HsaINT0031661 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000143776 | CDC42BPA
Description
CDC42 binding protein kinase alpha [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1737]
Coordinates
chr1:227004994-227016197:-
Coord C1 exon
chr1:227016080-227016197
Coord A exon
chr1:227005112-227016079
Coord C2 exon
chr1:227004994-227005111
Length
10968 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGA
5' ss Score
9.48
3' ss Seq
TCTCTCGCTTTTGTTTATAGAAC
3' ss Score
8.88
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAAATGCTACGAGATCCAGAAATGAGAAATAAATTAATTTCTAATCCAACTAATTTTAATCACATAGCACACATGGGTCCTGGAGATGGAATACAGATCCTGAAAGATCTGCCCATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AACCCTCGGCCTCAGGAAAGTCGGACAGTATTCAGTGGCTCAGTCAGTATTCCATCTATCACCAAATCCCGCCCTGAGCCAGGCCGCTCCATGAGTGCTAGCAGTGGCTTGTCAGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000143776:ENST00000366769:33
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.925 A=NA C2=0.958
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development