GgaINT0086962 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009877 | KCNH1
Description
NA
Coordinates
chr3:23501349-23510053:+
Coord C1 exon
chr3:23501349-23501477
Coord A exon
chr3:23501478-23509934
Coord C2 exon
chr3:23509935-23510053
Length
8457 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTTGT
5' ss Score
7.81
3' ss Seq
GTTTTGGTTTTATTTTTGAGGTT
3' ss Score
4.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACACCTGTCTGGTTCTTTGTGAAAATTGCTCCAATCCGAAATGAGCAGGATAAAGTGGTTTTATTTCTCTGCACTTTCAATGACATCACGGCTTTCAAGCAGCCCATTGAGGATGATTCATGTAAAG
Seq A exon
GTTTGTCTTGTTCATAATTATATATTTATTCTGCTGTTTTTCATTTGCCCTGGTCTTGAAAAAGCTGAAGTCCTTTAAATACTTAAAGACTTAAAGCCAAAGGATTAGACATTAAAATAACTTACGTGAAGCCCCTAGTGGCACAGCTGTGTGAAAGGGATCGCTGCATTGATTTCCTCTGGGAGTTGGCTCTGGCCTGAACTGAAACAGGTGATTGCTAATGAGACCCCCAAGTGCTTTAGGAAGCAGAGCTTGCTTTGCAAATAGGTGCTGTTCTCCATTTAAAATTCGTTATTAATCCCCATACCAGCATAGACTTCAAGTAGTCACAATGATGCTTAACTGTCTCTTTGATCTTGGAGGGAATTGAAGGGTATTGGGCCCTGCACAAATTGTTTATGACACCGTATGCAAAAATGGAGGTATTAATCCTGTCTAACAATGATCTGAATAATTTAATTCTGCCTGGCTTGACATGACTTAGCATTCTTATAGAATTGAAGTTCAGGACTAGTTTTTTTCACATCTGTGAAAATACTCTCATAGTCTTAAGTTGAATCAGGTTCAAGCTGTCAGGTTGAGTGAAGTAGAATTACTGTGTTTTGCTGTTAACCCTTTGCTAAGTTACACCCTAGAAATCTGGAAGCAAACTCAGCTGTAAGAGAGGCCATAAACTTGTACTCAGATTCAGATCCTGACAGAATTAGACCTTTTGTACCCACATGTAGAATTACAGAGACTTGCGTCTTCTGGGGTGAATAAAGACGTAAGTTCTCCTGTTGTTTGCATTTTTGTAGTATTTAATAATATTTGTAGTATTACATTAAACAGGAAACTTACTGTGAAGGTGAATTGATTTACATTTATTCTCAAAATATTATTCTTTAAAAATGCAGTTGCTCAAAGTGGAAACACCTGTTACCATGAAAAAGGAAGTACAGCCTTAACAAACATACCCTCTTCCAAGTTATGTGGGTTATTTTTTTTCCTTTTGAATGCTATTTGTTTGGTTTTTTCAGTGCTTTAGTAAAACTAAAAAATGTATTTTGTTGGAAAAATTGGGTCTACACTATTTTTTTTCCCTGCATGGTTGTCTTCACTGTCCTAATGAGGACTGACAGCAAAGATAAATCAACGTGATGCAGTAAAGCTGGCTCTCATTTGTTTGGTGAGAGTGAAAGCCGTTACTTCATTTGTTCAGTTGATAAGCAGGGCTTTCACCCAGTAGTGGTAGCTGTGCCTTTTGTCTTTGGTTTTGCAGAAGATCCTTAGTTGTAGTGGTGACTTGTGCTCCTGTGAGAAGAGTTTGTCCTTCACTGTCAGAAGAGGGAGGTGCTACAACTTTTTTGTTTTCAAGAGAAATATGCTGAAGAAAGAAAACACAATTTTTTATCATTATTTTTTAAATTTCCTTTGTTGGATCTTGAGATCATGCTGTTCTTACAGTGATCTTGGTAATTCTTAGCAGTTCCATATCTAAAGCAATGTAATGCAAAGATTAAGCCTATTTACAAGTGCACTAACTTGTGGAAGAGTTATGATTTGTTCATATGGCCAATGGAAAGTTGCTAAGTGTTTACTGAGAGTTACAGACAGAACAGAAGAACTGGACCTATTGTTCCGAGGCCACTGAGGCAGAGCTCTATACATGTTGCTTAAGTGTTGCTGCTATGTATGGAACAGTCTGTGTACTAAATAAGCGTTGCAAATCTTATTTCTGAATCTCCTAAAATTGATGAAGTTGCACCAGTTTCATGCCAACAGAGTTCCCTGTTGCTGTGTACGCAAATCAAACACGATACAAATGAAATCACACGTTCTATTCTAATCCTTAATTTATTCCTTATGTCTTCCTCTCTTCTCTAGATTACTTCCTGTAGGCTAGCTAGGCTAGCTTTGGAATTTTGTGTGTGTACTGGGTAGGTGATATTGTGTCAGTCATTTGGTGGCTAGATGAGCAATTCCTTGGAAAAGAAGAGCTAATTTGCAAAACAGAATGTCATGTGTGTGAATATGTCTCTAATATTAGAACTCACTGTGCCACTGGATACTGTGAGGGGGAAAAAACAAATCTGGAATATTAGACAATTGATTGTCTGCAATGAGTTCTGGGACTCATGGAGGGGAAAAAATATGTTGGAAGTTCTAGGAAAAAAAAAAGGCAAAATTATATTAACTGCTTCAAAAAATCATTGCTTTTACAGACCTGAGCTTTGCAGAGAACGCGTTCCTTGCACGGTATACAACGTTCCATTGGAAATTTGTAGCATGTTTTTGAAGGGCAGCAATTCTCCTGGAAACATTTCAGGATAATGGAAAACACATGAGCTCCTGATCTAAAAATGCAACACTCAGAATTTACATATTAATTGTTTTTAATTTAAACTGAGAATTGATTGCTAAATCAATTATTTTTCCATTCTCACCTTCAGTCAACTTTTATCAACTACTCCTTTGCTGTACTTCTACGTAAAATCAGTTTGCTGTGGATATGACTAGTTAATATCTGCTTGCAAATGCAGATATTTTAGCATACGTGCTATCTACATAGTTACAGGGTGGCACGGCATGAAGCATTTCTATTCTTCAAAATCAATGCCTGTATGTCTTTGTAGAGAAAAACATTATGTAGTGCAGGAACATGGTTAAAGAACAGCTTATCAGTCAGGTTGAGCCTCCCTAGCTACAGTATATCTTAGTTTCCTAACACCTGCTGGCAACATCATGCATGATTTTTCAGCTGAATGATACAGTCACTCCGTAAGTGTGAAGTGTTGAGCTCTAATGACAGGTGATTGACCAGTACACAAAAATTAATAGACATCTTTTATACAAAGGTGACTCAGAGAAAGACAGAAGGTCTCAGTACTGTTTTTCATTCTTAGTCCATTTTTTAAGATTAATAATTTCAAAGATTGGAATAGATGAAACAATGTTTCTAAGGTCCTGTAAAAAAAAAATAATAATAATTAGGCTTCTAATTATAAATCTCTGTTGTTTCAGGTAATTCAGTAGATATTTATTTTATGACTGCAATGGGAGTTAGTTAAATTTGATTTTAAATGCAGGTACTTTAGAACAGCGCTCATTCTAAATAAAACAAAAATAGTGTGTCAGTGATGGTGCTGATATTTTTTAAAAAACAGCCTGTTTTCATCTTTCCCTGCATAGTTGCCCCTTTGAAAAAAAAAAAATCAGGAAAAAATATTTACTTGAATAAGCAGGCAAAATCAAGTGATGTCATAGCTAAATTTGGCCTGGGAAGTGATAGGTCACCTTCTTAGCTGAATTTCAGAGTATATGCAATCAATGTGTTTTGTCTGTATGTGTCTTGTTTTGATTTGAGATCTAACACACCAAGTATGAGACATTTGAGAATAGTATATAAAGTGGAATGCATCACTTTACAAAAACTGTAGCTTGTTCAGTTAAACAGAGTCTGAATGCAGTCTGAATAGTTAGTAGGAAACAGGTTTTGCATGTGTGAATGCAATGACGACATACTGAGAGTCATCTGTGCTGCTGTATAAAAGTTTGGGAATTATGCTTTGGAATCCAATTTTTCTTGGTTTTAATTTTTTTTTCCACCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGGAAAAAGAAAAGAGGAAAAAAAAGAGGGCCATCAATTTCAACATCACGGAATTATATGGGGAAAATGGTTGTTGGTCTCTTAGTTATTGTAACCTCCTGTGTCTTGTAGCCATCATCAGTTATGTCCTTTACAGAAGCTCTAGTTGATTTTGCAGGTAGGCTGTCCTTTGCATTGCAAGCAAGGTACACAAAAAATAGTATTTTGATTGCTTCAATCTTTATTCATGGAAAACTCCAACCTGATGTTTTCTTTCTTATTTTTTTCCCCTTTTTGTTTCTCCTTTTTTTTTTTTCTAATTTTTAGTTCTGTTTTTAAATATGTATTTATAGGAGCAAAGCCAGTGTTTGAAATATTTTGATTGTTATACTTTACTTTCATCTAGATAAATTGGTGTCTTAAAAAGGAAACAAATGAAAGGGAAGCAGTGAGTATATTAAGAACTTTGGTATGCTTTTTCACTCCAGATGGAAAAAATAACACAATTTTAGTTATGATATTTTAAAGGGCAGGAGCATTCAGACTGCAGAGAGGTGTGATGGATGTAAGCGGGGAACTGTGACATGGAAGAAAACAAAGGTGGTTCCAGTGGAGGAGATAACTGCTGGAATTCAGATTCACTTGCGTTTACACATTTTTATGTGATCAATAGACTCGTGGTTAAAGTAGCTTATTCTCAAGTGGGCTATGCCTTTGTGTTCTAACTCTAGGGACTGTGTGAGTTACAAAAGCAACTTGGTAACAAGGATTCTGTAACTGCCACAGTAAATAATGTTTGAATTTGTGATTCATCGTTATCAAATTGAAGGTATTAGTAGGTAATAAATACTTACCTGAGATAAATAAGAAATGTGTTGTGGATTCACAAAATCACAGAGAATTAACAGCTCATGCTCATCTCAAAATAGAGAAAATTTGTTTCTTCTGCTTGAGAGGGTTGTTACATGAAGCTTAATGCATTAAAGAAGAGAAGTCTTGATGCATTAAATATCCCAAAAGTGTGTTCTGATGCCACGTTTCCCCACGAAACAGTGTTCAGGAGACAGCTTTTGTCCTCATTGGTAGCCATCTTGGATGTTTTCAAGAGCAGCTTTTACTTAGATTTTTACATTGAAATAGTGAAAGGCTGAAATAGCATCAAGGAATGTGGGACAACTGGAGTTGGTCTGTAATCCTGAAGGCTCTTCATCCTTTTGAAGCTGAAGACATTCTGATTGTTTTGCAGAAAACATCATGTAGGGATGAAGTGAGAAAGGAGACCAATCAGTTATGAAAATAGGTTAAAATCAAAGAGAGAAAGAAGCACAGGCAAGCACAACCATGAGGGTGGCATCCAGCTTTATGTTTTGTTCCCAAATTCTAAGCTGTCCTCTCTGGAACAGCATGAGTTCTTGCCTCTTTGAGGAATCTATATACCTACATGAGAATTGCATAGAGTCACTGGATTTCAATTTAATTTTTGCTTTCTCTGTTTCCAGAGGAAAACAATGGATGTAGGAATTGTGCAAGTAACTGCTTGGGCTGAAAGAGTACTTGTAATCCATATCATCTGGACTCCCTTTCCTAGCAGGACTAACATCAGTGTGTTCCTACACCACACTGGAACCTAGTTTCTTGTCTTGGAAAGTTCAGTTTTCTTCCTGAGACCAGCTCTGTGACACATAGAATATCATGCTTATATTCTGTTTTGTGCCTTAAGTCCATTATTTCATTTGTCTTCGTTGGATAAAAGTCTGAGTTGTAGACTGTATCAGTCTTTAGTCTTCTAAAGGACAAATTATAATACATTCACTAGGCACTGCTGTCTTTTCAAGAAATGTGAGAAGTTATCATTTGATAGGATTAGTACTGGCTTTCCGTCTCCATTTAGTTTTTTTTTCTATGTCATAACGTGTAGATTCAGTATAATTATGCTTCCTTTCACCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAATACAAGAAATTGTCCTGTCCTAAAAATGAGATTCATACACCTGGGACAAAGGCACAGAGATTCAGTGCATATTTTGACATGTTTAATTATACTTCCTATGTAGTGTACCCAGTGTATGGAGCAGGAGTATAAGTGTATATATTCCAAACTCCCCAAATTCAGGTCAGCACTGGTTCAAAAACCCCACCAACCTAGCCATCCCTGCCTACTAAAATAGTCTGGTTATATCGTTTTCAGGTCAGAGTTTGAAGTATGTGGTGACAGATCTCATGTTTGTGGAACAGCTCATTTGAACACCAGTTAGGCCCCCACAGATGATATTTGCAACATGCAGGGCAGAGTAGGTGCCTATAAGAGATGCTGAGACAGAGGACCATGTTAAGCTCTATCACTGCCTTTCAAGTGTAGATGGCTTTTGGGAAAATGGAAGGTACGTGAAGGTGCTTAGCATTCATAGCCGTAAAACCTGCCTGCAGAGTTGTCTGGCAGTGTTTTTGTGCAAGAAAACTCAAGTGAGATACTTCCTTTTCTTCCTCCCTCCCAGTGTTTCTGTTGAAATAGCCTGCTTATTGGGAAACTTGCCGATAGGGGGGAAAAAGTGGCACTTGAAGTCTGTGTGCTGTTTTTGAATCAAATTTTGATTCTTTCAGGAAAATGAATGATTAGCTAGCAAAAGAGACTATCTACTGTAGTTGACATTAAAAATGTTGCATATCTGGTAAGGGAGGCATAGTCTGAGCTACCCCATGAAGCTGGAACTCGGCACGCCTGAGTGCGCGGCGCGGCACGACGGGGCCTCAATTTCAGCACCACGGACAGAGCCAGGCTGGGGCTGGCGCCGCTGCCTCACCCGTCCCACCGGCCTGGAAACATGGTTTGGAGCTGGCAGCCTCTTGAGACAAATCTTGTCAGTCTGAATTTACACAAGTGAAAGTCTACCCATGCTGATAGCCTTTCTCTCTGGCCTTGTGAAACGGGAGGAAAATTTAATAGTGCTGACATAAGCGGTTTTTTGAAAGACAAAGCTTGTGTTGGTGTAAATTGCTGTAGCTGTGTTGGCTTCGCAAACTCTGGTTTGATTTATAGCAGCCAAAGATTGGTCATTATGATTGGTTACTCTCACCTAATCCATTCATTTAACCTCCGCTGTCTGTAAAGAAAAGATAGTAAGGCATTTATGTCTCAGCATACGAACTGTAGTTAGGTTTTTTTCACATATAATGGAGGAAGAATGCTCTTTATATCTATTAAAAAAAACATCAGCAACAACAACAACAAAAACCCCACAGTATATGGAAATGTGTTGTGAAAACAAAATGCCTTGGGTCAGTTTTACAGCAGGTACAGACTCACCTCCGTTAAAATTATGTCATGTTGATTAGTTTCTTCAAGAAATACTATTCTATAGTAGCTAAATTCGCATGAATTTACCAGAAAAGATCTAGCTTCCTGGGTGCAGATCACACAATCTACATGTTGCTGAATAGTCCCAGAAAGAGTTTACTAATTCTGTTCAAGTTAGTTATTAAATTGTGCCAGGCTTCCTTTAAAGTATACTTTGAGGCCTAAGAAAATGTTCACTTTTATTCTTGTTTTTAGTGTGGTATGATGCATTTGGTTTTTCCCTTTAATAAATGCATTGTTTTGTATATTTTTAAAGATTTTTTTTTTCAGGTTTTATCTGGAAGACTGTTCAATAGCCAGTTCAGAAAATTTGTTTATTTTTTGTGCTCACCTGTCAAGTTGGCAAATATGTTCTTGCAAGTTCCATCAGGATGAGATGTCAAACAAGGTTATGTTCTAAGTAGTGGACAGTATTTTAACTACCCATATTCCTTTACTTGTTATGGATCACTTGCAGCCTGAAGTCCAGACTGGTCTTTAAAAACTGTCACTGCTAATAGCATCATTTCTGTTGGTGATGAAATTATAACGTGAAGGGAAATTTTTCCAGAAGCACGATTTCATTAAGAACTGAGTCTGCAAAGTGTTGAGCACCCTCAGTTGGAGTAGGAGGTGAGACTGCTCAACAGTTTGCAGGTGGTGCTAGCATTTTTCAAGACTGGGACCAAATGCACTGATACTTTCCTTTCAGACTGCCAAAAATACACAGACATGTACTCTGCCTGACTTCTTCTGTTATGTCAGAGTGCTGCTCATAAAGGTTACAGTTAAAGCTAGATCATGTGTCTGTCACTCAAACCTTCTATTTTGAGGGATATTTGAAATTACTGCAAAAAATATTCTGAATTAAAATTCTGCATGACCTATCTGCCAGAATTTGTTAAATGTTTTATTACAGTTTGAGAAAATCTATTTGTATATTTTTCTCTTTTGTTTAGAGAGGATAAAATTAATGATTTTTTTTGTTTCACTTTGCTCTGCTTTTTGTTACATTATACGCTTTTCTCTGCTTATGCCAGAACTACACTCAATGCATCCAAGGCCAGATTCATTTCTGTTACAGGGAGCTCTGGTTTTCATTGTGCCTGATTCTAGTCCTACATCTTTATTAGTCTGGAGCATCGTCTTCAGGGCTGTGAGATCCAAATCTGACCATTAGGTTTAATAGAAGATTATTGTACAGTGCACATTTATCCTTACAAAAAATGTGGTTTGTGTAATGCGCTGCTGTAGAACCCTTGAACACAAAGCCATTGCAGTTGTTACTTAACTTGTTACTTAACCACCCTGCCACCTTTACCGTGACTTGCTTTTTTTCTGATACATGGTTAAATTATACTCTCTTGGGGCCAGCATTAATACAATTTGCTCTATTTTTCTTTTAACTTGTATTTTTCTTTTAATAATGATAAACTTTATGGGGTATGCTTTCAAATTTTTGTTTTGTAGTGTATTTAATGTTGCATGGTTTTGGTTTTATTTTTGAG
Seq C2 exon
GTTGGGGAAAGTTTGCTCGCTTGACCCGTGCCCTCACAAGCAGCCGAGGTGTGCTGCAGCAGCTTGCTCCGAGTGTGCAGAAAGGAGAGAATGTTCACAAGCACTCACGACTTGCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009877:ENSGALT00000016057:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PD(29.2=70.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]