HsaINT1017165 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000157551 | KCNJ15
Description
potassium voltage-gated channel subfamily J member 15 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6261]
Coordinates
chr21:38257046-38297023:+
Coord C1 exon
chr21:38257046-38257185
Coord A exon
chr21:38257186-38296925
Coord C2 exon
chr21:38296926-38297023
Length
39740 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TGTGTCCCTCTTTCTTTCAGGCA
3' ss Score
12.19
Exon sequences
Seq C1 exon
TGAACAGTGAGAGAGTTTTCTTCATTTTGAGGAACCCTAAACACCTATCTTTCCCAAGGCAACCTGTCTGGACTGAGCATTTCTCTGACTTGACATAACTTCCCATCCAGCCAGGAGTCTGCACTCTTCAGTCTTTGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCAGTAGCAGAATCCCATGGTAGCCAGGTGGGTGAAGGGGAGCGAGGACGTTCTACCTGCCTTGAAGAAGACACCTGACCTGCGGAGTGAGTGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000157551:ENST00000328656:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains