HsaINT0007993 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000116194 | ANGPTL1
Description
angiopoietin-like 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:489]
Coordinates
chr1:178822729-178834937:-
Coord C1 exon
chr1:178834089-178834937
Coord A exon
chr1:178822923-178834088
Coord C2 exon
chr1:178822729-178822922
Length
11166 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
AAATGATATTTAAATTATAGGAC
3' ss Score
5.36
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GACCATTCAAAGACTGTCAGCAAGCAAAAGAAGCTGGGCATTCGGTCAGTGGGATTTATATGATTAAACCTGAAAACAGCAATGGACCAATGCAGTTATGGTGTGAAAACAGTTTGGACCCTGGGGGTTGGACTGTTATTCAGAAAAGAACAGACGGCTCTGTCAACTTCTTCAGAAATTGGGAAAATTATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000116194-ANGPTL1:NM_004673:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.169 A=NA C2=0.095
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=PU(29.3=96.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)