RnoINT0116448 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008869 | Ppp1r9a
Description
protein phosphatase 1, regulatory subunit 9A [Source:RGD Symbol;Acc:632280]
Coordinates
chr4:30215870-30238097:+
Coord C1 exon
chr4:30215870-30216027
Coord A exon
chr4:30216028-30237977
Coord C2 exon
chr4:30237978-30238097
Length
21950 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
CTTTTTTTTTTTTTTAACAGAAT
3' ss Score
11
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AATTTCACCTTCAATGATGACTTCAGTCCAAGCAGTACCAGTTCAGCAGACCTGAGCGGCTTAGGAGCAGAACCCAAAACGCCAGGGCTCTCCCAGTCCTTGGCACTGTCCTCAGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008869:ENSRNOT00000011756:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.976 A=NA C2=0.927
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]