MmuINT0065311 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039735 | Fnbp1l
Description
formin binding protein 1-like [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925642]
Coordinates
chr3:122293046-122322585:-
Coord C1 exon
chr3:122322448-122322585
Coord A exon
chr3:122293162-122322447
Coord C2 exon
chr3:122293046-122293161
Length
29286 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGT
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
TTCTTGCTTTCATTTTCTAGGAT
3' ss Score
11.63
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGAACCCGGTGGTGGTGGCGGCAGCTTTCGAGGCAGACGCTGAGGAGGGGAAAGTCGGGACGAGAGAGGACAGCGGGAGCAGCCGGCCGGCGCCAGTCGCCTCAGGTTCCGCCATGAGCTGGGGCACCGAGCTGTGG
Seq A exon
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061118=FCH=PU(7.5=87.5)
A:
NA
C2:
PF0061118=FCH=FE(48.1=100),PF115563=EBA-175_VI=PU(33.3=46.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: