GgaINT0090286 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009158 | CDC42BPA
Description
serine/threonine-protein kinase MRCK alpha [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001186372]
Coordinates
chr3:11778179-11790330:+
Coord C1 exon
chr3:11778179-11778296
Coord A exon
chr3:11778297-11790212
Coord C2 exon
chr3:11790213-11790330
Length
11916 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
GTTGTGTGTCTGCATTGCAGAAT
3' ss Score
8.67
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGATGCTACGCGATCCAGAAATGAGAAATAAATTAATTTCTAACCCAACTAATTTTAACCACATAGCACATATGGGTCCTGGAGATGGTATACAGATTCTCAAAGACCTTCCAATG
Seq A exon
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CAACATGAAATACTGTCAGTTTCTACAGGTACAAAGCCCCTTCCGTGCAGCTCCAGTATACTGATTAGTGCTGCTGCACTCGGCTCTCCTTTACAGTTCTCAATGCATAGCAGTGAGCCATTCCCTGTCCCCGTGGTTCCTTTTGTATCTACCGTGGGGCCACTGGTGTTGGTACACAGCCAGGCTGCTCACAAGGAGCTGTAATGCAGATCGCTTATGGCATGGTGAGGACACCAGGAGAGAAATTCAGTGCTGCAGAGTGGGTTGTTTGTCCTCATTTGGGAAACAAACAGTAAGCAGGAGGCAGCAGTGTGATCCTCAAGGGATTTTTGAGAGAGACTTGAAAACAGTGCTGCAGTAGCTACAGGGAGAAGTAAACAGGGCTTTTTCACTGATAAGCTCTCATGTATTTTGTTGGTGTTTGAGAGATGTTTAATTCTTCTTTGTTTTTTGCATGCTAAAAATCTGTCATTCCTAGACCACTGGGAGGGTGAAAAGCAAAGAGTTGACTGTGATAGCAAAGAGATCTGTAACAGCAGTGGCACTAAGGGTCATTGTAAAATTGGACTGACAGTAGGTTTTTAACAATTATCTGATAAAGTCTGTACCATCTAATACCTGTTCTTTACAACGCCACTATCTGATTACCCATTTTAGAATACAGCTAGAGAGATGGACGGTATCTGAGGGTCTTTCAGAGTACTCATCCGGGGGTGGAAATTTCTCTTCTGTAACATTTCAGCCTAAACAGGCATTGCAATAGAAAATGTAGGTTTTCATTTGGTTACTTAATCTCAAAGTGAGGGTCGGGAAATAATTACATATGAAAGGGAAGAAATAACCATTATTGCAGCACGAGTGTGGTGAAGTGGAAACAAAGTAATGCTCAGAGGTACCTGCAACTCTTTTCACAGTCTGCAGCTGTAAAGGTTTCCCAAGCCTAATTCTCATTAATGCTCATAGCTTAATAGTGCAAATCACATTTGTCTCTTGTTTAGGCAGAGATGAAACAATAGGCAAAAAAATTTGGGGGTATGAAGGCAGCTCGTATACAAAGAGATGGGCTAAATAAGCTGAGAAGCCTTTTCCCCTAAAGTCAGCTGTAAGTTAACAGAAGCAGAAATAAAATCCCCCAGAAGTTATATCTAAGTATTTTCTTTCTTTTAAAGACATAACCTATGTTTAAGGAGCTGCCATATTTGAATAAAGACACTGTTCTATCTGTTCCCTCAGTATAGAACTGCTTCAATTCAGTGACAATTTTAGAAAATCACACTGGAACTCTTAGGCTGCAAACCTAATGGCAATCCATAGAAAAATCTGTGGTGGGTGCTCTGAGCAGACTGAAACTATGAGGCTGATTCTGGCTTTGGTTCAGCTGGTGTAGGTCTGAAGAAATGCTGTTCATGTCTTTGGAACCACTTCAGTTATCTGACAGACAGATTGATCCTACAGTCCAGTATGTGGCCATAACTCCACAGGCACTGGGGATTCATAGGGTGTCCATACCAAATTACACGTGCAAGCCACAAGTGATGGTATCATGGGGAAGTTTTAACAAAATCCATAGAAGCATGTGCTCAGAAAGAGCGCATTATGCAGTAAATGTGGAATTACATCTGTAGCAGCTTGGGCTTGCAAACCATCCTTTCAAGGAAATTCTTGAATTATTAGACCTACCTTTTCAGTTGTCTGCATATGTCCATGTAATTCAGCACTTCATTGTCAGCTGTGTGTGCTTCCAGTCTCTGCACTAAATTGCAGAATATTACTTTGCAAATTTTGCTGACTTGCTGCTCACATAATTCAGCTCTGGTAAGGTTGGGGATTTGTTGCATTCTGGGACCTTCCTCCATAACGTCCAAGGTTGAGCCAGCAGTCAATAAGAAACATGTTGTTGTGTGTCTGCATTGCAG
Seq C2 exon
AATCTTCGGCCTCAGGAAAGTCGGACCGTATTCAGTGGCTCTGTCAGTATCCCATCGATCACGAAATCCCGCACAGAACCAGGACGATCGATGAGCGCAAGCAGTGGGTTAGCAGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009158:ENSGALT00000039364:34
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.908 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]