DreINT0083050 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000042282 | itga6a
Description
integrin, alpha 6a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050309-23]
Coordinates
chr9:3508436-3514959:+
Coord C1 exon
chr9:3508436-3508561
Coord A exon
chr9:3508562-3514098
Coord C2 exon
chr9:3514099-3514959
Length
5537 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TGTTTTTTTTTCTTTGCCAGTGT
3' ss Score
8.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAGGTTGACGGTGTTCCCGGAGACGACAGCGACTCCGTTTGGAGGAGTGCCGTGGTGGATCATTCTAGTGGCTGTGTTAGCTGGAATCCTAATGCTGGCTCTCTTAGTTCTGCTACTCTGGAAG
Seq A exon
GTAAATTCAGCACTCGTGCATGTAAAAATGTAGTAAACCTTACCCAGCAAGATCATATATGTGGCTGAGAGTTACTTAAGTGGATAGGTTCCATCATTTCCTCACCCTTCAAACTTATACGTTTTATTTAAGATGTTCTGAACAGTGTTGCTTACTAAACGATGATGGTGGCCTTTGAGTTTCCTGGTATTTTTGTTCTCTACACTTAACCCACTGTTGAGTTCAATATGGACGAACACAATGTTGGATTCGTGTTGATAATTAAATGTAAATTACACTTTAACCCAACGGTAAGGTTGGTGCATACTTAAGACTCAAAACAGCAGCAATCAGCATTTGTTTTAGAGTGCACTGCGGTAGAGCATCGATATCGCAATGTGTGTATCCACAATAGTCACATCGCAGAATTAGATTATTTATTAATTCAATTATTTGGCTTAGTCCCTTATTTATCAGGGGTTGTCACAACAGAATGAACCACCAACTCTTCCACTATATGTTTTACGCAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCTGTACTGGGAAACACCCATACACTCTCACACTCTTACACTATGGACAATTTAGTTTACAAAAAAATATTTAAAAACTAAATAAATATAAATGTACACACATTTACAATAAATAGATAATAAACAAATAGACTAAATGGTTGTAAAAATCTGTGGATTTCTGAGCTGCGTCATAGGCCTTAAAACAAAGCATTACTGATATTGCATATTCTGTGATGTGACTATTGCGGATTGGCACTTTGCAATATTGATGCTGAAATTATATATCGTGCAGCCCTAGTAGAGTCAAAAATGATTTTTGCACTACATACAGTGGAAAAAATAAGTATTGAACATGTCACTATTTTTCTAAGAAAACATGTTTCTAAAGGGGACGTTGACTTGAAATTTTCACCAGACGTTGATAGGAACCAAAAATATCCATATATTCAAAGAAAGCTAGATTAATTAGTTTACAAATTAAGTTATGTGTAATAAAAATTAAATGACACAGGGAAAAAAGTATTGAACACATGGAGAAAGGGAGGTCATGGAAAGCCCAGACAGCAGCTGAAATCTCCCAGTAGTTCTTCAGCAACCCTCTGCCCTTCCTCAGTGTAAATTAATATCAGCTGCTTTAGTTCAACATTTACATTAGCAGGAGGATGAAGATGAAACCAGGTTGGACATTTCAGCAAGACATTAGCTACGTTTCCATCCACTTATTTTGAAAATGCGCATAAAATACTGAGTAGGATAAACTTTTTATTTGAAAAGAAAAGATCTGCATAAACTATTATGGAAACAGTTTTACTGAACAAATTCCAGTATGCGCATTAAACAAGCCGTGTGATTTTACTATAAGAGATCAAGTGATGGTAAAAATGAGTGTGAATGGACAAATCAAGCGGCTGACCACAGTGTAAAGCATCTAAAACGTTATTTTGGTCAATCTAAAACCGCTTAACCATTTCAGTATATATTATTCATTATCTCCAGAGTAGTAAAGAGCGTCTGCGCTCCATGCCTCACAACTTTAAATGCCACCGTACGTTTATTGCATGTGTAGCAGAGGCCAGCTAGTAAGTGCTGTGCAGGTAAATCTCACTCCTTTAGCCTCCTTGGTAGAGCAACCGACTCCCATGCGGAAGGTCGTCGGTTCGATACCGATTCGTTTAAGGGGCGAGTGTAGCAGAGGCCAGCTAGTAAGTGCTGTGCAGGTAAACCTCACTCCTCTGTCCTCTAAAGGTGCTCTAGCGACAGACGCTACAGACCATGGCCTTAAGCCTCCTTGGTAGAGCACCCGACTCCCTTGCGGAAGGTCGCCTGTTCGATACCAGCTTGGAGCGGGTTGGGTGGTTGTAGGAACGGCGAGGTTATACAAGTCTTAATACTGTCTTCTAAGGCGCAAGTCATTTAATAAATAAAGAAAAAATACACGGAGCTTCTCCTACCCTAGCAAATCACGGTTTTTCCTTTTGATATTTCATCAGGCCAGTTCATCAGGAAGTGACGATTTTGTTCTCTTTGACTACTTCACTGCTTTATTCGCACGTCTTTTATACGATATTCCAGTTTTGCGCATAATTTTAATTCGCATCTTTGGATGGAAACATAGCTAACGATCCAAAACACAGCCAAGCAATCTCTCAAATGCCTTCAGAGAAAGAAAATCAAGCTGTAGAATGGCCCAGCCAATCACCTGATGCGAATCCGAAAGAAAATACAAAATAAAGCTCAGATTTGATAGACAAGACCCACAGAACCATCAAGACCTTGACATTCTGTTGAAGTCTGACAAACTCACAACTGAGCAAAGCATGTAACTTCACTCTCCATATCAGAGGCGTCTTTAAGCTGCCGTCACCAAACAAGCCTTTTATATGAAGTATTAAATACATTTCAGTATTTCAGCACTTTCTCCTTCTGTCCTTTTCATTGTTATTACGCAGAACTCATTTATCAGATTTATTTTGTTTTGTTTTTATGTTTGTATTGTTTTGAGTTTTTTTCCCAGAGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAAACTTGCTAAATAAGTTGGCAGTTCATTCCACTGTGGCGACCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGCTGACAAGAAAATGAATGAATGAATGTTTAAGTTTTTACCAAAATCTGGTTCAATTTCATGTCAACAGCTCCTTTAGAAATATTACTCCCTGGAAAAAAAACATGATGTGTACAATACTTATTTCCCCCGCTGTATTTAAAATGAGCTGAATCAACACATTTCTTGAGGATTTCTTTGGGGAACAACTCAGCTGTTTTTACAAATATAAGTGGATTGAACATAAAACAATTAAGTAACTTAATCGATTTGTGTTGGGACAGCATGAAGGAATTGTGTGGAACCCAGCATTTTTTACAGTGCAGGACCCTCCACATGACATGTTTTGCAATGACCCCTGAATTTGCCCCCTCTGTAGTGCGGTTTCTTCAAGCGGGCGCAGAAGGACGAGTACGACGCCGCATTTCACAAAGCTGAGATTCACGCTCAGCCCTCAGACAAACTGTCTACTGAGGCCTAGCTCTCCTTACCATGGTAAAAAGACCAGTCGCTACAGCAGATCTGTGTCTGCATGACGTGTGGCCTAACTCACTAACTCATCCTGTGCTTTGACAAAAGGAAGAACAAAAGACACATGCTTTCCCAGCGTGCGTGTGAAGCGCTGCTCTGTTTTGTATCATGTTGATTGGGTGTGCTTTAATGTGTACTGTTTTGTCAAGCATGTCCCGTCTCTCACTGTTAATCAAAGCATATTTTAAAAGAAACACTCCACTTTTTATGAGAGCAGACTCATTATATAATTCTCATAGAGTTAAACAGATTTTAAATCCATGCAGCCCATGTCTGGGTCTGACAGGAGCACTTTTAGCTTAGCTTAGCATAGATCATGGAATTAGATTAGACCATTAGCATCAAGGAATATTCAATACTTTTCTTATTTGGAGCTCGACTTTTCTGTTTACATTGTGTGCTAAGATCGACAGAAATGAACTTTGTTGCTATACCATTGGCTGAAGTAGGCGCAATGATATTACGCTGCACCTGGAAATTTTACCCAATAACCGCATTTCCACTGTCGGGCCAGAGTAAGCCAGGGCTTTTATTAGGCCGGGCCGTGCCAATAGTCCGGGAGCTTGAGCAGTGAGGCCGTAATCATGTCGTGTTTCCACTTTCGGTGTAATGTAAAGTGGCGCTGACAACAGGTGTGATGATCCAAAGCAGGTTTATTAGCAGGAGGGTTAGGCAAGCAACAGTCAACACAGGAGCAAACAGATGTATACAGGCAATCCAGGGTCGTGGTCAATTAACAGGCAGATGGTCAAAAGGCAGGCAGCAGGACGGAATCAACAGACAAACAATGCAAGGGTCAAAACACATCAAAGCAAGACAAAGGAAACTCGTTGTAATGTCACAAAAACAGTAAACAAGACTCAGCACTGAAGTGTGTGTGTGTGTGTGCTGTATAAATAGTCCTAGTAATCAGTTCATGAGTAGCTTCAGCTGTGTCAGTCTGCAATCATGGGGATCTAGGCCAGGTGTGTAAGTGGTGCATGACTGGATCCTGTAGTCCATTTATTGGTGGATTTGTAGTTCTATGCAATACTGTGTGTTAAACTGCACAGCCTGGATCGCTGGTGATCGTGACAGACAGGCTAGTAGCTCACAGTGCCCACACGCAAACCCCACCCCAGAACACCCCCTAAATCAAACATCACGCAACCCGCCTATTTCAGCGGGAATCAGGCAGGCAGAAAAGGCACATCACTGCATCATTATGTAATGATTAAAATGGAGACAACCGAAACAAACAAACGACAGGGTACTGTACAGCTTTACATTATGAGTCTATACGCACAGGCCTTTGTTTTTTTTCATTCATTATATTTGTTTACTCATTTACCGACTGTTGGCATCGTGGATCGAGTGGTCTGACTACTAACAGAGGGATGACCCGGGTATTCAGCAGGCTGAAAAAAGTCAGCTGCTGGCCCTAAAGAAGCCCCACTTTGGCCCGATCAGGCCCCAGAAGGGACAGTGGAAACGCGACTGGCCCAGGCAAACTCGTTTAGACGCAATAGTGGAAACGCGGCTATTGAGTAACTGCTTGCTATCATTGTGCCTGCTTTAGTCAATGGCACAGCAGCAAAGTTCCTTGAATATTATCAAGGTGCAAATCATACATTGTACTGTTAGTTTGTGTAAAACACGATTCAGTTAATTAAATATATGTATTTATTTAAATTACATTTAATTCATTAATAAAATCTATTTAGGTTTTCAGTGATATTTAGGCCCAATTCCAATTCTACCCCTTAGTCCTTCCCCCATGTGTTTGGACTGTGGGGGAAACTGGAGCAACAAGAGGAAACCCACACCAACACGGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAGCTGAGGCTCGAACCAGCG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Seq C2 exon
TGTGGGTTTTTCAAACGCTCCAAATACGAGGACAGCGTTCCCAAATATCACGCGGTGAGGATTCGTAAGGAGACGCGCCTCTTGAAGGACGGGAAGGTCATGTTAGATCCCTTTGAGAAGAAGCAGTGGATGACCACGTGGGATGAGAACGAGAGCTACTCATGAGACTGTCCAATGCTATCCCGTGCCAATTCGTAACTTTGTGATTTAGTGGCTAATTCGTAGGAATTCGTACGATCATATTCGTACATTTTAGTATGATTTACTCAGTGATGGTTGGGTTCAGGGGCGGGATTTGGTGCCACGCCTCCTTTTAAAAATCGTACATTATTGTAAGACTGAAATTGGACGATTTCATATGAATTAGCCACTAAAGTGAAATAACGTAAAATACTTGCGTTTCCTCGTTAGATCAGGCTGGACTGTTGGCGTCTGCTGCAGACAATTTGGACTTGTGTAGTTTTGAACGGAGGAAGTTCAACCCGCTGTTGAACAAGTCAAATGTGTTACTCAAGATGCCTTTACACGTCCTTGTGTTTCTGGATGGCTAAAGACTGACTGGTGACCTCTGGATATTTTACGTTTCGCACCCCTTCAAAAGTGTTTGTATATTTTTGGAGGACGCATGAGATTTGCCAGGACTATATTGTCTTGATTGTAAATATTTCACAGTGCAGTTTATTTATTTGTATTTTTTCTTGTAATTTTATACTAAGACGTCTACTGTGCATGAACTGCCCAAAGATTATTTTTCATGTCTTTTTTTTAAACTGTAAAATCAGATTTCATGTTTTGAGGTCAGCTGAAACGCTGGAGGGAAAGAAGACAATAAACCAGTCAATGAATTACTACTGAAAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000042282:ENSDART00000114168:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF151761=LRR19-TM=PU(56.2=85.7),PF0035715=Integrin_alpha=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF151761=LRR19-TM=PD(44.1=54.5),PF0035715=Integrin_alpha=PD(83.3=18.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]