GgaINT0098067 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009686 | PPP1R9A
Description
NA
Coordinates
chr2:23790451-23801992:+
Coord C1 exon
chr2:23790451-23790608
Coord A exon
chr2:23790609-23801872
Coord C2 exon
chr2:23801873-23801992
Length
11264 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
ATTATCTTTTTTCCCTACAGAAT
3' ss Score
11.65
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AATTTCACGTTCAACGATGACTTCAGTCCCAGCAGCACAAGTTCAGCTGATCTGAGTGGTTTAGGAGCAGAACCCAAAACCCCAGGTTTCTCACACTCCTTAGCACTATCGTCAGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009686:ENSGALT00000015764:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.849 A=NA C2=0.775
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]