HsaINT0027533 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000203697 | CAPN8
Description
calpain 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1485]
Coordinates
chr1:223654330-223665723:-
Coord C1 exon
chr1:223665410-223665723
Coord A exon
chr1:223654400-223665409
Coord C2 exon
chr1:223654330-223654399
Length
11010 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGG
5' ss Score
10.38
3' ss Seq
TTGTTCCAAATTACTTTCAGGAG
3' ss Score
7.65
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCCCTCCCAGTGGAGCAGGTGTCTGAGAGTACAGTGCAGCCCTGCCCTTCTGTCCACCCTACAGAGCCCACGGCCATGGCAGCCCAGGCAGCTGGTGTATCTAGGCAGCGGGCAGCCACTCAAGGTCTTGGCTCCAACCAAAACGCTTTGAAGTACTTGGGCCAGGATTTCAAGACCCTGAGGCAACAGTGCTTGGACTCAGGGGTCCTATTTAAGGACCCTGAGTTCCCAGCATGTCCATCAGCTTTGGGCTACAAGGATCTTGGACCAGGCTCTCCGCAAACTCAAGGCATCATCTGGAAGCGGCCCACG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGTTGTGTCCCAGCCCTCAGTTTATCGTTGGTGGAGCCACGCGCACAGACATTTGTCAGGGTGGTCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000203697:ENST00000366873:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.040 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064816=Peptidase_C2=PU(11.3=43.0)
A:
NA
C2:
PF0064816=Peptidase_C2=PU(62.2=95.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development