RnoINT0029123 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000003468 | Capn8
Description
calpain 8 [Source:RGD Symbol;Acc:620085]
Coordinates
chr13:100980588-100988686:+
Coord C1 exon
chr13:100980588-100980860
Coord A exon
chr13:100980861-100988616
Coord C2 exon
chr13:100988617-100988686
Length
7756 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGC
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
TTCTCCTAAACTACCTCCAGGAA
3' ss Score
7.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTTCCTGACACCCTACAGGACTCACAGGCAGGCCATGGCAGCTCTGGCAGCGGGAGTATCCAAGCAACGTGCAGTTGCTGAGGGGCTTGGCTCTAACCAGAATGCTGTGAAGTATCTGGGCCAGGACTTCGAGACCCTGAGGAAGCAGTGCTTGAACTCGGGGGTCCTATTTAAGGACCCAGAATTTCCAGCATGTCCATCAGCTTTGGGCTACAAGGATCTAGGACCAGGCTCCCCAGACACTCAAGGCATCGTATGGAAGCGACCCACG
Seq A exon
GTAAGCAATAGGGAAGTGACCCTGGCTAGGCACAATTGAGTGTCACGCAGCGTAGAGAGTTGCCACATCTGTTCAAGAGTTGAAGTAAGTAACAGTGGTGAATTCTGTTTTGGATCCCATAGTTCTGACCCTGCCTTACTTTCTGAAAATTATTTCCAAGGAAGAGAATACACAGGCTTTAGACAAGTTAGACCTCATGAGTGGCTCTGTTGCTGCTTTGGCCTTGAGGGACACCTCTCTGAGCTTCAGTTTTTCCACCCTTAGAATAGTGTGGCTGGGACCATTGTAGTTCAGGCGTAATTGCCTCAGGGTGTAATTGCCCTGCTTGTAAGAGACACAGAACACTCGGTACTTAGGAACGCATAGTGCCCCCAGGCCAGCACACAGGGGAACAAACCAAGGTTAGAGAGAATCAGCCAAGGGCAAACTGTGATAGCATGGCTGCTGAGGGACATGGGTTACTGAAGGTCGTAGAAGGTTCCGTCCAGGCTGGAGAGGAGATAGGAGAGGTGGAAGCCATCCTAAAGGCTGTGGGTGTGGCCACTCTGTGGTCTTGATGTGCATTTCCCTGGTGATAATGATGCTGTATGTCTTCATTTTTGTGCTTCATATATCTCGGGTGATCCTGTAGAGAAACACTCGTTTAAACCCTTTGCCCAGTTCTCAATGGTTCTGTTTGCCTTTTCTTCTTTGTTTGACTTTGTACTTTTTTTTTTCTCCATCTTTATTAACTTGGGTATTTCTTATTTACATTTCAATTGTTCTTACCTTTCCCGGTTTCCAGGCCAACATCCCCCTAACCCTTTCCCCTCCCCTTCTATAATCTTTTGTACTTTTTTTTTTCTCCATCTTTATTAACTTGGGTATTTCTTATTTACATTTCAATTGTTCTTACCTTTCCCGGTTTCCAGGCCAACATCCCCCTAACCCTTTCCCCTCCCCTTCTATAATCTTGTTCCCCTCCCCATCCTCCCCCCATTACTGCCCTCCCCCCAACAATCACGTTCACTGGGGGTTCAGTCTTAGCAGGACCAAGGGCTTCTCTTTCCACTGGTGCTCTTACTAGGCTATTCATTGCTACCTATGAGGTCAGAGTCCAGAGTCCAGGGTCAGTCCATGCATAGTCTTTAGGTAGTGGCTTAGTCCCTGGAAGCTCTGGTTGCTTGGCATTGTTGTACATATGGGGTCTCAAGCCCCTTCAAGCTTTTTCAGTCCTTTCTCTGATTCCTTCAATGGGGGTCCCGATCTCAGTTCATTGGTTTAATGATGGTATTCGCCTATGTATTTGCTATATTCTGGCTGTGTCTCTCAGGAGCGATCTACATCCAGTTTCTGTCGGCCTGCACTTCTTTGCTTCATTCATCTTATCTAGTTTGGTGGCTGTATATATATGGGCCACATGTGGGGCAGGCTCTGAGTGGGTGTTCCTTCTGCCTCTGTTCTAAACTTTGCCTCCCTATTCCCTCCAAAGGGTATTCTTGTTCCCCCTTTTGAAGAAGGAGTGAAGCATACACATTTTGGTCATCCCTCTTGAGTTTTATGTGTTCTGTGCATCTAGGATAATTCAAGCATTTGGGCTAATAGCCACTTATCAATGAGTGCATACCATGTGTGTTTTTCTGTGACTGTGTTACCTCACTCAGGATGATATTTTCCAGTTCCATCCATTTGCCTATGAATTTCATAAAGTCATTGTTTTTGATAGCTGAGTAGTACTCCATTGTGTAGATGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTGAAGGACTTTGTACTTTTGAGGTTAACCCTTTCTTTACTTCTGGAGCTGCCTGTTTTGTTTTTGTTGTTGTTTGTTTTTGCATCTAGTAATCCTGAGAATTAAGCTGTTTGTTGCATTTGCGCAGCCACACCCTGATATTGCTCCCTCTGCATCTACACTTCCCAAAGTTTCACCTACAAGAGAAAATATGCAATATTTATCTTTGCAAATTGGGCTCCCTTCATGTAAAAATGATGATTTTTTTTTGCTTCTGTCCATTTTCCTGCAAATGACATGGTTTCTTTATTTATAGTGAACAATACTCCACTGTGAATGTACACGTATACCCCCCACATAAATATACATTTTTTACTCAGTCATCTGTGGATGGGTACCCAGTTGACTCCGTTAACATGGCTCCTGTGACTAGGACTACAGTAAACATGGGCACACAAGTGTCACTACTGTAGCTGACCGTGAGTCTTTTGGATCTACACCCAGGAGAAGTATGGCTGCCTCTGCTTATCCCTACGCTTCTAAGTAGCAGGTCTACCTAGGCTCTTGTTTCAAGGAACGGAAGACACGTTTGTCTACGTGAAGGTTGCAAGATCACATTTGGGTTCTTAAGAGATACTTTCTTTTGGGAGGTTGCAATCCTTTAGGGCTTTTCTGTTTATGAGGGGCAAGCACAGCAGCTACTCTACCCCGGAGACATCGATCTGTTGGTTGCACTGATCTTCAGTGCTCTCAGCTCCTTGTCTCAGTCTGTGTTCAGCATCCATCCCGAGCTCCTGTGATGTATGTAATGCCCAGTGTGGATGAACTTAGTGCAGCCTTGTCAATACTCTTTTCTACCTCAAATACCTTTTTCCCCTTCTTGGCAATTAGGCAGCTTATTGATTTTAAGGAGAAATACATAGTCAAGAGTGAAACCATGCCAGGAACATAAGGACCCCTGTTAAAAGATGTGGAGGGGCCCAATTGTTGGAAAGTTAATGGATCGTGGTAGGCTCAGTTTGGAGCACCCAATCTTTCTCTAGCTGCTGCCTCTTGGATTAGTGGCTTTGGTGTTTCTAATTCAGCCATAATTTGCTGTGCACTTGTTCTGTGCAGGAAGGTGTCTTGAGAAGTTTTAGCTAGTTAAGGAGGGGGGCAAAGAACAAGCAGACAGCTGAGGGATACTGGGGTGGAGAAGAACTTGGGCTTGGATGTCACACAGTGGTCAAGGTTATGGTCCCTCATCTATCATCCGCTAGCTGAGTGACTGTGGGTGAGCCACCAACCTCTCTGAGACCCAGTTTCCTCAACTCTGAAGTGAGAACAACAGTCTTGCTCACTTCCTTGGGTTGTGAGTGAGTCTGGATGAAAGAATATGTAAATCCTTGGAAAATAAATGGTCTCTATATGACATCACATGAGAGAATGTCTCGAGAGTAAACTATTAAATAGGCATGGGAGTTCAGTGAAGAATCACTGAAGCTTGACCGTGCAATTGGACAGGAAAATTATGAAAGAGAGCTGATCTGGGATTGGTGGAGAAAGATAGGTGAGAGCCAAGGTGCTGGGCTGCGGAAGGGCACGCAGGCAAGAGTATTTGGAGAAGGCAGGGTCCTTAGAGCAGTTAAAATATGGTGGGCAATGGGTGAGGCTGGAAACATTTACTGGACCAGGTCTTATCTCCCTGGGAGTTGTGGGCCTGAGGACTTTCTGTGACCCTTGAAGGATCCATGTAACATACCGGTCACGGCTTTTTTTTTTTCTGACTGGCTTTGCCGACATTCTCTCTTCTTACTCCAACCTAAGATTATAGCAGAGCTTAGCAGACACTGGATGTGTGTGTCCTTGGCTTGTATCACATGAATAGTGTGATGGAACTGAGCAGAGAGTCACTTTGGAAACAGCAGTGTCGTCTATGGTTAGTAGAGTTTGATCGATTTCCCCATTATCTTGCTCGTGAGGATACAAGGAATGTGAAATAACATATGAAATGGAACCAGAACAGGGGCCAAGGACCAGGGTTCCTGGGTTCTGAGAGTGGGGAACCAGGAGTCCACAGGGGAAACTAGGACGGTGTGTCGAGAGATGGGAAACTCAAGAGCTAGTGAAGACGCATGCCACAGACGAAAGCTTTTAGAGGGAGAGCAAGCCAACGGTAGCAAACATTAAGGAGCACCCAATGAGTGGGTTAGAAAATGCTCATTCCGGGGTTACTGGTGACCAGTAGGAGGTCAATTTTATGGAGCCGTGAAGAAGGTGGATTTCATGGGAGTGATGGATGAATGAATTAAAACATATTTTCATTAATTATTCAAAAATTTTAGACATGCTTACAATGGCTGTTGACCTCAACCCCTCCCTCTAATTTCTTCCAGACCCAATGCTCCACATTTCCACCCTGTCCCTATTTCATGAGTCCTTGAGTGTCCGGCCATGCCTAGAAGACATTGTTTTGATCTGGTCATCCCCAACCTCTGGCTTATACAGTCTCTCTGATCCCTCTTCTGAGATGCTCCTGAGTCTTGAGGGAAGGGAGTGTGACAAGGCTGTCCCATTTTTGGCTGAACACTTCAGTGACACTTAGGTTTTGCATTTGAACCACCGTTCCGCTGTGAGATTGTGGTGTAGGGATACACATTAGAGGGCAGTTTGGTACTATGTCCATTCAGCATAATAACAGCAGGAGGGGATGTTTTCTTTTTTCTTTCTTCTTTTTTTAAAGGATCATTTAAGAAAAGAGACTCTTTCAACCCTCCACTAAATGTGCTTTCTTCCTTCCGTATCAAAGTTACTTCCTTCTTTACACAAACACAATTTAAATTAAAAGATTATCCAATCTGTTGCTTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTCGGAGCTGGGGACTGAACCCAGGGCCTTGGGCTTGCTAGGCAAGCGCTCTACCGCTTAGTTAAATCCCCAACCCCCAATGTTACTTTTTAACTAGTGTTTTCAAATTCCCCCACCTTTTAGTGGTCAGGAAATAATGGTCCAGAGGACAAGAGCTTTGAGCATCTGAGGGCAGCACTGTAGCTATGGCTTTTATATTTAATGTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGGTATGTATGTGTGTGGTCTGTATGTGGTATATGTGATGTGTGTGCAGTATGGTGTGTGTGTGGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGGGTGTGTTTGTGTGCGTTTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTGTGTATATATA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Seq C2 exon
GAATTGTGTCCCAACCCTCAGTTTATTGTTGGTGGAGCCACACGCACAGACATCCGCCAAGGGGGTCTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000003468:ENSRNOT00000004649:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.046 A=NA C2=0.010
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064816=Peptidase_C2=PU(11.3=43.0)
A:
NA
C2:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(34.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]