HsaINT0065324 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000137942 | FNBP1L
Description
formin binding protein 1-like [Source:HGNC Symbol;Acc:20851]
Coordinates
chr1:93913688-93965140:+
Coord C1 exon
chr1:93913688-93913862
Coord A exon
chr1:93913863-93965024
Coord C2 exon
chr1:93965025-93965140
Length
51162 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGT
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
TTTTTATCTTCCTTTTCCAGGAT
3' ss Score
12.89
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GATCAGTTCGACAGCTTAGACAAGCATACACAATGGGGAATTGACTTCTTGGAAAGATATGCCAAATTTGTTAAAGAGAGGATAGAAATTGAACAGAACTATGCGAAACAATTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137942-FNBP1L:NM_001024948:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061118=FCH=PU(7.5=87.5)
A:
NA
C2:
PF0061118=FCH=FE(45.8=100),PF049318=DNA_pol_phi=FE(35.8=100),PF0765111=ANTH=FE(38.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)