HsaINT0084298 @ hg38
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr1:211082780-211090690:-
Coord C1 exon
chr1:211090562-211090690
Coord A exon
chr1:211082899-211090561
Coord C2 exon
chr1:211082780-211082898
Length
7663 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTTGT
5' ss Score
7.81
3' ss Seq
CACTCTTCCACTTGCTTCAGGCT
3' ss Score
7.01
Exon sequences
Seq C1 exon
GGACACCTGTGTGGTTCTTTGTGAAAATTGCTCCAATTCGAAACGAACAGGATAAAGTGGTTTTATTTCTTTGCACTTTCAGTGACATAACAGCTTTCAAACAGCCAATTGAGGATGATTCATGTAAAG
Seq A exon
GTTTGTAATTCTGACTTGTACAAATACATTTATGCCTTTTTTGTCTTTATTGTGGCTCTTGTTACAGAGCATTTAAGGTTGTCAAGGCAATCACTTTACAAACCTCAAGATTCTAACTTTAATTTGTATAGAGCAAAGCACTGTGTTATTCTGGAGTGTATCGGGGTAGGAGAAGGAGAGAAAAAACACTTTGTTTAGGAAAGCATTTGAATCAATTTCATACCTTTAATAATTAACCCTTTCTGATATTAGTTAGGCAGAAGAAGACAGTTTGGCAACTAGTATCATCAGAATCTTTTCAAGTTTTCACATAACAAATGTCAGTCATACCAATGAGGTGGTCTATGGCTACATTCATCTGCTTTATATATAAACTTTCTTAGATTTGACTGAATTCTGGCACTTCAAGATTGTTAAAGCGGACTTTAGCACATCTTTGCATCTGTGGTTGATTAAGTCTGTGACCGGTTAATTCATTTGGAACATAACATTAATGAAGCCAGGGTCCTAAGTAACATTTCTATATGGGTCATTTAAACAGTTGTGTGATCACAGATTTTAGCACTCGCCTCAGCCATATCATATGCATGTATTGTTTGCATAACATGGGGGACCCAGGAAAGGAGATGGCTCAGGATTTCTGGAACAACCGTACCCCTGAAGAGGTCCAGCTCATCAGGATATAAAAAAGATGGCATGTTAGTCCCAGAGGTTTGGGATAAGGGGGTGACATAGCACCTCTTTCACATCCCTCGTTCATAGCTCACACTCAAGATAACCAAGAGGCCACAAGCTTTTTCATGATGCAGTGCTACCTGGCTCTGTGGTTGATTTTTCAGCTCTGCTGGAGACCTCTGCTCCTTGTGGTTTTCTGAGATGTAGCAAAGAGATGAGAGTGGAGTCCAGGGGAGAGTTAAACTGAGACATATTATTTTTGGTGTGACAAAATTTTTGTTGTTAAATGAGCATTATAGGAGGAAATAAAAAGCATTATGTGGCTGCTCTCTCAAGGGCTGTGTCCTCTGAGGGTATTTAAAATCCTGGCACATTTAGACACTCACATTTATGGAGTTCAGAGCACAGTACTGTTAATACCAGCGCATCCTATTTTTTAAAACTGTCTGATAGCTCAATAAATCAATTTCAGCCTGCCTTTTGGTTTTAAGACTGCAGCAGATGCAAAGTCTCTCAACCAGTGTTTCAGCCACCTGAAGTCTCCCTTTTCTTACAGATTCATGATTGCCAGATTTCTAGTTTCTAATTTGAAGATTTCTCAGTGCAGTAGCTATTTCATGGCAGTAGGTTCACTCATGATTAAGTACCATCTTGTTACCATATAGAAAGGCCAGTTGCTTTTTTAACCTAATAAACTCATAAGTAATATTTTGAAGGCAATTGAATATTTTGACACCTATTTTTGCAATTTTTCTCTTAAAAACTTAAGTTATGTGATTTGGTTGAATCAAAATGTTTTGTTTTTATTACTACTGGAACATTTGTAGGTGATGTGCTGGTATTATTTAGTAGGAAAATCATACCTAACAGAATGCTCCGTACCTGGCATGTAGGTGCCTGCATTCGATGCTCATGAAACCTGAAGAGGGATAAATCAGAGTGATGTAGTGAGACTTAGGTTTATTTTCCAGGAATAAAATGCTCCACTTCATTTAACCTGCCTCAATGATGCATTTCTTTGCTGATAAGAGTTTTGGTACACACACATACATACTTACAGACACTCATGAGGAGATACACACACATTTACTCTGTTTCTTCTTAGCTGAGGGGACCAGATATTAATTGTTTTTGTCGGTGAAATAAATAGGAGTAACTTGTGGCTTGATTCATAAAAATTTGACACATACACACACACACGTTAGTCCTCGATGTAGGAATCCTGCTAGTAGACCACGCTTAATGTCTCCTGAAAGACATGGCTTTATAAGTCTATCATCTCAAATGCCATGGCAGATATGTTCAAACCTTCCCACTTGCCATGTCATCATGCCCCTGGCCCACTGTGGTTTGGTGGTCTGCTTAGGACAAGTCAAACTTTATATTAGTGTGTTTATGATGGAAGCACATGATAATTCTCTAGGCCTTGTTATTTTAAGTCTATAAACTGCAGTTTTGGCTACAGGGATCAAATCTAGATCCTAGAAAGTATGCTGCCATGTGGCTGGATTGTTCTCCTGGCTTGACATTTCTTCTTGGATGTACTCTCAGCAGCTTGTTTCCAGGAGACCAGCTGGGTTTTCAGTACAGCACCTCAGTTACCATTAAGAGTCGTAAGAGTCTTGCTGACTTAGGCTTGTTTAGAATTCACTTTGGAGATGGAATGGAAATGTGGATAATCTAAAATCTCAGAAAATTCCCAGATAATTGCTCTTTGGCATTGTCCCATGGGATGTTTTCCCACCACCATATTAGCCTTTTAAATCAGTTGTGTTCAAATTGTCCTTAAAATTACTTTGTTTTCTCAGATCATGTAGTACCTAATTTGGGGACTTGGGGCTGGGGTGGGTGCATCCTGATAGTGTGCAAGAAGCCAGTTTGTGCCCCCAGTTTTCCCACAAATCGCCCACAAAGGGTCCAACACATGGGATAATTGACAGTAGCCTATTTCAGGATCTGACACAAAGTAACTTCTCTTCTACCCGGAGCCTCAGGCACAGGGGATGGGTCGTGCAAATGCTTCCAGAGCCCCCTCTGTCATTTGGTGTACCAGTTCTCACCATCCTTTTTATGAGCTAGGTAGGCCTCTGACTTCCTCATCTTCACTTTGCTCTCTGTCTTTTGACAGTAATTCTCTTACTCTCTGACAAATAGTGCCCACAGATGGCATGGAGAAGGGAATGAAAGTCAAGTTAGGTTTGCTGTTTGCTAACAGCTCTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCTTAAAGGCTGAATGAGAGAGTAGGTAGAAATTCCTGCCTAAAATGAGAATCTGTGATGCTCCAGTGATTTCATTTGTTCCTTCTCTTGCTTTTTCTTTTGTTATAGATAATTGGGAGTAGGCTGTGGGATATGTTTCTGTTGCGTTCTGTCTTCTGAGCCAGCAGGTTTGGGCAAATGAGTATAGAATTAGAGTGTAAAGCTCAGAATTTTCTCTCTTTATATTGCTCACCAAAGGATGAGTCAATCCTCTTGTTTTCTCTATTATCCCACCAACTAATCTCATATTAAAGGAGCAAATTCATTTTCAAAGATTCACATATTTACTTCTAAATTCAGAGTTAAACTTGAGCCAAATACAGACGACAAAAGGAATGCAAAACTTCAGAGTAGGTTTCTAAGAGCCAGAGATGTAGAATATTGAAGGATGAAGGCTCTGGCAAACTGTTGTAACTGTTGACCCTTCTCCATGTATCTTCATGTTGGACATGGGAGAAATAGTAATAGACACAAGTTGCAGGCCCCACACCCCCTTCAATGTTAATATTTTATGTCTCTGCCCTCAGGTTGGTGGGAAAGTGATGATTTAGTGACTGCTACTTGAGGAAGCCATTCTAGATTTTTGGTTCTTTATACATTGGTAAGGAAAAGATTGTGGGAGGAGACTTGAGGACGCTTAGGCAGTGGTCTGCACTGACTCTCCATGCTGTACCTTGTGTCCACTGTTCTTTGCTGGATGTTTGGATTATGCTATCAGCTCCTCTGAATTTCTGACCCTGTATCTCAGGACAAGGCTGGCCTCTGTCTTTTTTGGTACCCCTGGACTTATTCTCAGAGGAGTTGGAATTCTAACTCATCCCAACACCATCTCTTCTGGCCTAAAAAAGAAAGATTCAGGCTCATTGGTGGCTCAGCTAAGTTGACACCCACCAGCCATTGTGGAGTCAAGACAGGGGAAAAGCCATTTCTCCATTCCTGAGAATGGAGAAAAGACCCAGTAAATAGCTTTTAACTGATTGCTAGATTGTGTACTATGTTCCCCTCCTTTATCTTTTTTCTCTCTATACTCTTCCTCTTCTGCTCCTGCCCACTTCCCCTCTCATTTTCCTGATCATGGTATGGTTTCAATTTTCTCATGGCATCCGCAGCCCTGTTATGCCTAACTTGCTGGTGACATTTGTGATAGAACTGGAAGAATCCTGGGCTAGGGGTTTCTTCATTTGAGCTCAATTCAGTGTTGAACTTCCAAGTGGGATATAATTGGAGGAGTGGGTGCAGAAAAATGCCTGGCAAAAGACAGGCACAGAAATATCCCCTGAAACTGAAGAGAGTTTGTGAAATGGACCGCCTATCCTTTGGGACTTTATATCTATTGGAAACCCAGACAGAAGTAGGGTGATGAGAGAAAAAAAAATATTTGTTCTTTATTTGTCCAATATACCTATTGTATTCACCTGTTGGGTGCCTAGCCTCGTGCTAGGTGCTAGACACAAGGAAACACCTGCGATAGAGCCTCTGAGTCTATTTGGGAGAAGGGATAGACAGGTAAGCAAATAAAACAGTGAAGCACAGTCAATGATCTAATATATGCCTGCCTAAAGCAAGTGGGGGTTCAATACAAGGAGCAGGTAAGTCTGCTGGGGTAGGTCAGTATCCTTCCTTGAAGGACGATGATGAATCATGCGGAAAATGACTGTCTGATTTCCCCTGAACAAGACCATTTTGAGCTAAGTTCAGTTTGGGTTGTCCGCTCCCATTTGGCCTTTTGGACAATAGGAGTTTCACTTTCTCCAGAAGTGATTCTTCTGATGGGTCTGCTATAAGGGACACTGTTGGTCCAAATTGTACATATTATCTTTCACCAAACTGGTTTGCTCTTCCTATGTTTTTAATCTCATTGATTAGCTGTCACCCCAGTCGTCATCCAAACCAGAAACTCAGGAGCCTCCTAGGTTGCTTCTTCTTTTCCTGTGTAGCTATTTTTTTCAGAGTCCTGACTCTGTAGCTGCCCTCAAGTCTCCCCTTGACCCCTGGCCCAGGCCA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Seq C2 exon
GCTGGGGGAAGTTTGCTCGGCTGACAAGAGCACTGACAAGCAGCAGGGGTGTCCTGCAGCAGCTGGCTCCAAGCGTGCAAAAAGGCGAGAATGTCCACAAGCACTCCCGCCTGGCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000143473:ENST00000271751:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NA
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PD(29.2=70.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development