GgaINT0072176 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000029157 | MBNL3
Description
muscleblind-like 3 isoform 5 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001156813]
Coordinates
chr4:3468511-3478620:-
Coord C1 exon
chr4:3478547-3478620
Coord A exon
chr4:3476116-3478546
Coord C2 exon
chr4:3468511-3476115
Length
2431 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
GTTTTCTCTTTCCCTTGCAGCAG
3' ss Score
12.33
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATCCCAGTTATCAGTAGATGAACTGAGTAGCAGCATGTTTGTTTCACAGATGTAGAAGTTCCCGATAGAACA
Seq A exon
GTAAGTTGCTTTTCAGTATTTCTCTTTACAGTGGATTGCTTTGTTCAAGGGCACTGCATCCCCCAAAAGGGGCTGCTTTGGGCAGGGGGTCTGAGCCTGCAGGACCCCGGCGGCTTTGCTCTCTACCAAGTCAACAGCAGTTCAGCAGCTGCAGCACAGATACAGACCAGCCCTGTGGCTTACAACAAGCAGCGTTTCATTGTGTCTAAAATAGCTGTTTTGGGGTGTTTGTAGCCTCCCTTCCTTGCATCCCCCTGAGTCTGACGGTTATGTTTGCAAGTTACTCTTGCTCTGCACAGCTCCCAGCAGCCTGCAGGTGCCTCAGGGGTTCGTGCTATTGCTGGCAAAGTCTGCTCTGGTAATGAGTCAGCTGAAAAGGTGAAACTCATGTTTTGCTGTTAGTGGCGTATTACTTTTCCTGGGGTAAGCAGGACTGGGTCATCCTCAGCTGCTGTGCACCAGCAGGATGGGCTGGGTTTGGGCAGAGATCTGTTAACCACAGTGGGGCATGGCCCATGGCAGTTTCCTTCACGGGTCCACAAGCAGCGTAGCCTTCATGCCACATGCAGATCCTGGGCCGCTGGGCTTCTCTGTCTGAGAATAATGAAGTTTATCCTTTCCTTTGACTTACAGAGCATCTTGCAGCCTTAGCAGCAGAGTTATTTTTCCATTTCTTTTATTTGTAAGTGTTAGCTAATATTCACGAGAGAGAATCCCTTGAGGGTTTTAGTTCATCACTTCATTTTTCACCCCAAGAGGTGAACGAGCAGTTCAGCCCCTTCAACAAGAAATCACCAGATTTTCCCAACGCAGGCCACAGATATGCAACCCATTTCTTCTTTAGGTCATGTATTACAAGCAAGTACTTAAATGCTGGAAATTAATTTGGCAAGCAATTCTCTAATTATATCTTCAGCAGCTGACAGAAGTCACTCGTGTCGGTGGTGTCCCTTATCTCTGGTGACCCAAATAAGCTGTCGTACGTATAAATTGCCTGCTAACTGGGGCCGTGGACCCCAGTTAGTTTAGGTGAACAATGAGGTATCTCTGTCAGTGAAAACATTCTGTGCTGTGCAGTGTATTGCTCTCCTAAACAACAGACAGACGTGACACCTAACATGTTCCACAATTTCCATAACACGTGCAAAACAGTCTGTTCCACCCGATAAGGAGATCATTTGCATTGGAAGAACCTCGTTATCGAACTCTTAGAGATTGATTTCTCTATTTATTTCAGGAAATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGGATTCTTTTTGCTTCTGTGTGTGTGCTTAAACACACACTGACAATTAGTAATAATTTCAGAGTAGGAAAGGAAATTCCATGAAATAGCTTTATTTAGCAAACAGTGAGGATGATACAGTCTGTCTGAGTCAGCCAGGCTTTTAAGAGCAGTGAAAACCCTTGCCTGAAAGAAGTAGGGTCAAACACTTTATATTTGGTTGGATCTCTTGGGGACCAGCCTGCTGGGCATGGAGAGTGTCTGCATCAGACAAGCAGCCTGTTCTTCACCAGGGAGCTGTGACCACATGCCTGACCAGGTGCACTCTGCCAGATGTGCTTGTCCTCTCACCACCTTGCAGCTATGGGACATAGCTCTTTTCTACCAGTCTGTAATGTGATTTATTTCCTCCAGTGTCCCCAGTGCTCCCAGACCCACTAGTGACCATTGCTACACAGGAGCCTTTGTGTTTTGATCCCGTTTCATGCAGACACCCAAGCACGTGAAGTTGTGCGTGTGCTCCTGTTTTTTGCCAGATAAAGATCTTAGCTGGTGTTCTGCTGCGCCACAGGGTGAATTCCCAAAGCTGCTGTGAGTGGGAGTTTGGTAATAGAATCTGCTGTGGCAGATGTTTTTCTCCATGGTTGACCAGGTCCTGGTAGCAAGGCTGGCTAGCCTAGCTCTTTGCAGGGAGGATTTTCACAAGTACATCCCAGGAGAGGAGATTTGCTCCCAGAAGAGGGCCACCTGAGCACGGGGTTTTTGCGTCTGATTCACCTCTGGCTCTCTGGGATTAGATTTTAATGTGAGTACCTTCAGAGCAAACAGGAGGCAGCAGCAGTCAGGGATTCCTCTGGCCCTCTCATCAGTCGCTCTCTACCTGCCATCTTGTCTCACAAATGAGGTCGTTATTCTCCCACCTCCCCATTTCACAAATTGTTTTGTCAGCATGTGCGAAGCAGGCTGGAAATGGAAAGCCCCAAGTGCTGATTAAAGAGGATGCCAAGTGTGTTATTAGCAATTTCACCCTACGTCAGAAAATTAAGGGAATAAAACATTTTCTCTCCACGACATACTAATAGCAACCTCAAAGGCAGTGCAGGGAGGATGTAGATGCATCTCAGTAGAAAGACTACTATGGCAAAATGTACCTGACGTCTCACTCTTTGTTTTCTCTTTCCCTTGCAG
Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000029157:ENSGALT00000045882:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
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Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]