RnoINT0076063 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000001518 | Itga6
Description
integrin subunit alpha 6 [Source:RGD Symbol;Acc:621633]
Coordinates
chr3:58510223-58515124:+
Coord C1 exon
chr3:58510223-58510352
Coord A exon
chr3:58510353-58512597
Coord C2 exon
chr3:58512598-58515124
Length
2245 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAATT
5' ss Score
5.73
3' ss Seq
CCACCCCCACCCCCTCCCAGTGT
3' ss Score
6.64
Exon sequences
Seq C1 exon
TGTGGTTTCTTCAAGAGAAATAAGAAAGATCATTACGATGCCACCTACCACAAGGCTGAGATCCACACTCAGCCGTCTGATAAAGAGAGGCTTACTTCCGATGCATAGTATTGATCTACTTCCCTAATTG
Seq A exon
GTAATTGATCAATGTTTTTCATCGCTAGCTGTGGGACCTGCTGTGGTTGTGGTGGCTAACTTAAGAATGACAGCTTTTGCTGTGTCTGTCCCATTAACAGTTGTTTCCAGGTGTCTTGCCTTGCTTGGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATGATTGATTTATGTTATTTTTATTTGAAAGCTCAGTTGTGGTTGTTTTGTTGTTGTTGTTGCACAAAGAATCTTCTGTGGCAGGTGAGTTATTTTGTGCTCTTGTTGAGCAACACCCCAGCTATGAAGGCAGCCACGCTGGCTTGTCTGATTAGGTTTTTAAGAGAGCTGTTGCCAGCCAGTTTGCCAGCCATGTGTTCCTAACGTTGTGTCCCGCTCGGAATTTTCAAAAGCGCATGAGAAATCGGCCCAGATTTCTTGTTCGTCTTGGAACTTCCCAGGGACAGAGGCTCTGTCCACTGCCTGCTTAGCCTGCTGCATGTGGGAGAGCTTGTGTGTCTCCTGGGAAGAGGCTCTCTTCTTCTGTCTTCACTGTCGTCCTCGCTCCAGGCTTGGGGTGCTTACTGCGACTTGGACGTGGTCCTGCGCTGCTAAGCATGTGTCTTCCTTTTCCTCTCTATCTCTTCTGGGCCAAAGCCATTACAACAAAGTCATTGTCAGCATATGGGCTTCTTGAGTATTTCAGGATGTGGCCCTTTGCCCAAGTGACCATCATCAGCAGGCAAAAAAATTCTAACACCCAAGTGCCAGGGTGGTTCTATTTCAACATGTTGTAATGGCATTTGACTGGGTTTCACATGCATAGCCCCTTTATTCCACCTTGGCTCTCAGCTGATTTTAAGTTCATATTTTTCTCCTTTGATTTTTTAAACCCATGGAAACAGGAATTGTTGGCAGTTCCCCCTTTCTTTTCTATGGGCAAGAGGGATTACAGTTGTTGCTACAGTTCCTTTCCGTGGCATTGACCCAGTGATCCCAATGTGGCCATTTTGATTTCACATTTCCAACTGCGTTTCCTTCTGTTTTTAAATGGGACAGACAATAGTCATATTTTATAATAAGTATAGTGGCTTTTTCTGCACTGAATTACAAATGAGACCATGGAGAAATGGCCTAAACAAAACTCTTGGAATTGTGATTTTTGCCTTGCCTCGTGGCAATTTTATAACACAACATTCTCCAATATAATTATAATATTCGTGTTGCTGTCACAAAATAAGGACATTAACTGAGCATTCTACATAGATCCCACTTCTGAACTGCATTTTTAAATTTGAAAAGACTCCTTTAAAAAAGAAAAAAAATGTAAATTCTTGTTTATAAGTTTTAAAATTCCGCTTCAAAAATTTTAGGCATATTTTTAAAATGCACTTTGGTTTAGTTTTTTTTTAAGTAAATAAGTTTTAATAATTTGGCTTTACTTCCCCTCCCTTTCAAAAGCCCGCCCCCCTTTCTTTCCTTCCTGTTTTTAAAGGAAGAGGAGAAACTGGGGAGTGCTCTACAATTCAGTGTGGTGATGCTGTCCTTGAGTCCCATGAGATTCATGACTGACTGATGTTACTATGCAACACAATTACTTTGTAACTCATTAACAAAACTGCTAAATTGGAAGCACTGCAGTGTGAGTCTACCTGGTGACAGGGGATGTAAAGCCCAGGGAAGAGAGACTCGTCTTAAAGGGACCCGTTAGAACGTGGCATACCAAATAGTGTTTGTAAAATTACTTGTGATCTGATGTACAGTTTATCCATGGGTGAAAAATAGAAAGTAATTTTTTCTTCACACCCTTAGAGGGATGCCCTTAGACTGATCATGGTATGCACAGGCCTAATATCGAGGGGAGCTTCAGACTGGAAGGATGATGAGTTTGAGGCAGACCTTGGCTACACCGCAAGGTCCAGTTTCTTCCACACAAATACAAGATGTTTTATAACAATCTAGTGATAGGAAATTTTGATCTTTTACTTATAGGGTGGGTTTTATTTTTCCTCTTAAAGCACTGTTTCACAAAATGCTTAAATTGCTAGTCAAGAATTAGAGCGGAAGCTGTTCTGCCAGGTCCACATCCATTCTCCCTGCATATCCCACTGGCTACTTTCTTTTTTTAAAGGAAACAGTGTCTTTTCTGAGCACTCGGGAGATAGACCTAGCTGCACGAGTGCTTACATGTTCTGCTGTAGTGCACCTGGTGTTCAGATTAACTAACTTCCATCTCGTTTTTTTCTGCCCCACCCCCACCCCCTCCCAG
Seq C2 exon
TGTGGATTCTTTAAGCGCTCTAGGTACGATGACAGTGTTCCCCGATACCATGCGGTGCGGATTCGGAAAGAAGAGCGAGAGATCAACGACGAGAAACACACTGATAACCCCGAAAAAAAGTGGCCCCCGAAGTGGAATGAAAACGAAAGTTACTCATAGAGGAGGGTGTAGGAAAGAAAGCCTCACTGCCCAAAGCCCCCCTTATTTTTCCCAGCTCAGAAATCCAGGTGACTTCAAAGCCTGCTCAGCGCCCCGTATATGAGACTGACTACACCCAGGACGGACCTACAGTTTCAACTGTGGATATTGTTACACCTCAGGCTCCTGTTTTGCACAGCCAAGTTTAAGACTAGTAGAGTGGATTTTTCTTTAACTGCCTTAATTTAACTTTCCGGATTGCCTTGGTTTTTGATGTGGCTGATTTCCACACACTGGGGCAGGGCCTGCCCATCTGCATTCCCGGGACGTTCTCTCCCCGCCATCATCTGTGCTAACAGAGTGGCCATTCCAGCCTGCTCCCACAGCATCCTTCTCATAAGACTGGAGAACCTGCAAGATGATGTTTCTTGGCTCAAGACTCTGCCAATGGATAGCTTTGCCTCTATTGAAAGTTCTGTCTTAAATTAAATATGCAGTAGAAGGTGTTGTTACCCTTTGGCCTTCTCTCTCCATTTCCTAGAAGTGAGGACCCTTGCTGATGCCAAATGCACACAGGTTCCTGTCTCCCTTGTCACTAAGGCACAGGTTCGACAGACTTGAATGCTAGTTACACTTGTTTGTATATGATATTTATTTTTTCTTCAAGCCATCTTGCTGTTGACTAGTAGGCCAAAGATGCTTCAGGTTGATTAAGCAATGAGAAGAGAACCTGGGAGGTCGTTTTTTTTTGTTCTGACCTTAACTATTTACTGCAAAAAGAAAAAGTTCTTTATTAACATGCAAGGGTTGTTTGAATAACTTAAACTCACCTGTAAATGATACCATCTCCTTTCTGGCAGGCCCTCCCCCCAACCCAGAAAGTCTGACGAAGCGGGGTTGACTGTAGGACGTTTCGTCCTTCCCCAGCGTTGGGTATATGGTTTTGAGCCCTGTGTGGAACTTCTGAACTTCGTGCTGTAACTTTCAGAACTCTTAGAGGTGAGCGTGCTCACCGAACTCTAGGGTCTGTGTGCTCAATGCTGCCAACACTGTGTATTCAGGACCTGACGTGAGTACCCATGTGGATCCAGACCAATCCAGTGTGAGACTACTGAAGAGCATCTGTCGCCAAAACAGCCGTACCAGACAGACAGAATGCCACGCACGGCACCTAGCTTCTTAAATATCATTGGACTCATTCAACCAGCAAGCCCCATGTTTGCTTTTTTTCCTAATCGTTCACCGAATCTAAATTCCTCCAGGTGACTTGTGACTACTACGATAAGACTTTTAGGCCTGGAGCAGGAGGTTTAGCTCATTGCAAACGTGCTTGCCTAGCGTGCCTGGGCCCGCCTTGGTTGGTTGGTTGTAAAAATGATAGGAGGGGGAAAACAATTATTTTTTTTTATATATAGTCAACAGAGATTGAATATATTATCAAAACTTTTTTTAAATTGTGTTTTACAATCATTAAGTTATATGGAAGGCAACCGAGAGCTGGTGCTAATTGGTTTGGATAAGCAGTTCTCGATCTTATTTTAAAACTTGGTCTCAAGTAACCCAGGCTGGCCTTGAACTCCTTATGTGGCTTGGGATAGTTTTGAACTTCTGATCCCCATACCTCCCCACCCCAGGGCTGTGATTGCAGGTGTGTGCTTGGGATTGAACCCCAGACTTTGTGCATGCCAGGCCAGCACTCTGTGGCAACCAAGCTAGATCCCAGCCACTTCTCCATCTTTTAAAAGAACAAAACATTGCTAAATGTGACACCGTTGCTTTGAGTTTTAATTCTTTTTTTTTTCCTTTCATAAAACATTACAACCTTAAGATATTAAAGACTTTCATTCTGGTCCTACTTCTGCTTTTTCACTCAAAAAATGGTCTTACAAATGATGCCTTGTTTACAAAAGTTCTCTACCACAGGTTCTAGTAGTGTGTAAAGTGTCAGTTTCTTGCTTGGGTATCTTGGAGCCTAGCACACTGGCTTTAAAGGACACAGCCAGGAAGCTGATATCTTGACAGTGTTTGTAGACCTTTGTTATAAAAAAAAATGAATGTCCTGGTAAGGGTTAGGAGGGAGTTCAACAACGAGGAAACAAGAATGTTGTGCTGTTTGAGTTTAGAGTTGTTTAAAATGTCATCTCAAGTCAAGTCACTGGTCTGTTTGCATTTGATAGGTTTTTATACTAACTAGCATTGTAAAATTATTTCATAATTAGAAAACACCTGTGGATATTTGTATAAAAGTGTGAAATAAATTTTTTTATGAAAGTGCTCATCGCTTGTTAACACAGCACTATGTATGTGAAACCACAATCTAAGATTATACATGACAACCCGAGTTACCTTTCTTTGTATTTCAGCAGCCAAAGTAAAGCTTTCAATGTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001518:ENSRNOT00000002075:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.171 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF151761=LRR19-TM=PD(45.7=88.9),PF0035715=Integrin_alpha=PD(86.7=36.1)
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]