HsaINT0007993 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000116194 | ANGPTL1
Description
angiopoietin like 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:489]
Coordinates
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Length
11166 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000116194:ENST00000234816:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.167 A=NA C2=0.142
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=PU(29.3=96.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development