MmuINT0065311 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039735 | Fnbp1l
Description
formin binding protein 1-like [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925642]
Coordinates
chr3:122590128-122619715:-
Coord C1 exon
chr3:122619530-122619715
Coord A exon
chr3:122590244-122619529
Coord C2 exon
chr3:122590128-122590243
Length
29286 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGT
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
TTCTTGCTTTCATTTTCTAGGAT
3' ss Score
11.63
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061118=FCH=PU(14.6=87.5)
A:
NA
C2:
PF0061118=FCH=FE(40.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types