MmuINT0096317 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000036109 | Mbnl3
Description
muscleblind-like 3 (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444912]
Coordinates
chrX:48466671-48477088:-
Coord C1 exon
chrX:48476994-48477088
Coord A exon
chrX:48474196-48476993
Coord C2 exon
chrX:48466671-48474195
Length
2798 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGG
5' ss Score
5.63
3' ss Seq
TGTTTTGTTTTCTATTTCAGTTG
3' ss Score
11.41
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCCATGATGCACGGTGCTACACCTTCCACTGTGTCTACAGCAACACCACCTGCCAGCAACGTTCCCTACGTTCCAACAACTACAGGCAACCAG
Seq A exon
GTTTGGCCATTTCTTTCAACTGTTCAGACCTAGATAGCCACAAGGTGTTGAGAAGGCACAGTATATGCCTTTTGGAGTGGTGAGATATATTGGTCCATATGCTTATGTATTTCTTAACCAGTTGTTAGGTGTGGAATTTTTAATTTTTTATATATAATTTGGGTACTGTATGTGGTTTCCTATTCATCTCAGAGTTAATTGGCAGCATGTTTACTCATTGTTAATTGGTAAGCAGATGTTACTCGTGTTATTCCATATCAAATTGTTGCTCCCACACCAGTCCTCAAATGTATATGCTGTACTGGATATGTCAGAAATGCTTTCTCATCCTGATCAAGAGGGAAACATATTTTACTACCCCCTCCTCATTTTGGGTTATTGTGTTTGAACTTTGATTTAGTAAACATATCGCCTTTACTTGTAGTTCCACTGTGGGGGGAAAAAAGCATGCTATCACATTTCTTTCAAAGGAATGCACATCCTTATTTTCTCCCAGTGATTACATCAGAAATCCCTTCTCATGGAGACATTGGATGTGCTTGTGTTGGTTTGAGTTTCATTTGGCGTAGTATTTTTCAGCAGAGTCACAGGCAGATGCCCCATATTTAGAGAAACTGGCTGTTGTGAGGTAATTAGTAGCTACTGGTACCGAGCTGTGCTGCTGCTGGTTCTGCCTCATTAAAGTCATGGCTTGCCCCTGGTCAGTTGCTTAACTTTCAAGCATGATAACCACGGCGCACACAGCAGTCGTTCCGTGACTAAAGCACACTACAACCTGTGCTCTGCACAGTGGACACAGTGGAAAAAGTAAACTTCAAGTGCTCCATGAGGCTGATCAGTGTTACTGATGCACGAAGCTCAAGCAATGAGCAAAATAAACAGGATTCTCCTGAGACACCACTGTAATCTATGATCCTTTTCACGACTGTAGATACTCCAATTGTCAGTAGATGAGCTGAGTAAGAGCATGGGGTTTTCATAGATGTAGAAGTTACCAATAGAACAGAAAGTTTTTTAAGTATTAGTGGATGTTATTCGTAGGTGATATCTTTTATTTTACACAGTTGTATTTGCTAAGGTTTGGGTAAACATTTTCACTTAAAGACATGGCTTATAATTTCAGTTTGTGCATTCAAAAGTTTCCAAATTGAATTATGAGGCAGAAGAGATGAATTTTTGATGTGGAGATAACAGCTGTTGCTGTATTTTTCTAATGACTTTATATACTCAATAATTTTTTTTTTATTTTCAAAGGGGCAAGCTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTGCCAAAAATACAAATCACATTTGAATTTTAATTCTTTTAGATTCCATTTTGTTCTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCACTGGCTGTCCTAGAACTCACTCTGTAGACTGGGATGCCATAAAACCTCAGAGATGTGGCTGCCTCTGCCTTCTAAACACTGGGGTCAAAGGCATGCTCAAGGACACCCAGCTCAATTCTTTAAGCTTAAGCTTTATTTTTTGTTGAAGCAAAACAATATAATTTTGTTAGAATTTGGTTGATGAGATTATTTTAAAGACAGTGAGTACTATGTTTCTCCCTGAGTCAGCGTGCAAAGGTGGGCTCTTTCTGTATGTTGCACGGCACTGCATTGCATGTACAGCAAGTAGAATTGCTCCAGCTGGTTTGAAGTTTGAATGAAATACAAAATAATTTAATGATCTAATAATTATTTTACTTCTTTTCCCACTCTTAATTCCTGACCTCTACTTTGCCTAGATCAGGGACCATTAGTAGCACACACGTAAATCCAAGGGGTTACTCACGGGGAACACTGTTGAATATACCTAAGAACCCTAGACAGCTAACAAACACGTGAACCGTTTGGAACTGTGTTCTCAATGAAGTAAGCTTGAATGGCTCCCACCTGCAGTCTAGCATTTGGTTGGAGGAGGCAGCTGATCGGCTTGCTTGTGCCCTAGTTACCCATCTCCCATCAAGAGGTCCCTGATACTGTTTCAGACAAAGCCCACAGCTATTGCACCCTATATAAGCAGATTCCCCCAATCATAAGGAATGTTTTCCAACAAGGTGGAAAAACTGAAGGAGCTAGAAGTTAGAATCATTTTGCAGGTGTTATTTGGAATAGCAGCAACTTGGGAAAGCATGACAATGGAGGTTTGTCCAGTGCTTGCTAAGTTCTCAAAGGGAGCTATACATCAAGGCAAAGAAAATTGAACGTAATTGCTTTACGTAAAATAGGTTTGGGAAGAATGATTTGTTTTTCCACTTGATTCCTTTGGTAAATGAGGTGTTTGGCAGAGAATAATCATATTCACATGTGACAGTTGTGGAGATTTTCTTCGAAGATCAAACCTGTCACTTTGTATAATAGTGTATGACTTACTCAGGATATTTCTACAAAGGTGTAGGATCGTTTGATAAAAGTGTAACACTGCTTACTATTGGAACTTTTCAAACTGTTTGGTATTAAGTACATTTTGAAGGCACGTTTCTTTTGAATGAGATGAACCAATATTTAGGTGATGAGCAAAAATTTTGGCATTATATAGATAATACCTTAAAAATGGCCCACCATTGGAACCTCCCATAGACTATCCCAGCAGTGTGTCTGTTTAATGATTTAATTAGCCCACTGTCACAGAGGGTCTGAAATTCAGAGTGAAGAATATCTTGGATTATTAGTCCATATATAGAAGTGGAATAAAAACTTGTGTCAGGTCTCCTGACACGTTGTTCAATAGCCCTTCAGTATTTCTTACTGACTCTTGTTTTGTTTTCTATTTCAG
Seq C2 exon
TTGAAATATTGAGCAGCAGAGTTACAGAGTATCAGAATCTCTCAACAAGAAACTCCGTGTGGCCTTTCTATATGTATTCTCGTATGTCTTCTTGTACCAACACGACAATAAGCATGGTGCAGTCAATATACTAAAGCGCATATACCTGTTGACAAATTCAAATTTTAAAAATCTGTGGAGATGTTAAAGCAAATAGAAAATTAACCAGTATGTGTTACCTTATACGGATTCATTGTATATGAATTAGCATACAATATACAACCATACAGGTTTGTCATGTATATGAATTATCAGATCCATATTACATGAATTTTCCATATGATATGAATTACCATATTGAATATAACTGTAAAATGTTGTGACTGCTTTCCAGTAATGGTTTATAATAAATGAACTTCCACAGTGTACTGTAGGCTTACTGTATACTCTTGGTGGATAAATTCTGTTTTGGAAGTGTTACCTTACTGTTTTGTTTACAAGATAGTCTATAGGATTGATGTAGAATGTAACTGATATTTCCCACACCATTTTCCTCCATTGGTATATTGTATTAAATTGGGTTCTGCTTAGCTCTTTCATGCTATAGTGTTTTCTTGTTTATACGTGATATTTGATTTCAATTAAAGCATCATAAGTGGTGAACAGAACTATATGTGACTGAAAAATGTGACAGGTTCATGGTAATATGCCCTCTTTAAAACATTTCTGCAAGTTTCCGGAGGCCTCACTTCTGAGTGTGCACAAAATCTCTTCATATATAGAATTTTACCTGTAGATCTGACCTTGCATAGTCAATAATATACTAAATTTTTAAAAGAGAAAAAAACTTCCCTACATGTGATAGGAAAGTTCAAATGTTAACCTCAAACCATTCCTCTTAAATAATTTGAGAATCAAGTGTTCACATTCCAATAAATTTCTTAGCATGTATAAAAATTACGGAGAGTAGCCATTACATTTATTGTGTTACAGGAATCCTATCTCTCAGCTTGAGTGTCTAAATTTGAGCCATTTGTCATCTTCAGCTGAGAAACTGGTACTAACTACTTTAAAGGTATACTAATCACAGGCTGAAAATCAAGCAGAGAGATGTGGGCGTGGAGACAGTTTTTATGTACTGGAAGAAAGTGTGTAAACCCTTTGCATTGTAACCTTTTGCACAAATGCTGTTTTCCAAATGCAAATGGCTCGTGCTCTTTTGACTATTCTTTGAATAATAAGTAAGATGCAGTCTGGCAAAAGTCAGGCCAGGTGAAAGAAAATTGTTTCCAAATGAGGCCTTGCCTCCCCAAATGGACCATCTTTTCTATTGATCACAGAAGGAGGCTGAGTACAGGTTTAGAGAAATGGCAGGAATGGGGGCAGGGAGAGATTTAAAATGACTGGGAATGTGCAAAAGAACTAGAAAAGGTTTCCGAAGTTGTCTTTCGGTTTAGTTTAATTTAGTTGAGTTTCCAGTTTTTGTAAAGGCAGCAGTGAATTAGCAAGCATTTGTGCTACTGTATGGACAAGGGTTTCTCTGCCAAAACTTTAACATCAGAGGGTTGGCTGTGGGGGGGGGAGATGATGATTTGTTCAGTTTTGTCTCAGAACCAAACCTATTTTTGTCACATCTGAACTTACTTGCCTTTGTGTGTGTTTCAAAATTAGTTTTAACATCCTTTGGTTAATAGAGAATAGCAATAGCCCCATGGAGGTGTGATATGAATTCTTCTTAACTAATACTTAGGAAATAAGCTACAAATATGGTAATCCATCTATTTCTGTGACATATAGTGTACTTCTTCTACTTAGCACTACTATTGTTATAAGAGGGAGGAAATGTATTTTCCAAAAGCCTAAGTAAATTGAATATTTTATACTCAGTATATATTCTCCCACCAGAAAGCATAAAATCAAATTTTTGTACATATAACAGTTGTTTTTCTTCATGAAAATCGGGAGGAAAGAGAGACTGTCCAGGATATCATAAGACAGGTAGTTGGATTGATTTGCCAAACAGTGACATTGGCAAAGACTTTATTGCCTTTTCTACGGTTGGTAAAACAGAGAGCCAGACTGTGTGACTTGCCTCAGGCTGGCTGCCTAGCCATTGTGGGAACCAATTGCTCTCCCTCTTTACATCTTTCTTTGGAACATTTGAGACTCCTATGCAAAGCAGATCAGATCGGCTCAGCATTTTAAAAAAGCAAAACTACCTCTGGTGGATGGTATCTCATTGATCTTAATTATCCAGGTGAATCCTGGTTACCAGTGATTGCTAAATACTCTTGTTTTTATATTGGACCTCCGCCCTTTGTTGACTATTGCCTGGAGCTAAGAGATTGAGAGTTGTCTGTCCTTTTACCTGTGGGCTCTTTGAACCACTATATTTCTGTTTTCTAACATCGCAATTCCAGGAAGAATCTACCTGAGCTAGTCTAGATGTAGTTATTAATGGATATGGAAATGTTTTGTGCAAAATAAACTTTTTGTAGTTTGACACTTTGGTGCAACATACTATCTGGTTTAACTTCTTAAAATTTTGATCAAGATATATGTAGATGATAAACTTAGAGTAGAGTTGTTCTCTTGTTGCTCTAAGCACTGGAAGATATTAATGTTGACTTATATTTAGGAGGAGATTCAGTGGGGAACATTCAGGGTAGTTGTCTTTTTGGTGCGATGAGTTTAATATAAGTGTTAGCATTTTAAAAGTTGCAATGTACATGAAGCTTAAGAAAGCAAGCTCAAAACTCGAACATTTTGATCAAATTTGATGGAGTTTTGAGGGAAATGAAACTTTAAGCTGGCACTCTAGTTGTGCAGTGACTAATGATCTTATTGAAGAAAAGACAAGTCATTTGACTATAAATTGAGTTAACCAGACCAGTCACAACCAATCAGTGACTCTAAATGAAAATTTACCCAAGTATTTGTATATAAACCAAATTCTAATCAGATGTGATTTCTAGTTAGCATTTTTTAGTTTTTGTGTTTTGCCATGGCCTCTATTTTTATTTCTCCAAAATTATTGGCTTTGTCCATCTCAGCCTTTTGCCAAAATTTGCAAGAACACTGAAACTTGGATAAAATGTGTCAAACCTACAAATAAGCAATCTAAATTTGTCATTTAAGAAGAGCTTAGTTTCAGTTTTTGCAAAAAACCATGAGACCGTAATGAGTAGGAACTAGAATGAAATTGAATGGATTCGTACAACTGCTATTTAAATACAGTGTTTACTTTTGAAATTGGAGCATGAATCCACACCTAGCTATTGCTTTTCATTTGACTTTTCTAGATAAATTTTCAGTTTTCATCTATTCATGAAAGCAGTCTGCTTGCTATTCCATCAGTCTTGCTCTGCCGTTCATCTCTGAGCATCCTAAAACACTGTGATCTTGCCATAAGTGTTGTCCTATGCCACTCGACTGTGTCCACTCATGGGACCCTCAACTCTCCTGCTCTCAACTCTCAGCAGGAACCAAATTAACTTAGTATTTTGTGCTTGGGTTCACTTTAACAGCATAAGGAGTGAGACAGTGCTGTTTGGAGGACGAACAGCAGCTACAGTACATTGTAGGAAGGGAAAGAGGCAGCTGAGGCGCTCATGAGCTCCTCGGAATGCCAGGTGATTCTCTTCCTTGTCTTTGGTGAGTGTTGGTAAGGAGGCCCCTAGACAAAATGCAGCCAAGGTTGTCGAAGATCTGGCGGTCTGTGGGATAGGCTGTGGCATGCAGAAGGCTTACTAACAAAGTTCTCGCTCCACCTTTAAAAAAAAAAAAGAAAGCTCTTCTACATTTCACTGAAATGGAAATGAGTAAAATTGGGGGGAGGGGTGTCTGATTCGGTTTGATTCATTTGATGGATTTGATTCCAAGTTTTGATTTGTAGATTTAATAAGATAGTGGCCTAATTTTACCGGAGTCTGTTAGAGATAGTAGAATAAAATAGCAAATAAGAGAGTTTAGCTTTTTTTTTTGAAAGTTTAGTAGATAGTCTAATCAAACTATAAACTGTAAATGTGATTATAAATACAGGCTCTGAGTACCAAGTTACTAATTGGTGCCATGTTTTCGTTTTTCTTATTGTTAGTTTTTAAAGTTTTAATTGTACTACATTTTTATATCTAAGTATCCAATGAGTTTAATTTTGAAGGAGAGTTGGAGAAGGTTTAAGGTTTTACCACTTCTATTCAGACCATCTCTGTAGGCTCTAAACTGAGACCATAGCGTAATTCAGCATAGATACAGTCCAGAACTACCCTCTACAATCCACAGTTCAAGAACAAATTTAGCGTTGTACACAAATGATAGATGTCAGCTAAATATATTTAGTTGTTGCCTTGGCAACAAAACTACAACATGGCTACCTTTAGACATTTATGCATGTAAAACTTTTATGTGTAAGCTATATGTGGTTCATGACAGTGCAAACATATTGAAGATACAGCTCAAAACTCAGAAAACTGATGATGTTTTTGAAGCCCTGTGTTCCATATATGAAAGCTGAATTTGTGTCCTCATGTTAACATTTGATTCGAAAAAGAAGTTTATAACACATGGATTCTAGAATTGGGCTTTATCGTTTAAAGAATTGGTTGGGTTGATAGGGTTATTCTACAGTAGAACAAGCTCGACATTGATATTGCCTGGCCTTTTTTTCACAACTTTATTCAAAACTACCTATTCGTGTAGTATCTGTAGTTATAAAAAGATTATATTTTCTGGCTTTATTCACAAAAACTATATGTGAGGATTAAAGCATAAGTAAACATGTTGAGATTAACCCATGGTTGTGAAGCCACACATAAAGATACTATAGAAGAGCCCCTGAACAGTGTTTAAGAGACATATGCTGCAGTTCCCCGACTGTCCCAGTTAGGGTGCGAATGTGTGAGACCCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCACTTATGTACATAGTCCATGAAAGCAATCCTTGGAGCTTTTGACAATGTAAGAAGTCTGTGGTAATAGAGGAGCATTAGTGAGAGT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000036109-Mbnl3:NM_134163:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
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F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]
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- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
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