HsaINT0082515 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000091409 | ITGA6
Description
integrin, alpha 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:6142]
Coordinates
chr2:173366500-173371181:+
Coord C1 exon
chr2:173366500-173366629
Coord A exon
chr2:173366630-173368818
Coord C2 exon
chr2:173368819-173371181
Length
2189 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAATT
5' ss Score
5.73
3' ss Seq
TCTCTTTCCCTCTTCTCTAGTGT
3' ss Score
10.25
Exon sequences
Seq C1 exon
TGTGGTTTCTTCAAGAGAAATAAGAAAGATCATTATGATGCCACATATCACAAGGCTGAGATCCATGCTCAGCCATCTGATAAAGAGAGGCTTACTTCTGATGCATAGTATTGATCTACTTCTGTAATTG
Seq A exon
GTAATTGATCAATGTTTTTTAATTGCTAGCTGTGGGACCCGCTATGGTTGTGGTGGCTAACTTTAAGAACAACAGCTTGCTATGTGTGTCCCATTAACAGATGTTTCCAAATGTCCACACTGGCTTGCCTTGCTTGGATTTGTTTTATTTTATTTCACTTGAAAGCTCAGTTTTTGTTTTTTTTAATGCACAGTCTTTCGTTGCAGGTGAGTTATTTTATGTTCTTGTTAAATATCTACCACAGCAATGAAGAAAATTTGCAATATTTGTACACACAAAAAGAGACTTTTAGCCCTCCATAGTAGCCCAGTTTGCAATGTGTTATTAATTCGGTATGTAGCATTCCACTAGGGAATTCAAAGATGCATAAGAAATCATTCTAGATTTCTTGTCCATTTTGGAATTTTCCACAGATAGAAGCTGTGTCGACCGCCTAATTAACCTGTTGCATGTTGGAAATGTTGTGTTTCTCTTGGTGAGGCTTCCTCACTGTCATCTTTTTGTTCTCTTTGCTATAAAGTGATGGGGAAGGCTTGGAATGCTTTTTACTGTTGCTCAGGAATCGTTTTATGCTAGCTAAGCATGCAACTTCCATTTCCTGCATGTCTCCTACAGGTCAAAGACCATTACAACAAACTGATTATCAGCATGATGGGCTTTTATGGCCAACTTCAGAAGATGATCCCTTACCAAAGTTACCTTCCATCTACAAAATTCTAGTACAAAAAATACCCTGAACAGTTTTTATTGCAATATGTTGTGATGGAGTTTGACCATATTTCATGTATCCAGAGATTTTATCCAACCTTGGATCTCAGTTGATTTTAAATTCAAGTTTCTCTTATTTGGAAATACATGGAAATAGGAATTGCTAGTGATCCCTTTCACCATTTACGTGGGCATGAGAGGACAGAATTACTCCTGTAATCCTTTCCATGGCACTATCACAGTGAATCACAACATTGCCATTCAGCTTTACATATTACCCTTAATTTCCCTCTTTGTTTAAATGGGGTAGACAGCAGTCATATTTTGTAATAGATAGGTACTTTGGCTTTTTTTTCTTTTTTTTTGCACAGAATAATAAATGAATCCATGTAGAAATGACCTGGAACAAAACATCTTGGTCCATTTTGCCTATTGATTTAGTGATAACTATACATATAATTTTATCTTGCTCCATGGCATTTTTATAACATAACATCATTCAACATAAATGTCCTGTTACTATTGACGTCACACAATAAACACATTAACAGTTCTATCAATATCCTCATTCTTCTAAACTGCATTTTAAAGTTGAAAACACCTTTTTTTAAAAAAAGTAAATATATTTCATTTAAAAATTTAATCTCAATTCAAATTTTTTCAGATATATTCTCAGTAAAAATATACTTTGGATCAGATTGACTATTTAAATGAATTTTATATATATATATAAACACACACATTAACAGTTTAAAGGTAAATGTATTTTTGCAAAAGAAGAGAAATTAGGGAGTGCTCTGAAATTCAGTGTAGTGATGCACTTCTGAAGTCCTATGCAGCACATGATTTTTATTGCAGGAAACAGTTACTATGTGATTAATGAAATAGCTTAATTAGAAGCACAATAGCAAATCCAGGCAACATAAATGACCTCCTGGCTAATGAGAGAAGTGATATGTGTACTAGAGCCTCAGAGGAGAGAAAAAGATTATAAAGTTGACCTGTTGGAACACTGGCATATTCAAATAGTAATTTGTAAAATACTTGTGACATGATTTGCATTTTATTAGTGGGAAAGGGGCATGAAATAATCTTTGGTTTATGCCATTTAAAAATTATTCTTAATCTAATCTGATAATCAGATATTTTACATATCATATTGTGATTATTTTTAAATATGGAAGCACTGTTTTCATAAACTCTTAAATTGTTAGTAAAGAGGTAGCCTACATTTGTTATAAAATGTAAAGAGAAGATGAAAATGGACTTTTCTTCCAGTTTTACAGCTGTTCTCTTCCGTTGATCCCCACTGGCTCTTCTTTCATTTCAGCCTCTTGGTTCTTTCTTAAAAGAAAACCATGTCTTTTTCCCCTTAGTCCAGAGGTAGACATAGCTGAACAGAAAGCTTAGACATTCCCATTTAGTGTATTTGCTTCTTTGTGAGATTAATTTGTTTCTCTTTCTCTTTCCCTCTTCTCTAG
Seq C2 exon
TGTGGATTCTTTAAACGCTCTAGGTACGATGACAGTGTTCCCCGATACCATGCTGTAAGGATCCGGAAAGAAGAGCGAGAGATCAAAGATGAAAAGTATATTGATAACCTTGAAAAAAAACAGTGGATCACAAAGTGGAACGAAAATGAAAGCTACTCATAGCGGGGGCCTAAAAAAAAAAAGCTTCACAGTACCCAAACTGCTTTTTCCAACTCAGAAATTCAATTTGGATTTAAAAGCCTGCTCAATCCCTGAGGACTGATTTCAGAGTGACTACACACAGTACGAACCTACAGTTTTAACTGTGGATATTGTTACGTAGCCTAAGGCTCCTGTTTTGCACAGCCAAATTTAAAACTGTTGGAATGGATTTTTCTTTAACTGCCGTAATTTAACTTTCTGGGTTGCCTTTATTTTTGGCGTGGCTGACTTACATCATGTGTTGGGGAAGGGCCTGCCCAGTTGCACTCAGGTGACATCCTCCAGATAGTGTAGCTGAGGAGGCACCTACACTCACCTGCACTAACAGAGTGGCCGTCCTAACCTCGGGCCTGCTGCGCAGACGTCCATCACGTTAGCTGTCCCACATCACAAGACTATGCCATTGGGGTAGTTGTGTTTCAACGGAAAGTGCTGTCTTAAACTAAATGTGCAATAGAAGGTGATGTTGCCATCCTACCGTCTTTTCCTGTTTCCTAGCTGTGTGAATACCTGCTCACGTCAAATGCATACAAGTTTCATTCTCCCTTTCACTAAAACACACAGGTGCAACAGACTTGAATGCTAGTTATACTTATTTGTATATGGTATTTATTTTTTCTTTTCTTTACAAACCATTTTGTTATTGACTAACAGGCCAAAGAGTCTCCAGTTTACCCTTCAGGTTGGTTTAATCAATCAGAATTAGAGCATGGGAGGTCATCACTTTGACCTAAATTATTTACTGCAAAAAGAAAATCTTTATAAATGTACCAGAGAGAGTTGTTTTAATAACTTATCTATAAACTATAACCTCTCCTTCATGACAGCCTCCACCCCACAACCCAAAAGGTTTAAGAAATAGAATTATAACTGTAAAGATGTTTATTTCAGGCATTGGATATTTTTTACTTTAGAAGCCTGCATAATGTTTCTGGATTTCATACTGTAACATTCAGGAATTCTTGGAGAAAATGGGTTTATTCACTGAACTCTAGTGCGGTTTACTCACTGCTGCAAATACTGTATATTCAGGACTTGAAAGAAATGGTGAATGCCTATGGTGGATCCAAACTGATCCAGTATAAGACTACTGAATCTGCTACCAAAACAGTTAATCAGTGAGTCGATGTTCTATTTTTTGTTTTGTTTCCTCCCCTATCTGTATTCCCAAAAATTACTTTGGGGCTAATTTAACAAGAACTTTAAATTGTGTTTTAATTGTAAAAATGGCAGGGGGTGGAATTATTACTCTATACATTCAACAGAGACTGAATAGATATGAAAGCTGATTTTTTTTAATTACCATGCTTCACAATGTTAAGTTATATGGGGAGCAACAGCAAACAGGTGCTAATTTGTTTTGGATATAGTATAAGCAGTGTCTGTGTTTTGAAAGAATAGAACACAGTTTGTAGTGCCACTGTTGTTTTGGGGGGGCTTTTTTCTTTTCGGAAATCTTAAACCTTAAGATACTAAGGACGTTGTTTTGGTTGTACTTTGGAATTCTTAGTCACAAAATATATTTTGTTTACAAAAATTTCTGTAAAACAGGTTATAACAGTGTTTAAAGTCTCAGTTTCTTGCTTGGGGAACTTGTGTCCCTAATGTGTTTAGATTGCTAGATTGCTAAGGAGCTGATACTTTGACAGTGTTTTTAGACCTGTGTTACTAAAAAAAAGATGAATGTCCTGAAAAGGGTGTTGGGAGGGTGGTTCAACAAAGAAACAAAGATGTTATGGTGTTTAGATTTATGGTTGTTAAAAATGTCATCTCAAGTCAAGTCACTGGTCTGTTTGCATTTGATACATTTTTGTACTAACTAGCATTGTAAAATTATTTCATGATTAGAAATTACCTGTGGATATTTGTATAAAAGTGTGAAATAAATTTTTTATAAAAGTGTTCATTGTTTCGTAACACAGCATTGTATATGTGAAGCAAACTCTAAAATTATAAATGACAACCTGAATTATCTATTTCATCAAACCAAAGTTCAGTGTTTTTATTTTTGGTGTCTCATGTAATCTCAGATCAGCCAAAGATACTAGTGCCAAAGCAATGGGATTCGGGGTTTTTTTCTGTTTTCGCTCTATGTAGGTGATCCTCAAGTCTTTCATTTTCCTTCTTTATGATTAAAAGAAACCTACAGGTATTTAACAACC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000091409-ITGA6:NM_000210:25
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.114 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF151761=LRR19-TM=PD(46.4=88.9),PF0035715=Integrin_alpha=PD(86.7=36.1)
A:
NA
C2:
PF052976=Herpes_LMP1=PD(43.5=55.6),PF151761=LRR19-TM=PD(56.3=90.7),PF0035715=Integrin_alpha=PD(83.3=18.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)