HsaINT0082515 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000091409 | ITGA6
Description
integrin subunit alpha 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6142]
Coordinates
chr2:172501772-172506230:+
Coord C1 exon
chr2:172501772-172501901
Coord A exon
chr2:172501902-172504090
Coord C2 exon
chr2:172504091-172506230
Length
2189 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAATT
5' ss Score
5.73
3' ss Seq
TCTCTTTCCCTCTTCTCTAGTGT
3' ss Score
10.25
Exon sequences
Seq C1 exon
TGTGGTTTCTTCAAGAGAAATAAGAAAGATCATTATGATGCCACATATCACAAGGCTGAGATCCATGCTCAGCCATCTGATAAAGAGAGGCTTACTTCTGATGCATAGTATTGATCTACTTCTGTAATTG
Seq A exon
GTAATTGATCAATGTTTTTTAATTGCTAGCTGTGGGACCCGCTATGGTTGTGGTGGCTAACTTTAAGAACAACAGCTTGCTATGTGTGTCCCATTAACAGATGTTTCCAAATGTCCACACTGGCTTGCCTTGCTTGGATTTGTTTTATTTTATTTCACTTGAAAGCTCAGTTTTTGTTTTTTTTAATGCACAGTCTTTCGTTGCAGGTGAGTTATTTTATGTTCTTGTTAAATATCTACCACAGCAATGAAGAAAATTTGCAATATTTGTACACACAAAAAGAGACTTTTAGCCCTCCATAGTAGCCCAGTTTGCAATGTGTTATTAATTCGGTATGTAGCATTCCACTAGGGAATTCAAAGATGCATAAGAAATCATTCTAGATTTCTTGTCCATTTTGGAATTTTCCACAGATAGAAGCTGTGTCGACCGCCTAATTAACCTGTTGCATGTTGGAAATGTTGTGTTTCTCTTGGTGAGGCTTCCTCACTGTCATCTTTTTGTTCTCTTTGCTATAAAGTGATGGGGAAGGCTTGGAATGCTTTTTACTGTTGCTCAGGAATCGTTTTATGCTAGCTAAGCATGCAACTTCCATTTCCTGCATGTCTCCTACAGGTCAAAGACCATTACAACAAACTGATTATCAGCATGATGGGCTTTTATGGCCAACTTCAGAAGATGATCCCTTACCAAAGTTACCTTCCATCTACAAAATTCTAGTACAAAAAATACCCTGAACAGTTTTTATTGCAATATGTTGTGATGGAGTTTGACCATATTTCATGTATCCAGAGATTTTATCCAACCTTGGATCTCAGTTGATTTTAAATTCAAGTTTCTCTTATTTGGAAATACATGGAAATAGGAATTGCTAGTGATCCCTTTCACCATTTACGTGGGCATGAGAGGACAGAATTACTCCTGTAATCCTTTCCATGGCACTATCACAGTGAATCACAACATTGCCATTCAGCTTTACATATTACCCTTAATTTCCCTCTTTGTTTAAATGGGGTAGACAGCAGTCATATTTTGTAATAGATAGGTACTTTGGCTTTTTTTTCTTTTTTTTTGCACAGAATAATAAATGAATCCATGTAGAAATGACCTGGAACAAAACATCTTGGTCCATTTTGCCTATTGATTTAGTGATAACTATACATATAATTTTATCTTGCTCCATGGCATTTTTATAACATAACATCATTCAACATAAATGTCCTGTTACTATTGACGTCACACAATAAACACATTAACAGTTCTATCAATATCCTCATTCTTCTAAACTGCATTTTAAAGTTGAAAACACCTTTTTTTAAAAAAAGTAAATATATTTCATTTAAAAATTTAATCTCAATTCAAATTTTTTCAGATATATTCTCAGTAAAAATATACTTTGGATCAGATTGACTATTTAAATGAATTTTATATATATATATAAACACACACATTAACAGTTTAAAGGTAAATGTATTTTTGCAAAAGAAGAGAAATTAGGGAGTGCTCTGAAATTCAGTGTAGTGATGCACTTCTGAAGTCCTATGCAGCACATGATTTTTATTGCAGGAAACAGTTACTATGTGATTAATGAAATAGCTTAATTAGAAGCACAATAGCAAATCCAGGCAACATAAATGACCTCCTGGCTAATGAGAGAAGTGATATGTGTACTAGAGCCTCAGAGGAGAGAAAAAGATTATAAAGTTGACCTGTTGGAACACTGGCATATTCAAATAGTAATTTGTAAAATACTTGTGACATGATTTGCATTTTATTAGTGGGAAAGGGGCATGAAATAATCTTTGGTTTATGCCATTTAAAAATTATTCTTAATCTAATCTGATAATCAGATATTTTACATATCATATTGTGATTATTTTTAAATATGGAAGCACTGTTTTCATAAACTCTTAAATTGTTAGTAAAGAGGTAGCCTACATTTGTTATAAAATGTAAAGAGAAGATGAAAATGGACTTTTCTTCCAGTTTTACAGCTGTTCTCTTCCGTTGATCCCCACTGGCTCTTCTTTCATTTCAGCCTCTTGGTTCTTTCTTAAAAGAAAACCATGTCTTTTTCCCCTTAGTCCAGAGGTAGACATAGCTGAACAGAAAGCTTAGACATTCCCATTTAGTGTATTTGCTTCTTTGTGAGATTAATTTGTTTCTCTTTCTCTTTCCCTCTTCTCTAG
Seq C2 exon
TGTGGATTCTTTAAACGCTCTAGGTACGATGACAGTGTTCCCCGATACCATGCTGTAAGGATCCGGAAAGAAGAGCGAGAGATCAAAGATGAAAAGTATATTGATAACCTTGAAAAAAAACAGTGGATCACAAAGTGGAACGAAAATGAAAGCTACTCATAGCGGGGGCCTAAAAAAAAAAAGCTTCACAGTACCCAAACTGCTTTTTCCAACTCAGAAATTCAATTTGGATTTAAAAGCCTGCTCAATCCCTGAGGACTGATTTCAGAGTGACTACACACAGTACGAACCTACAGTTTTAACTGTGGATATTGTTACGTAGCCTAAGGCTCCTGTTTTGCACAGCCAAATTTAAAACTGTTGGAATGGATTTTTCTTTAACTGCCGTAATTTAACTTTCTGGGTTGCCTTTATTTTTGGCGTGGCTGACTTACATCATGTGTTGGGGAAGGGCCTGCCCAGTTGCACTCAGGTGACATCCTCCAGATAGTGTAGCTGAGGAGGCACCTACACTCACCTGCACTAACAGAGTGGCCGTCCTAACCTCGGGCCTGCTGCGCAGACGTCCATCACGTTAGCTGTCCCACATCACAAGACTATGCCATTGGGGTAGTTGTGTTTCAACGGAAAGTGCTGTCTTAAACTAAATGTGCAATAGAAGGTGATGTTGCCATCCTACCGTCTTTTCCTGTTTCCTAGCTGTGTGAATACCTGCTCACGTCAAATGCATACAAGTTTCATTCTCCCTTTCACTAAAACACACAGGTGCAACAGACTTGAATGCTAGTTATACTTATTTGTATATGGTATTTATTTTTTCTTTTCTTTACAAACCATTTTGTTATTGACTAACAGGCCAAAGAGTCTCCAGTTTACCCTTCAGGTTGGTTTAATCAATCAGAATTAGAGCATGGGAGGTCATCACTTTGACCTAAATTATTTACTGCAAAAAGAAAATCTTTATAAATGTACCAGAGAGAGTTGTTTTAATAACTTATCTATAAACTATAACCTCTCCTTCATGACAGCCTCCACCCCACAACCCAAAAGGTTTAAGAAATAGAATTATAACTGTAAAGATGTTTATTTCAGGCATTGGATATTTTTTACTTTAGAAGCCTGCATAATGTTTCTGGATTTCATACTGTAACATTCAGGAATTCTTGGAGAAAATGGGTTTATTCACTGAACTCTAGTGCGGTTTACTCACTGCTGCAAATACTGTATATTCAGGACTTGAAAGAAATGGTGAATGCCTATGGTGGATCCAAACTGATCCAGTATAAGACTACTGAATCTGCTACCAAAACAGTTAATCAGTGAGTCGATGTTCTATTTTTTGTTTTGTTTCCTCCCCTATCTGTATTCCCAAAAATTACTTTGGGGCTAATTTAACAAGAACTTTAAATTGTGTTTTAATTGTAAAAATGGCAGGGGGTGGAATTATTACTCTATACATTCAACAGAGACTGAATAGATATGAAAGCTGATTTTTTTTAATTACCATGCTTCACAATGTTAAGTTATATGGGGAGCAACAGCAAACAGGTGCTAATTTGTTTTGGATATAGTATAAGCAGTGTCTGTGTTTTGAAAGAATAGAACACAGTTTGTAGTGCCACTGTTGTTTTGGGGGGGCTTTTTTCTTTTCGGAAATCTTAAACCTTAAGATACTAAGGACGTTGTTTTGGTTGTACTTTGGAATTCTTAGTCACAAAATATATTTTGTTTACAAAAATTTCTGTAAAACAGGTTATAACAGTGTTTAAAGTCTCAGTTTCTTGCTTGGGGAACTTGTGTCCCTAATGTGTTTAGATTGCTAGATTGCTAAGGAGCTGATACTTTGACAGTGTTTTTAGACCTGTGTTACTAAAAAAAAGATGAATGTCCTGAAAAGGGTGTTGGGAGGGTGGTTCAACAAAGAAACAAAGATGTTATGGTGTTTAGATTTATGGTTGTTAAAAATGTCATCTCAAGTCAAGTCACTGGTCTGTTTGCATTTGATACATTTTTGTACTAACTAGCATTGTAAAATTATTTCATGATTAGAAATTACCTGTGGATATTTGTATAAAAGTGTGAAATAAATTTTTTATAAAAGTGTTCATTGTTTCGTAACACAGCATTGTATATGTGAAGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000091409:ENST00000264107:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.114 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF151761=LRR19-TM=PD(46.4=88.9),PF0035715=Integrin_alpha=PD(86.7=36.1)
A:
NA
C2:
PF151761=LRR19-TM=PD(56.3=90.7),PF0035715=Integrin_alpha=PD(83.3=18.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development