Special

HsaINT0065324 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000137942 | FNBP1L
Description
formin binding protein 1 like [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20851]
Coordinates
chr1:93448282-93499583:+
Coord C1 exon
chr1:93448282-93448305
Coord A exon
chr1:93448306-93499467
Coord C2 exon
chr1:93499468-93499583
Length
51162 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGT
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
TTTTTATCTTCCTTTTCCAGGAT
3' ss Score
12.89
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAGCTGGGGCACGGAGCTGTGG
Seq A exon
GTGAGTCGGGGAGAGGGGCGCCCCGCACGGACCCCGGCCCCTGAGAAGCGCGGGTTGGGCGGGCGCCGCGGACCCTCGGCGGTGAAAGCGCGCTCCGCCGTCCTCGGTCCGGCGCTGGCGGAGGGTGAGGGTCCCGCTCGTCTTTGTGTGCAGACTCCTCTTCCCTTCTCGGCCGGGGGTCTAGGGGGCCGCTAGTCCGTGCTCCCGCCTTTGCCGCCGTGGTGCAGCTCGGGCGGCGCCCGGGACGGCCGGGGGAGCAGCCCGCGGGCTCCTGCGTGCGCCGTGATCCCCTCTTGTTCCTTCTCCCTCCTCCACCTTCACTTTTCCCGACGCCTGGCTTCGCGCCCGGCGGCTCCTCTCTTCCTTTGTATCTCTCCTCCCGGAGGCGGGGGAGGGGGCCCATTGTCCCCAAGGGGCGCTGTTCGAGGGCGGGGAGGGGACCGGCCGCGATTCCTCGCCCGGGCCAGGTCCGCGGGGCTAGGGCGTCGCCCGTCTGGGGCGGCGCCGCCCAGAGCCCTCGCCCCAGGTATGGGGACCCAGGCGGCTTTGTTCGGAGCCCGGCCTCGGGCCAGCCAGGCCCAGCCCACACGCACATTTCTCTCTCCCTGCCTCAGTGCTTCGGGCGGGCACAGCTTCGAGGGACTCCGGTTTGGCCACCCCCGGCTGCAGCCTTTGGGCTGGTGGGTTGGTTTTGGGGGCTGAATTAAATCGAGTGATCGATGAGGAAGCTAATTTTACCAAAAGGAGCGTACGGTCTCCCTGTTGCTTTACTTCCCTTTCCGTTCTTTATTCTCACTTGTTCTTTCTCCTTCGTTCTCTCCTTTCCTTTCCTCCTTGCCTTTCTTTGGCACAGGAGGCTCCAGACAATGCCCAGTGTCTGGCCAAGGTACGGGCGGAGGGTAATAGGTCGGAGAATTTGCTCCTGGCGCCGGCGCGGAAGGGTCGAGGTGTGGAGGGCAGTGATTTCTCAGGTGCGGAGGGCAGTGATTTCTCAGGTGCGGCCGGGAGAACTGGGGGCGTGGGGGCGCTGTCCCGAGAGCCGCCTGGCCTCAGCCACTCCCCTTTTTATTCCACCTGTGCCTGTTTTCCGTGCCTTTTGTTCGCGAGGATCTCGTGAAATCACTGCAGAGAAAGGGGAGAAATAACTTTTGAGTATGTGTGTGCCCAGCTAGGGTGGGAGTGAAAGCCAATGGGTTAATTGAAAGGCAAAATGTTTTCTTATTTTTCACGTCTACTCATAGATTGGGAATCTTAGAACTGTGAGACTTTAGAGTCCATCTAGTGAATGCTTTACTTAGCCAGCCAGGAATCTCTTGTGCAACATTCTGTACAAGTGCTTACCCAGTCTGAAAACACACCACCCAAGAGAAAATACCTTAGGAGCCCCTTCATTCCGTTTCTTAGATAGCATTAATTGTTCTTATATTGGGGAGGATTGCATGGTAAATGAATTACATAAAGTTTAATTCTTTTACATTGGTTAGTTTCTCAGGCATTATTGGCCTTTTTCCCTTACACTTTGTGCATTCTATAATTGATTATAGTGAATTATCAATGAAAGGAAATGGGTATAGTTTTATTTTAAATTTTTAAATTTTTTATTTTTTTCATGCCTACCAGAGTGCATTCATTCGTTTTTATAATTACAAAATATTTTAACTTTTGCCTACTTAAATGACTTGTGCTTCAAAGGAAACTAAAATGTAAGTAGAATACTTCTAAAAAGTAAACATAGGAAAACAGTGGAGGCATGTTATTTAGATTTAACTCTTAAGATTTTTAAAAAATTCACTTTGTATCACACTAAAGAATAACAGTTTTAAGGAAAAACATTTTAGTGAATAATAAAATGTGATTTTAAAAGTTTTTTTTTTAAACTTATGGTACTACCTAAGGAAACGATTCCATTCCTCTACTGTCTCCTATAATTTGGTTACTTTCAGCATTTAAAGAGTTTCTCAGCAATCTGAAAAGATAAACTGTAGAAGAGATGGGAATTTTTGTTCTAACTAAAATTTGCTTTGTGTCCTTTGGAAATTCTGAAAAAGATTTTTAATTTTTCTCAACATTTAATACATCTCCATATTTTAAGATTTTTAGTTTGAGGATTTGAGGGAAACATTTATTAGAAACTAAGTAATGTAGAGTGAACTAATATCAACTTGGTGTCTGAAACTTAGATAAGCAGAACTTGGTGTAGAGGACTATTGTTGGGACTAGAAGAAACCTTAGAAAAATTTGAGTATGCTTCCTCTTTTTACTGTTCTCAGTTTTGAAAAAGGATTATACTTCTAATGGATTGTAATGTAATACAAACAACCTGTACTGTGCTCTTGCCATTGAGGAATTTGAGGTTGGGAAATTCTCTCGAAATTTTGGATTTAGAAACCAGTTCTCCTATTATTTCATATTTAGAATCACATTACTGTCCCAAAGAGTTAATTATTGAGAATATGTTGTTACAGAAAAATGATATGTAGCCATGCACTTAAACCTGAGTCTGTTTCTTGTAACAATCATTGGAATTTTTATTGCTATTTTAATGCTTCTTAAGTCTTATGTTAAATTTGAGAAAAAAAGGAATTCAATAGAACGGCTCTAATACTGACTTTGGGGGACTTTTGTAGTGATGTGCTGAGTGGATCGTGTCAGACTTTGGTTGCGTAGTTGTTAGGGGATATGAATTAACTTGTAATAAATTTGAGCTGTGCTTACAGGGATTTCTAGTGTTCCAAATGAGTAAATAAGTTAGTGAATATATACTACAGTCACAGTTTTGCATTGTATTCTGGGTAATACCAAGGAAAGAGATGATACTGTCTTCACTTCTTCAGGATGCGTGGTAACATCTTAGGCATTGCTTATTGTGTTCATTTCTTTATTACATAGCAAGAATGGATGGATCAGATAGCCAAATATGAATTAATAATTTCACAAAGCACAGATTTTGAAATTACTAGCTTTTTTTTAACAGATAGGGACATTAGAGATTGGAAAAGACCTATGTTTAGTAAATAAGTTTTACTTATTAAGAAATAGGTTTTTAGTTTTTGAGGACCTAGTTAAAGTTCGACAGAAAAAATCTGTGTATGGGTTGTGAATGTGTGTATAAATATGAAAAAAATATATGGCTGAGCACCTCACATTCATATGATTTACTGAAAAATTTGCTACCCAAGGAAAATGCTGGACAAGTCTGGTAGTTAGAAGATGGATTCAAATATCTGATTTAATTTATAAGTGCATATAAATCTTTTTTATGCCTTAATTTCTTGGTCGATATAATCTTTGGCCCTTAGTTTAAGAATGTGTAATTTAAAAGCCATTGTTATTTTCATCATATTATTTATATTATTATTATTTTTGAGATGGAGTCTCTTCTGTTGCCTAGCCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGGTCACTGCAACCTCAGCCTCCCTGGTTCAAGCCATTCTCCCACCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGATTTCAGGTGCACACCACCATGCCCGACTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAAACAGGTTTTCACCACGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACATTGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCTCAAAGTGCTGGGTTTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCGGTCTTCATCATATTATTAACTAAATGCATTTGACAAAGCTTATATCTTTTTGGAAGAAACTGAAAAATGTGGGTTGAGTGATAGATTAGGTGGATAATTTATGTATTATCCTCAGTGTTAACCTTTTAATACTTTATTATCTTGGCTTCATAACACTTTATATAGCACTTAAATTTACATTGTAAGTGACTAGATTGTCCTTGAGTGTAGAAAGGCTGGATTCATCTTTGTTTTCACTGACCAAGACAATGCTTGTAGGTGATCATGCATGTTTTGCCCAATTGCATTAATAGTTGATTGCATTACCCAGAGTATTGATTACTAATTAGCAAGTGTATCTTTAGGGTTCTGAAGGCCTTTGTAGATGGTGATAGGTTAGGTGATCTGGATAACAGCTCAAGAAAGTCTAAAGCTGAAACCAAAATTATAAAGTTAAGTTTTACTACTTGGGTTAAACATTTTTGTCAAGTAAAATGGTAAAAGGATGGGGAAGAAAAGACCTACAGGTAATTTCTGGTGAATTTACTTGATTGATAGCTTGGTAATGTGACTGCCTAAATAATTGGTGAAATCTTAGGCCACATTAATAGATTTATCTGTAACAAAGGAATTGGGTCTCATAGTCTACTGGTTAGACCATATCTGTAATATATATGTATATTTTTAGAGATGGGGTCTTGCTATATTCTCAGGCCAGTCTTGAACTCTGTGCTCCACAATCGTCCTTCCTTAAGCTCTCAAGAAGCTGGGACTGTCTATAATATTGACTTTAATTTTACTTCACATTTTTTGGAGGGTGCTTGTCTAGAGGAGGTTGACAAAGAAAATTCATTATTAATGTAAACTGAATTGCTTCTCCAAAAGTAAATGAAAGGCCGTGAAACTGCTGTAGGAATTCAGTTTTGTTTTAAAAATACAATAATTTTGTGTCTATTATTTGGGAAGCACTGTTATGTTTGGTGAGATTTATGAAGGCTTATGATATTGGCCCTGCCCTGACAAAAGGTAGAGTTGCTTTGAGATGATATAACTTTACTGTAAACTCCAAAATACTTCCCTACATTGATACCACTGCCCAGAATGCCCTCTGTTGACCAATTCCTATCAACCCCATGCCTCCAGACTACCCATTCTGGATATTGTCTTATGGGACTACCACCTTATATTACGGTTATTATAGTTATTTCTTGTGTATTCAAATCTTAGGGAAATTGTCATGGTATAAATACTTAAATATCTTACATTCCCTTTTGTTGGTAGAAATTGTTGTGTTCAACATTGTATTACAGACGTTATTGCTATTAGTTAAGGAGGATGAGTGAGAGGTATCAAGATATCTGTTTATGTCACCATTCCATA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Seq C2 exon
GATCAGTTCGACAGCTTAGACAAGCATACACAATGGGGAATTGACTTCTTGGAAAGATATGCCAAATTTGTTAAAGAGAGGATAGAAATTGAACAGAACTATGCGAAACAATTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137942:ENST00000370253:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0061118=FCH=PU(7.5=87.5)
A:
NA
C2:
PF0061118=FCH=FE(40.9=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development