RnoINT0032626 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002841 | Cdc42bpa
Description
CDC42 binding protein kinase alpha [Source:RGD Symbol;Acc:621406]
Coordinates
chr13:98437251-98444875:+
Coord C1 exon
chr13:98437251-98437368
Coord A exon
chr13:98437369-98444757
Coord C2 exon
chr13:98444758-98444875
Length
7389 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGA
5' ss Score
9.48
3' ss Seq
GCCTCTCCTTTGTGTTTTAGAAC
3' ss Score
11.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGATGCTACGAGATCCAGAAATGAGAAATAAATTAATTTCTAACCCAACTAATTTTAACCACATAGCACACATGGGTCCTGGAGATGGAATACAGATCCTAAAAGACCTGCCCATG
Seq A exon
GTAAGAGGCGTGAAGAGTGGTGTGAATATGACCAGGGTGAGGAGACAGTGTTAGCTGCTGGGGAAGTATGTGCACATAGGCTCACATACATGCACTGCCTCCCAGAACATTACCTAGCAAGGACATGTTCTTTCAACATGACACCGGATGTCTAAGATGCACAGTGGCGTCTTATGGAAGAAACTTACAGTTCAGAGTCTGACCAAAGTTCTTAACGCAGAAAAGTTTTCCATTTTGCTAATACAAGTTTGCTACTGTTGAGGAAAGAAACCGCTGTATTTAAAGGTTCTGTGGCAAATCCCAGATGCAGTTCCCAAAACTTTAAGGTTTTGCTCAGTTGAATGCAGATAATTGGGTGTTTCTCTCCTCAGAAGTCCATGGGGCTTCATCATTCATAGTCACACCTCTCCGCTAACTGTGAAATTAAATCTGTTCCTTTGCACAAATCCAAGCATGTTTCCTGGTAAATTATATGTAAAAAGAAGTACCACACTGGAAGACTGTTGTATTTTAACAACATGAAGATTGCATCCACAGACCCATTATGCTGAGGTTAAAATTACTAGTGGAATTAGCTAATTCTCCAGAATGTCTGTTCCTAACGTGTGAATGTCATACACTCCTGGCAGACTGATAACATCCAAAGTGACCCTTTGATCACGAGCTAGCTGCTCAGTTGGGCAAAAGAACGTCTCACGGCAGTTTTGGAGACAACTGTGAATACTCACCCTTATCTCTCCAAAGGATTTTCTCATCTTTGGGTATGGTAGTGGACACACAGTATTCCTTTACGGAGTTCACATTGTTCACACTCACATTATTCCTTTGGGATCTGCTAGTTATGGGATATATTAGCTGTGCTGGAAAATATAAAGTGTACACCAGCTAGATCACAGTGACGCCAAGTGCGAACCTCAGAGCTGCTGCTGTGCACGAGAGAGCATGAGTGTCTCCATTTCCCATCGCCAGCATTGCTGCAGAGTCCTCCACTGCCCATGGTGTCATCCGGGCAGTGCACACAGCTGTCCTGAGGTCAAGCCTCTGCTGTTGCTGTTCTTGCTACTTCCTTTTTCCAAGTGGAGGTTACATGCCAGGCACAAAATGCTTTAGTAGAGAGAACTTTGGAAGTAGAACAGTTAAATGACTGTCTTCCTAGAGTGTATGTGAGAGACCAGATGCAGTGCACTGTTTTAACTAAGTTTTTGGTAGTTTTTTCCTAACTGTATAGTATTGAGGCATGGAGAGATAACCAACTGTGTAAAAGTATGTGGTTGAATAGCATGCCAGTTAAATCAAACTAAATTCAACACAGCAAGGCTTTGATAGATGTTAGCCTTTTATATTAAAGTCACTTTTTAACTGTGTAAAAGGAATTGTAGAAAATGTTTGTACAAATCCTGTTGTGCCCTTACACTGCGGTATTTCCCTTAAGTGGGGTAACCTCAGGATTTAGAGTTGTTCTGCTTGGCTTCCATCGGTGAACTGTTTGTGTTCTGAGGGTCTTCCCCACCTTCACGTGCAGTGGAGCATGGACTCTTTAAAGTCCCCCTCAGCCTTACGTTTTTGATTAAGTTTTTTTTATTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTTAGGGTCTTACTATGTAGCCATGTCTGACCTGTAGCTCTCATGAAGACTAAGCTGGCTTCAAACTCATAGAAATCCAACTGGCTGTGCCTCGTGAGTGCCAGAAAACAGAGGCCTGTGCCGCCGCTCCCAGCCTAACTGAACTCTCTCCCTCCAGTCTCTTACCACTTACGTCTTCTCTTTGTTTTGAGACATTATTTCATTAGCTGGTCCTGGCCGGCCTTGAATTCACTATGTTGCTTAGGCTAGCCTCAAATTTGAGCCTGACTTCCTCCTGCCTCAGCCTTCTCGGTGCCCCAGGTATCTGTCCTCATACCCACCAGAAATTGTGGGTTTGTTATTGTTGCTAAAAAGATTTTTATTAAGCAAAACAATTTCAAATGGTATCTGCGGTTCATCTGCCAACTGATTGCATCCACACGACTCCATCCTGGCTGCTTACTCTGGGGATTTGTCGTCGCCTGACTTTGTTAAGGCCACAACCACCTCCCCAAACCCCAGATTAGTTCTTTTTTATACCAGTTCAGTCGGTTTTTAATGTGCCTTTTATTCTTTTAATGTTTAATTATTGTATAAGATAAACACTGTTATATTTCCAGGATAAAATTTATGCATTTATGAAACTTTCTCCATCTGCTCATGTTATAGGCAACAGTTTCCGTGTGCCCAGATTTCTTTTTGTTTCCTTTTATTCCCACATGACTTTTCCTATTTCACATCCAGATGATCTCTGACCAGACTAGTTCTCTAAAGGCACCCATTTAATCCCCTGACACCCACTTCTTCAGCACAGACCTTTGTGCCCAAGAAGACTGATGCTTATCTAGGAGTAGACGCTGTGAAACAGCACAGCGCTGTGCCTGTAGTGACTTGTCACTGTGTTTATCACCATGTTCCTAACGTAGGACATTTTACCTGTCTCTAAAGTCATCAATGACCACAACATACTGAACTCAGTAACCTCTTTAAGAACTGGGCTTGTAGCTCAGTGATACAGTGTTTCCTTCTTAATATACGCATGGAAGGCTTGGGCTCAGTTCATGACCCCCTTAGCACCTTCCTTGCCAAAAAGATAATTTTCTTTCTTAAAGTCATACATGGACAGACAGACAGACAACCTTAGAAAATAGTGATTTTATTCACATTTCTAAAATAAATTATCATATATAAAAGCCTTTCTTTTAGGCTTGAATAAGTCTTGATGGATGTGCTCTGGAAACAGCTGTTCTTCAAGAACTTTGAAAAATCTCCATCATAGGAAAGAGCTGCCCACTTAGTGACACCACCCAAGTGTTCACTGAGAAGCATTTACTGGGCGACTTTCTGTGTAACTTCATTATTATTTGCCCTTTAAAGAACATATTTGAACATTCAAAGCAAAAATTTCCCTTGTTGAAAACATGCTTGTTTTTTGAGCTGCTGACAGACGAGCCAGGAGTAGTCCTCGCCGTCTCTGTCATAAGGAAGTAAGATCAGTAAAGGCCAGGACACATTATAAATTCAGAACTGAGAGATGGCCATGAAGTGTGAGGGTGCAGGTCTGAACTCTGTGCTTGAGAGGGGTCTGGGGTCCCCTCGTCCTTTCTTTAGCTTCCTTGCTGCTTCTGTGCTTGGTGTTTCGGACAGATTTTTGCAATGCTTTTGTGGAATCACATAAGAAAAATCCTGAAGATTCTGAAAGCTTCTAGACCTCTAGAGGCCATGCTGCTACTCACTTACTCCTGGTAAAATGCGAATTATGTTATCACAAAACGATCTTTTGAAAATCTGCTATTTTGAATAACTGATTATAGAATTTAATCTCCTAAGGCCGGAAAGAATCTCACTGGGACTAGTTCTGAGATCTGCCTTGTTCTCCTTGTGCATGTTGTCTGGTGTCTCACCTTGATTCATCAGCATCACCTTACGCCATTTTTTCTTTCTGTGTTTGATAGCCAGGTTTCCCTTATTCACCCCCTCCTCACCACTCCGGCCTGATCTCCTCTCCGAGCAACTTTGAGCACATCTATCACATGACTGTCAATTCTGCTGAACAGTTTCTCTCTCCTGATTCCATAAACCCTGGGTACCCCCCGTCCCTGCGCTCTGCCCCTGGTTCACCACACTCTGTGACTCTCAGGGTATGAACAGCCAAGCTAACCCTGACTAACTGCAGTGTGTGCATTTCTAACCACTGAGGTGGTGCTTTGGGGATGGCTACCCTTTCCTCTCCTCAGCTGCCAGCTTCAACTACATTTTGGCTTCTGTTTATCCTCCCCTTTCTCTCTTCTCAGTCTATCTTGTTCCTTCTTTTGAGGGAACTATGGAAGAATAAAGGGCTTCTGTAGTGATTTTGTAGAGGGTGACCTTCACTGAATACAGTTTTCCCAATATGGTATTTTCATTCTGGATACCATGTTAACACAAAAACAAACAGACAAAAACAGCCCAAACTGTATCTTTATTAAAACAAACAGAAAAGGGGCTCCCTAAATTTCTGGGGTTCTCGTTGTTAGCTGCTCTCTACCCTATAGCCACATCAGGTCAGAGAGTTGCTTTATATCTGATGTGGCTCATCACTGTCCTACCAAGGTCCCCAAAGCAGTGCTGTACGTAATGAGAAGTGACAGGAAACGATCCAAGGTAAAGTCAGTGTACACATCTGTGGTTGCTGATGTGGACTGAATTGCAGCTGAGACACAAGATAAGAAAAGTTAGCAAGGGCAGCGTAGAGGCTGCTCTGCCCTGAAGAAGCAGGGTGCTATTGGTCCTTTCATTCTGACCATGCCTTGGTTACCATGGCCACATGCCGGAGTGGCTGCTCCCTGTCTACTTTATGGAACACTCCATAAAGGGAAGTTAGTTTTATGAATATTAAAGTATTTGGGTTATACCATGCAAACTTACTTTCTATAATGCCCCGGGTTAGTAAATTAGTAACACTGACTTTCAAATTTTCTAATATAATAATATTCCAGTAAGGAATTAGAGGGGTTAAAAGATTATTTTTGTTATTATCAAATTACTTTGATAAAGTAAACAACAATACCATGTGAATGTCTTACTTGACAGAATTACCTCAGTTTGCTTGGTACCTGGATTCCAAGGACTCCAAGTCAGGACCTTCCTGTGAGAGAAACAACTTACCACAGCTTGAGTTGAGTGGTCCAGTCAGGGGGAACTTGTCATGCCTTAAGCACAGTTTTAACTAAAAAACTAGGTTTCTTGTTATATTCAAATGGAGTTTATATCATTTGACTAAACAATAAGCTTTTTATGTAAAACATTTCTGTTATTGTTCCTTTAGCCGTCTAGTTTTCAGTTGTGGTTGCTAGCATATTCTGGAAGCTTGTCCTCTGTCATAGAGTAGGCTTGTCTATAGAAGAGCCCATCCTAGCTTT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Seq C2 exon
AACCCACGGCCTCAGGAAAGCCGGACAGTATTCAGTGGCTCCGTCAGTATTCCCTCCATCACCAAGTCCCGCCCTGAGCCAGGCCGCTCCATGAGTGCCAGCAGTGGCCTGTCTGCAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002841:ENSRNOT00000003837:34
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.975 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0078623=PBD=PD(21.9=35.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]