BtaINT0092819 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000024482 | MGC157043
Description
MGC157043 protein; Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A7YY30]
Coordinates
chr16:57651501-57662368:+
Coord C1 exon
chr16:57651501-57651593
Coord A exon
chr16:57651594-57662257
Coord C2 exon
chr16:57662258-57662368
Length
10664 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
CTGTCGCTCTTTTTCTGCAGAGG
3' ss Score
10.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACCAACCAAGAAGCTAAAGAAATATGAGAAAGAATATCAGACAATGCGAGAGAGTCAGCTGCAGCAGGAAGACCCAATGGATAGATACAAG
Seq A exon
GTATGGGAGACACAGGGCACCTGTTTGAGCCAGTATCCTCTTTCCCCTAGAGCCACAACTGGGGGACATTCGTTCCCTCTATTCCTTCTTGATTGATGTTAACTGTGACTTTGCTCAATGTCCAGGTATGTTTTCATCTCAGGAGACTCCTGAGTAGCCAAACATAATATTTCTTTTCTTTCAGTTTGTATATTTGTAGGTGACTTCACCTGTTGCATTTATACTGGGAGTCTTCATAAGAAGCTGAAAGAAAGGGAAAAAGAAAAGAGAGAAAGTGGCTATCAACTACTTTCAAAAATGAGAAAAAAGAAAAATGGCAAAGTATGGTTTTAGCTGTGCACGGTACATCCACAAAGACTGTTAGAAGGCGAACTGTTCCAAGACTGGCCCGATAACGTTTCAGACTCACCCCTGTCTGGAGCCAATGTTAAAGACACAAACTCATTCAAAAGTAAAGAATAAAAACCACAAAGGTATATTGAGTACAGTCATGGTGTTTGTCGCAACATTTATTTCCACGAACAAGTTTATAAAAAACAGTGACATTTTACAGAGTGCAGTTCCAAAATCAAAATGATTCAGTTTAATATCCCAGCTAGTTGCAGTATTTTTAAAAAATTGGGCTGGTTATAAAGATGTCCTCAATGGTAATTAGCAACAGTTTCCATAAAGCAGTGTTGGGGAAATACTGACCCCACCCTTACTTTTTTCTGACTGAAATATTAGTGTCTCTCTTCAGCATGTTTTGATTCTTCAGATTCCTACAGACATATAATGATTCCCTCTCCACATCAGTACATTAGGACAAGAGAATACTGCATTCATACACCTGAGTCCCAGCGATGCTGAAACAACTTGCCCCAAAAAGTACAGTGATGACATCATTAATTAAGCCACTCACTGTGAGATGACTTCCACTTCTGTAACTAGAGTTGCTTTTATGTAGTCAGAGAGCTGGACACAGGCCACTGCAGTCATGCAGTCTATCTTGTTTCTGTTGCTGAACTGAACAGCATGGAACGTTGACATAAGGGAGTGGTGGAAGGCGTGTATGGATTCTGTAGTCAGATCTGAATTCAAAACCTGAATTTCTGAAAAATGAGACAGGATTTGGAGTCCAAGTTGGGGATTTTAACCCCCATGCCACTGTTCAGCATCTTAGACTGATTATTGGACCTCTTCCCCATCTGTAAAATGTGTAGTATACACGTTTCCTTGAAGGATTGTTGTGAAGATGAGGTACGTTGTATGCAAAGTACCCAGCACAAAGTTGTTCAGTGAAATGGTTGTTATTAGCTTTATTAGGCCTGCTGCCTCTAATTACCCAATTATTGCTAGAATACTATCCCCTTAATTTGTTTCTGCCCCACCAGTCCCTCACTTATCTTTCTCCTAATTCTCCCAAGTATTGTTAACCTAATAATCTAACATCTGTATGTTTTTCCCTTTGTTTATAAAACTGGCTGACAGTAGAATCCCACTGCTATGCAGAACTGTTACCATATAAAGTACTCATAGTTGGAAGCTAATTTCTACCCCTCAATAAAACCAATTTTAATGTAGCTTATGTAGCATGCTGCTGTAGAAAGCTTTGAAGTAGTAATTAAAAAATATTTTTAAGAATCCAAAATGAAACTCTCCTGCTGCTTGCATCATTCTGATTTTCTTATTGCTGCCATCATTCTGAGTGAAGTCTGGGAAGCGTGCTTTAAATAGAAGACAGGGGAATAAAAGACTAAAATTGTGTTCAAATTCAGTCTGGAACTGAACTTGTTATTGTTTCTTATATCCTTTTTGTGTCAAAGCAGGTACGTATAAGTGAATAGTACAATGTGTATTATTATTTTTTTTTAAAGTGACTATCATACATATACTATTGATGTGTACAATTTTTACTGAGGAATCAAAGTAGAATTAAACTTTTTTTTTTGGCGTTTGTTTTGAACACAGGTACTACTTTTTGGCTTAAATGCTCTATTTATGTATATAAGATATCCTCTATAGCTATTTTTGTATTATTGTAATAGCTTGCTAATGCATCATTCAGCTAATATTCCTATACCCTTTTAATAATGTCTAAAAATTTGTACTGGAGATAAACTTGGTAAAGTTATCACATTATAATTACATTTTCAAGGTGACAATTGAGCGCATGGTTTTCACCCATCAGGAGATTTGTTCTTTCAGATAGTCAATATCTAGTTTAAGAAGCAAATTACAGTTGTATTCATTAACTTAGGAAAGTATCTTAGAAAATACATTTTAGCATCTTATAAATTTAATCCTGTCAAGAGTAAGATTTATGCCCTGGGTATAAGCACTTTATAATTCACTGTTCATGTCCAGGGACTGGGAACCTAGATATGAAAATTCTCAAGAATAACTTGGGGAAGATCTTTGAAGGCATTGAGTCAGAACTTACACAGTTCACTAACAGTCCCTCCTCAGCAGTTACGATCTATAGTGTTTAAAATGCCTTGCTTGCCCCCTAGCTTGCCCCCTAGCTTAATTCAAGAGAATTAAGAAGGTTGTGTCGATTTAAAAAAAAGACCCAGAAATGTCATACCTTATGATATTCCAAGAGATTTTTTTCAGCTTAATACTGTTTCTCTTGGGCATGGTGGGGTACTAAAAGAGCTGTTTCAGGGAAACCAGACATGGATTTAAAGATCCAACAATGTAGAGATAACTCTCAGCACTCACATTCTTGCTGTGTCTATCTAAACATGTGTTTTGTGTTTATTTTTATGACATATGAAAATATCTACTCTTGAGGTTATGTCAGGATACTTACCTGTACCTAACACTTGATGAAATGGCGTCGGTATAAATTTAAATTTTGGAACCCTAAGCACAATGCAAATGTTCTGGAATTTGATAATGGTGACAGTTGTACAACTTTGAGAATGTAGAAAAACCACTGAATTGTACATTTTAGAAAGGTGAATTTTTGATATGTGAATTATATCCCCCCCCACACACAAGAAAACCCCGCCAAGCTAAATGTCCCAAGAGAATTAACATCTGCCTACCGTGTTTTTTCATAAGCCTCAGTCATACCAGAGGTACCTGTGCAGAAACCATACTTAAAGGAGGGAGACCTCCTGTCAGAATTAGAGTTAATCAATAACTATAGATCCTATATGTACTCATATTTATAAGGGAAAGGCCAGCCAACAAAAGTGGATGATGGATTCATCTTTATATGTGTGTGTGTATGTTTATATACATATATGTATGCACATAGATAAAACCTATAAATAGGTAATGCATATATATGCACAGTGCCTGTGCTACCTGATCTTGAAATAAGTTTGTATTTGAAACTCAGTGAGCTCTATAATGACTGCTTACAGCCTCTGGTGTACTTTTTCTATTTTATCTTCATGACTAGATTCCAAGATACAGAAAGGAAACTTTATTGGAAGAAGAATGCAAAGTATTTATTATAAGCCTCTTTTATTATCCATCTTAACTTTGACCTGGCCAGATTTGTGCAGTGATTTTTATTTGCTCTGATGATTTGGTTTGCATATTTATAAATTTTGGATTAAGTGAAATACAAGATAAAGAGTTGTCTGTAGAAATACATCATGTATACTTTCATCTTTGTATAAATCCCCAGAAAACAAACATTCATGGATATGTGCAGCTGTTTTAGTCATTTTAAAAAATTAGTAGCCAAGCACCTAATAGTGGTTATCAATTTCAGAAGTTAAAGTATTATTTTTTATTTTAAGATGATGAACTGTTTTCATTTGGGGGAAGTTAGTTTTCTAATGATGTAATCATTAATGGCAATTTTAGAGAACTATAGCCTTCATCTGTCTTTAGAAGATGATATGCTTTTCTTGTTTAATTAAAGAAAGAACTAGTTGTACAAATGTGAGTTAAGCCTTCAAAAAGCACAGCTAATTAATTAAATTCAGTGAATTTCCCAAAGTGTAATGAAGGTTATATTATTACCTATTCTAGTTGGGCAAATCCTAGAAAGAACCAGGAATGTTTAAAACTCTCTTGGGTTTGGGAGACAGTATTATAAATATGTAGTTTCTAATTGAAGGATCTTATCTATATTCAGTATAATTAAATTTAGAATGTTTAACTTCTTTCTTGAGGTTAGACATAGTACTTTTTTTTCTTAAACTAAAATGTAATTCAAACAGAAAGAAAATGATTCCTGTAATTTCACAGAAGGTTTTACTTGCTCATACTAATTTCTGTAGAGCAGTTGTCCCTGCATGTAATTTAAAATTAAGCTGTTTAATTATAAATAGTACAAACAAGGTTTTCTAAATAAAACTTAATTTGTACTTGTATTATTTGCTATCCTTACATATCTGAGGAAATAATTTACAACAGTGATCGTATTTTGTTTTTAAATTATGCTAAAGTTTAAATAATGCTAATCATATCTGGAAAAAAAAGATCCTCACCGCCGCCCCATTTTGTTTTGTTTTGTTTTCGTATCGGACCCTTCCTTACTCATAGAAGTCAAGAGAAGTGAATCCATCTTTGAAAAATGTTTTTCATCCAGTGAAAATAAACATACTTTATTATTTTTCACATCACAGAGATGTTACTGGCTTTTGGAAATATTTGTTATGAAATCACATGCTTTTAATGAACAGTGATAGTCAAGAGGAGGGTTTCTATCTGTGACAACTTAATTCTAAACCTCGGATGCTGCCACTCTTTCCCTCTTTGCTCTTGGCTAACTCATGCACTCACTGCTGTAGGATGGTGGAGAAGGCAAGCCTGAGCTCTCTTGATGCTTCTGGAGCCACTTACTAAGAAGGAGCAGGTGGTTTCTGATGCTTTCTGATGATTGAAACTCAATCACCTTGTCTGCTGATTGAGTTATACTTAACACTCAGGGGAGACATAAAGGTTATGCGTATTAAGAATCTTTCAGTATGTTTACCAATGGTTTTAGAATTAATGCTCCAAAATTTTTCTTCAATTTTTAGTACATCTTGTTTCTTGTTAAAGGAGGATGA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Seq C2 exon
AGGGAGAACCGGAGACTACAGGAGGCCAGCATGAGGTTGGAACAAGAGAATGATGACCTTGCTCATGAACTAGTAACCAGCAAGATTGCTCTGCGGAATGACTTGGATCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000024482:ENSBTAT00000033990:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.435 A=NA C2=0.459
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development