HsaINT0041852 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000116791 | CRYZ
Description
crystallin zeta [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2419]
Coordinates
chr1:74724711-74733030:-
Coord C1 exon
chr1:74732956-74733030
Coord A exon
chr1:74724835-74732955
Coord C2 exon
chr1:74724711-74724834
Length
8121 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TAATTTTTTTTCTTCCTTAGTAT
3' ss Score
8
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAAGGTGTGGCAGTCCTCATTTCTGTGGAATCTGAAGAAGCCCACGCAGATTTTAATTCCCACTCTAGATTCTG
Seq A exon
GTAAGTGGTTTTAAAAACTCTCCTTAGTTGTTTAGACAGCGAATCTCCCCACTGCTCGTCCAAGTGGAACCGAGTTTGATTTTGGCTGCACCCCTTTCCTGCCCTCTGTCCTCCCAGAGAACTAGTGCGTAGAGCTCCAGACCGAAGCCATTCCCCTCCAGGGGCTGCAAGTTCCCATCCATAAATCAGGTAGGAAGTTTTGCCTTCTGGTCCTGGGCTCCTAGCCCTGGTCCTGCGTTTAGGCTCTGAGTTTAGGCTACCACACCATGAGGTGTCCGTTGGCACTACCCCTGCCCAGCCTCCGCCCCCCGCACTCCCTGTCCCCCAGCCCCACGCTGCACCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCAGTCACCCGCTTGATTTTTCCCTGCAGCCAGTGCCTGGGTTTGGGGATTCCTGCAGCAGCGCCCAGCGGTCTGTCCAGGGCCCCTTCCCACAGCCCAGCTCTCAGCTGTAGAGGATTTGTCCTAGGTAGGGCCCCTTCCCACAGCCCAGCTGTAGGGGATTTCTTCTCCTAGGTAGGGCCCCTTCGCACAGCCCAGCTGTAGGGATTTGATTTCTTCTCCTAGGTAGGGCCCCTTCCCACAGCCCACCTGTCAGCTGTAGGGGATTTCTCCTAGGTAGGGCTCCTTCCCACAGCCCAGCTGTGGGGGATTTCTTCTCCTAGGTAGTGCCCCTTCGCACAGCCCAGCTGTAGGGGATTTGATTTCTTCTCCTAGGTAGGGCCCCTTCCCACAGCCCACCTGTCAGCTGTAGGGGATTTCTCCTAGGTAGGGCTCCTTCCCACAGCCCAGCTGTAGGGGATTTCTTCTCCTAGGTAGTGCCCCTTCGCACAGCCCAGCTGTAGGGGATTTGATTTCTTCTCCTAGGTAGGGCCCCTTCCCACAGCCCAGCTGTGGGGGATTTTTTGTCTTGGATTCCCACAATTACAGGTTTCCCGGAGCTTCCTCCAGCTTTGCCATCAGGATTGCAGTCTTTGAGAGAAATGTATAGTTTTATTGACCCTGTGACGCCCACCACCTAGAATAATCTTCAAAAGAAAATTACAAAACACCCTGTTAACACATCGTTGGATGTTTATACTGAGTTTCTAGAGGAGACTCAGTGACCAGGGAAGGTGTGTCAATGATTAAACCTAAAGGCTAAAGTTTGGAATGCTTGTCCGTAGCTAATGGAAATTGTTGTGCGAGTCCCTCTGAAGCCACTGTGATTACGTGTCTGGTTAGCGCAGCGAGTTCAGCAGCAAATCTCTCCAAGCTCTACTCCTCCAGCATTAGGGAACAGACTGCCCTGTTCCATACGATCATGGAACCTGGAGGAGTCCGAAATTATTAAACTCCTCCCCTCTTCTTACCCCGTCCTATCTCAAGTGAACAGAAGTGACCTGATAAGATCACACAGCCAGGAAGAGACTTTCTCTGACCACTTGTAATTCTTGCCTTTTTTACATTTCTGGGTTAATAATAAACCATATGCTTACATGAGTCATTGTGTATTAGCAGCAGAACAATTTGTAATGATTGATTTTTTTTCTAAGTTTTCAGTTTTTAAAATTCTTGCCAGAATTCTTATTTAATTTTACTTTTGCTCTTGTCTCATAATGTTCCTTTGCTCTGGCTTTGTGACTTGATCTGTTCATCCTATGTTAAAATATACTCCTAACATTTTCCCAATTCCTTTAATTTTCGTTTAAATCAAATGGATACAAGCATAGCCAGGAAAAAGATCACTGTTGGAAGAGGGATTTTAGATTTTCTATTTCCTAGATTTGTAAGGCATATTGGCAACCTTTCAGAGGTAAAATTAAACCAAAAATTAAACCAAGGGACTCTTAATTTTTAAAAGTTTATATTTGATAAACAGGAAGGCCTATTTGAAGTATAGTTTAATTAAAAAGCACAAGCAATGGAAAGGCCTGTCCTGTTCACAAGGATCCGATGCTAGGGAGTAATTTTTTTTTATACATTTTTAAAAATAGAATCATGTCCTTTGTATTTCTGCTGCATTCCCTGACTTAGTGGGCATTTGAGAAATTTCAAACTCTAAGCAGATGCCTTAGTCATAAAATATGCGATTCTACCTGCAGGTTAGTTTGATTTCACATTTTCTAGCTCAATCTGTCTCACTATCACTATTGTAAAGTTTATTTCTACGAAGTAAAGGGTCTTATATGCCAGCATCTCAAAGGGTGAGATGAAAAGGATGGTAAAGAAAAAAATCAGCTAACACCATTTAATTACAGGACTTGGGTTCTAGCTTTGCTTCTGTGTGACCCTGACCAAGTCTCTTAACCTCTTGTGATGTTTTCTCATCCATAAAATGGATGGCGATTTTATTTTTACTTCTGCATAAAATAATAGTTTAAATAACTTCTCTACCTGTTCTGAAAACAGTTAAGTCAATGGAGGTGGAAGACTTATGCTTTTTAGAAGAAATCCGGTATTACAGGATTTTAAGTATTATCCTATTTGCCATCAGTATGCCACGTTATTTTATTCTTTGTGTAATCTCCTTTGACAGGCTTCATCGTTATGAAGCATATGATGATCCCGTGGATAGGTGAGTTCAAAGGCAATGAGTGCAGGTTGGAGCCTGATGAATCAGAATGCTAAAGGCTCAGTGGGAGATAAGATCAACAGAAGCAAAGTAGGAGATAGTGTGGTCAGGCCATGCCCCATCACTTTCAAGCCTGATAGGATAATGTAGTCAGATAGTACTGGGCAAAGCAGATGAGTCTTCCAAATCCAGTAGGATGAGTCATCTTCCTTTATTCCTTTCTCCCAACTTAGCCAATGCCAAAATGTGGGGGGGGAAAGATACAGATCCTATTTCAGAGTAATTTTACTTTTATTATTACAACAGTTTTTTTATGGTAATCATGAGATGTGAGTGAAAGAAATATGTAGGAAGTAGGTAGATATCGAAAATGGAAAAAGCAAGCATCTCATAGGCTATGTGTGTAGGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGCACCCAGCTTACAGAAGCTAGGGGCAGGGTGGGGCATTTTCTTCTTGCTCTTTGTGTTCTCTGAGTTTAACACACCACTTCATGTACAGTTAAGGTTCAGAAAAATACGCATTGCATAACAACCAATATTTAGTATTAATGTTTTGTTTAAGTCATCTTCTAGACCGAATTCTTTGAGAATAAGAGCTTGTTTTGATAACCAGAGTTCTGTAAATATCGTTATATTAAAGATGATTATAGAACTATAGAGTATATTTTTTTCATAACATTTTAATGACTTCTCTAGTCTGCTGCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGGTGCAGTGGCAGGATCATGGCTCACTGCATCCTGATCTCCTGGGCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTTCTGAGTAGCTGGGACCACTGGTGCTTGCCACCACACCTAGATAATTTTTTTTTTTTTTTTTGTAGAGATGGCATTTCGCCATGTTGCCAAGGCTGGCCTTGATCTCCTAGGCTCAGGCAATCCTTATGATTCAGAAATTGAAAAGAAGAATAGAGGGGAAAACAATAATGATGTCTACTATATACAAGATCATGTGTTTGCTAAGTTCTGTGCTTGGTGCTTGCCACGTCTCTAGCACGTAACTCTGAGTGGGATCCCAGATTTCAGATGAGGAAACAGCATCAAGAGGTTGACTGCCTTGCCCAAGGCCATGTGGCTCCCACATGATAGAGCTGGGACTCACACCTCGAGCTGCATATTCCAAAACCTGCTCTTTCCGTAACGTCATGTTGAAAAAAAAAAAAACAAAACAAAAACAACCTCTATGTTCTTATATCCACCATGGAAAATTCTCATCTGGGCTACCTTTTTCTTTTTTATTTTCTTGATACTTTCACTTTCTTGTCTAAGGAATTCTGAGCTAGAGTGAAGACCTGAATGGAAGTAGAGTGGTGAGATTGCTGAGTAGGACTGGACTGTTTTTTTCCCAGCCCTGCCCTCTGACAGATCATCTCCCCGTCAGAGACTGCCAAGCTGTTCTAAAGTGCAGTGTTTATGCCGTAGGCCTGCTTCTGCCTCTGTTTTTCCCCGAGGACCACCCTTGAGGATATGTCATTGCTAAACAACCTTTGGAAATGTCACTTTCTCCTTTGTGCTAGACATTGTTAAATCCTTTTAAGGGTTTTAAAATGGCACAAACTTTTGATTAATTATATCAAGAACTTCCCATCAATAACACTACCAAAATACTTATGATTCCACCCCTTGCCCCAGCTGCTGTATGTGGAAATGTGGAATGACATTTTATAGCCTGTATGGGCTCTGTTCTGAGTAGTCCTGTGTGGAGTTTTGATACAGTAAAAGTCTGAATTCTTTCATATCAGGTCCTGGTTTCTGCAGCTCTTCTTAATGTTTAAGCTTCTTGTGGTTGAGGCAGATGTTTTAGGTGATGGCAGAATCTAACACTATTTGGTTGATTTCAAGAAATTATAACCCACAGATAAAATTATGGGGATATAGTCAAAACCTTTCATTACATCTTTACAGGTACAAAAATTTTTCTAAGATTATATAACTTTCTGTACAAATGTTCTTTGCTTTTTTCTAGGTTATTTGAACTCTGAGTTTTCATTTCCTTTGGTATTAACAGTGATAGGACAGAAAGGTTAGCTGTGACCTTGTAATTTATAAAAGATTGCATATGGTGCACTGTTTTTAGTTTTTTGATGTTTTTCCCCTTTTGTTAAAATGAATGAACTACATAAAGCCAAGTGTTTTGACATTGATAAATCTCAAAAACTTAATGCTGAAAGGAAATAGCGAATTGTAGAATTCTTTTTCAAATCAGAATTTTCTTTTTCCTTTCAGCACTAAGTTTCTGAGATTTTTATATTCCCTAAACTGTGTAAATAAAGTTTGAAAACATGCAAAACAATAACACATATTGTTTAATATTACATACTCATGTAGAAGTGGTATTAAATG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Seq C2 exon
TATCTAGATCACCATGGCGACTGGACAGAAGTTGATGAGAGCTGTTAGAGTTTTTGAATTTGGTGGGCCAGAAGTCCTGAAATTGCGATCAGATATTGCAGTACCGATTCCAAAAGACCATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000116791:ENST00000340866:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF082407=ADH_N=PU(2.1=5.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development