RnoINT0061833 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000013798 | Fnbp1l
Description
formin binding protein 1-like [Source:RGD Symbol;Acc:1305386]
Coordinates
chr2:226741966-226779266:-
Coord C1 exon
chr2:226779243-226779266
Coord A exon
chr2:226742082-226779242
Coord C2 exon
chr2:226741966-226742081
Length
37161 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGT
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
TTCTTGCTTTTCTTTTCTAGGAT
3' ss Score
12.69
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAGCTGGGGCACCGAGCTGTGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
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C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]