MmuINT0125208 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000032827 | Ppp1r9a
Description
protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 9A [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2442401]
Coordinates
chr6:5084017-5106240:+
Coord C1 exon
chr6:5084017-5084174
Coord A exon
chr6:5084175-5106120
Coord C2 exon
chr6:5106121-5106240
Length
21946 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
GGTTGTATTCATTTTGACAGAAT
3' ss Score
4.73
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCTGAATGAAGCAGTCCCAGAGACAGAGCGCCTGGATTCGAAAGCATTGAAAACCCGGGCCCAGCTCTCTGTGAAGAACAGGCGCCAGAGGCCCACAAGGACACGGCTCTATGACAGCGTCAGCTCAACTGATGGGGAGGACAGCCTGGAGAGGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AATTTCACCTTCAATGATGACTTCAGTCCAAGCAGTACCAGCTCAGCAGACCTGAGTGGCTTAGGAGCAGAACCCAAAACGCCAGGGCTCTCCCAGTCCTTGGCACTGTCCTCGGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000032827-Ppp1r9a:NM_181595:12
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.923 A=NA C2=0.953
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF086345=Pet127=FE(65.0=100)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: