCAGGGTGCTCCTGCAGAGCCACCACCCCCACGCTCCCCATAAACTCCAGAAAGGGGCTGTTTTTGCCATGCCACGCCTGCCATTAACCAGTCACATTTCCTTGACAGGTTGAGTTCACATGTCACAATAAGATGTGCTGTATGCCACAGGAGCTCCTGCTCAGCTTGTATTTCGTGTGCTGATTGTGATAGAATTGCTTTACCAAAAGAGCAGTATTAACAGGTGCCACATGTTCTGATGTTTATTTCCTTCTGTATTTACAAGTATTATGTAGGAAAAGTATATTTTGTTATGGACTCGTTTTCATGGTCAGGTAATTTCATCTTTCATTATTCATAAGAAGTCGTCATTCATAATGCTGTGGGGTTCTAAAAGGGTGCAAAAGTAAACACATTCTAAATTGCTGTTTGCCACCAAATTTCGTACTTTTTAGTTAAAATAAAGAACAAGTTGCCTATAGGAGTCAGTGAAAAAAGTGACCTATGTGTGCAGAAAAAAAAATAGCAGTAATGGTTCAGATTGATATTTTCTGTATATTGTTACAGGTTTTTTTTCTGTGTTTAAGAACACCTCATGTAACAGGGCTGTGTTTGACTTGCAAAGAAACTGCTAAAGTTGGGCTCAGCAGCCTTTTGTTTTAAATAAAAGGGAGATATCCAGATAAAGTTGGCTGGACCCTGCTTGTCCCCAAGGTTTTGTTCTGAAGGTAGAAATGCATTTTCCTCCATGGACTTCATTGTGTGACAGAGATGTTGTCTATGAATAAATGTGTGATTTGGACATAATAGCTTTTTCTGTCTTTGAAGTGGAAGCGTTTTTTATTCAGAGTAACTGAATGGTAACTGTCATGTGGAAAAACATAAGGTAACTCTGGCTGGTATTTCTTGTTTGTGGGTTGGTTTGGTTTTTCTTGTTTATTTGTTTTTGTTCACTGTGTTTGTTTGTTAAAAGTGCTGGTGCCCTCCTGGGAACTTATTTTCACAGTCAACAAGGAGAGACACAAACCACTTCCAGGAGCCTCTGAGTTGCTTCCCACGAAAGGTTTTCCTGGGTAGTGGTGTAAAAGCCTTTTGGTTTCTAGATGGTGTTTCGCAGGGTTTTCCTTTAGAGCCGCCCTTGCAATCCAGAGCTCTTCCCAATGGGCTTCTGAAGACTTCAGTTTGATTCCATCAGGAAAGTGAATTGTAAGCAGTGTTTTCATTCCATCACTGAGGACCGACCTGTTCTTGCCAAAGATCTGTGGTTTGGGTGTTTGCTTACCCAAAAATGTGACACTGAATTGCTTAACAGGGTTTGTGACTCGTTACACCCAGCTTGAGTAGCAGCATAGAGAGGATGCATCATCATCACTAATCGTGGCTGGTATTGCTCCTTTGTGCTGGCTGTTGGGAGCAGAGGGTGGAGTTTCAGCCCTTCAGTCTCCCTGAGCTGAGGCTTGCCTCCTGCTTTCAAGTTTGCCTTCTTTCCATCAAGTGTGTGATGGAAGCTGGAGATTATCCTCTTTAAAAATAGGAACCAAAGACCCACTGAAGAATTGGCAACTTTTTTTTTTTCTTCTGATTTTGCTGGTATTAAAAATATTTTATATCCTGTTTTCACTGTCTTTACACCAATGGTTGAAAGCAGTATTTGGTCTGTGACTTTGCTGGAGGTAAGTTTCTTTGTGTTTGTTCGTACCAGCAATGTTTGTCCCTTTTGGAAATGCAGTATCCTCCTTTTAAAAGAGTTCACAGGATGCTTTTTGTAACAGGAAGGAGGAATTTAGGAAAGAGGGAATATCATGTTTTAGTGACTGTAGGAGCTGAGTAATGCTGATGAGAAGGAAATTGTTGGCATGGTCAGTAAATTATTAGCAGCGTGCAAAGAAAGGGCAGGAAGCTGGCTGTTCATACCAAAGACATCTAGCAGGTCAGACGAGTTGGCTCATCCAGGTTACAAAATACTGTGAGCCCTGCTGGAACGAACCAGCTCCGTCTATTGAACTTTATTCCATTCAGCTGGTATTTTATAAAGCCCGTATATATTTCAGAGCCATCAGAAGGCGTCTGCTAGATACAAAAAGCACCATTTGTTATTTTTATCTTCATTGTATAACATTAGGTTTTATTTAGACTTAAGCAGATGAGAGTTTCCTCCTGAGGAAGGAGGCAGTTTTTCACTGCTAGATCAGGGGGGAGGAGCTGGAAAAGACAAACCATCTAATCGTGCACACTGCCCTGTATGGAGGAACAGTAAAGGTGGCCCAATGAGGGACTCAGCTCTTAGCTATTGACTGGATGCCCAAGGTAAGAGATGTTTAACTTACTAAAGATGTCGATTGCAGTTTAAGAGGAGGATAGCGCATTTCCAGCCACGCAGCTTGCTTTACCACTTGTCTGCAAATGCAAAGCAGGAA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Seq C2 exon
AGGGAAAACCGCAGGCTCCAAGAAGCTAGCATGAGGCTGGAGCAGGAGAATGATGACCTTGCCCATGAGCTTGTAACAAGCAAAATTGCCTTACGGAATGACCTGGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004578:ENSGALT00000007286:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.444 A=NA C2=0.459
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]