GgaINT1015912 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016055 | KCNJ15
Description
potassium channel, inwardly rectifying subfamily J, member 15 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6261]
Coordinates
chr1:106882440-106907061:+
Coord C1 exon
chr1:106882440-106882609
Coord A exon
chr1:106882610-106905162
Coord C2 exon
chr1:106905163-106907061
Length
22553 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TTCTTTTCTTTTCTCCATAGGAC
3' ss Score
13.34
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0100715=IRK=WD(100=89.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]