RnoINT0042401 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000028319 | Cryz
Description
crystallin zeta [Source:RGD Symbol;Acc:1311639]
Coordinates
chr2:260884337-260891159:+
Coord C1 exon
chr2:260884337-260884403
Coord A exon
chr2:260884404-260891042
Coord C2 exon
chr2:260891043-260891159
Length
6639 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
TCATTTGTCTTGGCCTCTAGATC
3' ss Score
9.54
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCCGCCCATCTCTTTTCCTAAGGAACTTCTGGAGTTTAGGAGGTTTGATTCCTACTGTAGAGGAGG
Seq A exon
GTAAGTCGCCCGAGACCACAAACAAGCTTTTAGTCTTGATTGCGGGGAGGCTTTTCTTTTCTTTTCTGTTCTTTTCTTTCAAGTACTAGACTCCAGGAGATCTGCCCGAGATGTGTAGGGCAGGCGACCTGGTCGTTCAGACTGGGATTACTGCCTGCTGATGCCTGGGGATTCCTGCCTCCCTAAGTCACTCGTGCCCCAACTCTGGGTTCACAACAACCCAGGTGCAGGTAGAGGAACTCCATGCTCTGGCCTCCAGTGTGTCTGCAGAGGGCATTGTTATTTATTTATTTTTTTTAGACTTAGTGTCACCCACCTACAAAAGTAGTCTTCAAAAGAAAAAAGAGGGACAGAGAGTTAGAAAAACCTAATACTTTGTTAACTACATCTTGCTCATTTACAAAGCCTACAGTTCCTGCTGCAGTCCGGTGACCAGAAAAGACCTGTTAATGATTGAAAGTGCAAAGGCCACTGTGTGGACTTCTTGTCCGCTTTGAACTCGCTGCTGGCTCCTGCCCTAAGGAACGCAGCAAGCAGCAGCGTTCACTCTACGCTCCATTCTCCCTGGAGCGGGGCCTGCTCTAACCATGAAGTTCACTCTTCACTCGCATTCTCCGTGGAGCGGGGCCTGCTGTAACCATGAAAAGCTGCAGGGGTACGGGGTGATCTCTGTGAAAGCAAGACTGACCGTGACATCATCCTATAGCCAGAAGACCTGTATGAACAATTTAATTTTCATCGTTTATTTGTGTTTCCAAGTTAATAGTAAGCCGCAAGCTTTAGGCCAACCTGGTCTATGAACTGAGTTCTGGGTTAGCCTGAAATACAGAAAGAGATGCTCCAAAGTGGCAGGAAGCTCCTCCTTGTCCAGTGTGAGACCATGTGTAATGATAAAGTTTACTCTGTTGTAGTCAATCCCCACAAGTAGCCTATGCTAGACAACTTATACCATCAGGGTAGATTAGCTTTCCCTGAACCATCAAGGTAGATTAGTTTTCCCTAAACCATCAGGGTAGATTAGCTTTCCCTGAACCATCAGGGTAGATTAGTTTTCCCTGAACCATCAAGATAGATTATATTCCCCTGTACCATTAGGGTAGATTAGCTTTTCCTGTAGAGCCGTATATCTTGTGATTCTATTTCCCAATTTATAGGCATTTGAAGAATACCCAAGTAGATGTCTTAATTAGAAAATATGTACCCCAGCCTGTGGCTTGGTGACATTTCATACCCAGTTTCTCATACATTCCAGAACTCATTTCAGAGAGATGGACAATCGATGCCAACATTTCCAAAAATGAAGTTGTAAGATTATAAGCTGAGGAAAACAAAATCAGCCTACATTTAAGGCACTGAACTTGGGTTCTAACCCTGCTGTGACCTCTGTGACCTCTGCCAGGGTTTCTGAACCTCTTCTAATGTCTTCCGATTCATAAAAGGAAACTTGGCTTTTTAGCTCTGCATAAGGTAACCGTTTCAGCAACTTTTCACTTTTGCCTATTGTGAAGATAATTAAATGAATGGAGATTTTAAAAACTAGACTTTTAAGGAGAAGCAGGATATTATGAAGGCTTAAGGGTTTTCATAGTTGCTATTAGTATATCATGTTATTTTATTCTTGGGATTCCTGTCAGGAGCCCTCTAGGAAAGGCCGAGAGAGACTAGCAGGTGTCCTTCCTGGAGGCTTGCGATGGGTGAGCTCTGAGAGGCAAGATCCCAAGAGACTTCACCTCAGGGTTGCTTCTGCAGCTGATGTGCCTTTCCTGTCCTAATCTAACGACTGCTGGGCATCAGCCCACCCTATCGAGCAGATTTTTTACTGATCAACATAAAGACGAACTTTCATGAGTTAATGTCGTTGAAATGAATTGATGATTTCATAGAATTCCTGATTTGATTCAAATCATTTTAGGAAGAAAGTTTTAAGATGGTTTTAGTTGTTTTGCTAGGAAGATGTAATAAAGTTAGAATCAAGAATAGAATGGGCCCACTCCTCAAATAGTAAAAGCCTCATAATAAGTAATGCAATGTGCGTTCATAATTACACTAAAAAGAAATAGGCTTGGGACAAATTTGTGCTCAAGGAAAAACACTCAGGTCCAAGAATGAAGCCACAGGTGTGCGCTATGATAAGGCAAGGGCATGGGAAAACTGATGCTTTGAATTTAAGAGCTTACAGTTTGAGATACTGTTTGAAATTGTTACTGATACCTTTCCATAGTTCCCCTTTTATGTGGCATTTTGTCTATGAGGTAATTCTCTCTTAGAGAACTTTTTGTCTGAAAGTATAAATAGGCTGACAGGTGGCTCAGCATACATGTTTCCTGGTGTGTGTGCTGGGTGTGTGTGCTGTCTGTGTGAGGGACTCCTTTCCTTTTCTTCTCTCTGGTTCAAAAAGAGTTAACAAGCTTCAAGACTCTTGCCTGGCCAACAAGGGACTCCTGGCTGACTCTTCAGCAGAAGGAGCTCTAACAATAAATCCTTTTACTTAAATCTGAACTTAATTACTGGACAGTATGCATTAATCCACCAGAAACTGAGTTAGAGAGTTAGGGAGCTTATTAAAGAATATTAAGAAGAGTTGTTTTCTTAGCGTTTGTTTAAGCCCAGAACAACAACAAACAGATAAGTTTCTGAGCACTTATTTAAGCACGAAGGATTAAGTTTCACCAGTGCAGAGTTAAAGAGAAAAGAAGCCCGTTGGAGACAAGCTCCTTTCTGGTTTCTCTCTTGAAGGTAGCTGAGAGGGAAGAGTGTCCGTGGGGGCAAGACTTGGTCTTGCAAGTTATTTAGGATAGTCTTTATTATAATAAAATGTTTACCTATCCCAAGTCTAAGTCACTTTCCTATGGTAGCTGACCTGCCAGTCTGAGTTCTTCTTAGGCCAGAAAACTTCAAGTCTTTGGCCTTTAGCACAGCAGGGGATTAAGTGAAGCAGCCTTTGTCCTCTCTCTGGAGGAACTGCTGCTCTAACTCTGCTAGTTGAAGTCTCAGGAAGAAAAGGGGACGCTTTGACAAGTGATTTTAGCCTGTATTTCTAGGTTCTTCTCTTGCTCTCTAAAACCTTTTCCAAAGAAGTTTTCTCTGAAAAAAGATTTCCTAATTTTGCTCTCTCCTCCTGCTCTGATGTAACAATGGCCTTGCTCTCGCTACAATGTAATCTTTCCTAGTCTTTTGTGCATTTTCTAGGAGAATTGATCACATGGTCATTCCAAGCGTCTCTTTAAAAAAAATAAATAATAAAAGTTCACTAGAAGTTCAAACATAGATTCAAATCATAAATTGAACAAGAAGTTTACAACAGAGAATGTTTACATACATAGCCATTAAGAGTAATTATCTGGCTAAACATTAGCTGTCCTAGCTCTACAGGTTCACGGGGAGTTAAAGACCATAACTAAGTTATCACTGAGGTTTTGTATAGATAAACCCAGTCAATATGTTATCTTCTGTCCACCTATAATAAATCATTGGTTCCCTTTTTATGACCCTTTGATTGTTTCACAGTCTCTTGGAATGTGCTCTACGTTGTAAATGCCTGCTTTCTATCTCAGAAGCAATTAGCTTGAAGACTGGCAGAGTCCTCATTGCAGTTTTGATATCAGAAAGGACTTAATAGCAGTCCTATTATGAAAGGTCTTAATAATTACTAATATAATTTTAGGAATTCTTATAGGATCATCATTAAGAATTAAGGAATCATCTGCTTGTCTATATAGCATCACTACAAGACACTACATCTTCGCTGATCTGCAGAAGTCGGCTCAAAAGATAAGCTAATACCTAGTGATTGTTATATATATTTAATAATAACAGGCAAGCATATTGATAGCAGGAATCTTTCCTCAAATGTAGTCTCGGCCTTGCCTAAAGGAGTGAATCCATCATGGCTTTACAGTCTATGGTGGCACCATCTCAGGAAGATCACCTGCTAGTTTTTAGCTTCTCCTAGATGGTTCCTGGCAGAGGCCAGTGGTTTTCAGCCACAGAATAAGCAAGAAAGTGTGAAGTTTCCAGAAGCTCTCAGCTTTTAGCCCTCAGTACAGGTAGAGTCACAAGGCCAGAGATCATCAGGCTTTTGACTTTTGTCCAGTCCAACTCCGTGTGTTCTCCCTCAGCTCCAAACCCCCAAAGGCTGGGGCTGGCCCCCCGCAGACTCCCTTTGATACAGCGCCAGTGTTATGAAGCAGGTAATGATACTGCGATTGAGTACAGAGGTAATGAGTGCAGGCTGGAGCAGTCAGAATGCAAAGGCTCCGTGGGGAATTAGATGAAGAGAAGCCAAGGGTGACTGCCATGGTCAGGACCCTTCTTTGCAGTATCATGATAAAGCCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGGGGATTAGGGGGCGGGAGAGCTGATCTCCTAGACCCAGAACAGAGTGAAGAGAAGTCTCACCCTTCTTCCCCTCTCTCCCTTCTCTTCTTCTGCACCCCCTTCAGAACATAAGAAAAATAAATGAGTTAGCAACAAGGTACAGGCCCTGCTTTAGAACAGCATTGATTTTATGATTTCAATAATCTTTTGAGGCTAATGACAATGTCTGCTGGACAGACAGATATGTACGGTAAATAGATAAGGAGGCAGTAAACAGAAACAGAAAGTGGAAAAAACCAGAGTGAGGTAGTGCATGCCTGTGATCACAGCATCAAAGGTGCAGAGGCTGCATGACTGTGAGTTGGAGGTCAGAATTCGCTTCACAGTGTGTTCAAGGCCAACTTGATCCGCATAGCCAGACCCTGTCTTAAAAGAGCCCAAGTCAGGATGTAGAGACCTGTTGTAGATGCTTAGCATGCTAGGGGATCTATATGCTCGATACAGCATAGCAATGCAAGAAAACAAAGAAAAAAAGAAATGAAGAGTTAAATATCTCGTTGTGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATGTATGTGTACAGTTCATAGCAGC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Seq C2 exon
ATCACCATGGCAACTGGACAGAAGTTGATGAGGGCTATTCGAGTGTTTGAATTTGGTGGACCGGAAGTGCTGAAGCTCCAGTCTGATGTGGTAGTTCCTGCTCCACAGAGCCATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000028319:ENSRNOT00000032808:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF082407=ADH_N=PU(1.9=5.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]