BtaINT0079546 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000008710 | KCNH1
Description
potassium voltage-gated channel subfamily H member 1 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_776797]
Coordinates
chr16:74160283-74169569:+
Coord C1 exon
chr16:74160283-74160411
Coord A exon
chr16:74160412-74169450
Coord C2 exon
chr16:74169451-74169569
Length
9039 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTTGT
5' ss Score
7.81
3' ss Seq
CTGTCTTCCGCATGCTCCAGGCT
3' ss Score
7.38
Exon sequences
Seq C1 exon
GGACACCTGTGTGGTTCTTTGTGAAAATTGCTCCAATTCGAAACGAACAGGATAAAGTGGTTTTATTTCTTTGCACTTTCAGTGACATAACCGCTTTCAAACAGCCGATTGAAGATGATTCATGTAAAG
Seq A exon
GTTTGTAATTCTGATTTGTACAAATACTTTTAAACCTTTTTTGTTTTTGCCTATAGTGTGACTCTTTGTTACAGAGAATTTGAGGTTGCCACAGCAGTCTCTGAACAAGGACCAAGATTTAAACTTTAATTTGTGTTGGGTAAAGCATTGTATCATTCTTGAATGCATTGAGGGGAAAGAAAGTGAGGAAAAACAGCTTTGGTTAGGAAGGCATTTTAGTCAGTTTCATACCTCTGTAGATTAACCCTTTCCAAGTAGACAGAAGAAGGTAATTGGGCACCTCTGGTTAGGAAGGCATTTTAATCAGTTTCATACCTCTGTAGATTAACCCTTTCCAAGTAGACAGAAGAAGGTAATTGGGCACCTCTGGTTAGGAAGGCATTTTAATCAGTTTCATACCTCTGTAGATTAACCCTTTCCAAGTAGACAGAAGAAGGTAATTGGGCGCCTCTGGTTAGGAAGGCATTTTAGTCAGTTTCATACCTCTGTAGATTAACCCTTTCCAAGTAGACAGAAGAAGGTAATTGGGCACCTCTGGTTAGGAAGGCATTTTAGTCAGTTTCATACTTCTGTAGATTAACCCTTTCCAAGTAGACAGAAGAAGGTAATTGGGCGCCTCTGCTATCTTTGGGACCTTTGCGGGTTTTCACGTGGCAGATGTCAGTTACCCAAATGAGCAGCTCGTGACCACATTCATCTTACTTCTATATACGCTTCTTTAAATTTGAGTTCTAGCATTTTCAGAGTGTTAAAGCAGATTTTAGCACATCGCTACCTCTGTGGTTGATTCAGTCTGTGGCTGGTTAATTCATTGGAAACACGACATTAATGAGGCCAGTGTCTTCGGTAACATTCCCATATGGGTCATTTAATCAGCTCGGGAACCACAGATTTTAGCACTCACCTCAGCCGTATCACATACACGTATTGTTTGAATAACACTGGGGACCTAGGAGAGGAGACAGCTCAGGATTTCTAGAACAGTGATACTCCTGAAGTGGTCCAGCCCATCAGGCTGTCAAACCCAGAAGTCTGGAATTAGGAGGTGTCAGAGCACTCTTTTCCAAGATAGCCAAGAGGCCAGGAGCTCTTTCTCGTGGCAGTATTTCCTGGCTGGGTGGCTGATTTTCCAGCTCTACCTGAGACCCTGCTCCTTGCATTTTCTGAGATGCAGCAGAGAGATAGGTGTGAAGTTCAAGGGAGAGTAAAACTGGAGCATGTTATCCTTGACATGACAAAACTGTGATTGTTAAGTGGCAAGAAAGGAAGAAATAAAAAGCTTTCCATGGCTGCTCCTCTGGGGCTGTGTCCTCTGAGGGCATATAAAGTCCTACCACGTTTGGACGCTCCTTTTTATAGAGTTCAGAGCACAGTGCTGTGCATGCCACTGCATCCTTTTTTTTTTTTTTTTTACTATCTATAGCTCAATAAATCAACAACAGCCTGCCTTTGGGTTTCAAGACCAGAGCAGATGTAAATAAAATCTCTCCACTTGTCTCAGCCTCCCGCAGTCTCCTTTCTTCCTGCAGATTTGTGACTCCCTGATTTCTGGTTTCTGACTTGAAGATTTCTCAGTGCAGTAGCCATCACCGGGTGACAGGCTCACTCGTGATGAGTGTCATCCTGTTACCATCTAGAAAGGCTGTTCGCTTTTTTAACTGGGTAAACACATAAATAGCATTTTAAAGATAATCTGATATTTTGACACTTATTTTTGCAAGTTTTCTCAGAAAAATGTGAACTAGGGGATGCAGTCGAGTCAGAATGTTTTCTTATCATCACCACTGGAACATTTTCAGGTGATGTGAAGGGATTGTTTAGCAGGAAGGGCTGAGTCAACTTAGAGCACCCCCCACGGGGCGGGGGTCCACATGGCATTCTCGGGGAGCCTGAAAGAAGAGATAAATCAGACTGATGCAGGGAGACTCACTGAGGTTTATTTTTCAGGCATAAAATGCTCCACTTCATTTGTCCTGCCTCATTCATGCCTTTCCCTTGTGCATACAAGTTTGTGTACACACACGCACACCCTATTCCCTGTTAGCCAAGGGAACCAGATATTAATTCTCTTTGTCCATGAAATACATAGGAGTAATACGCAGCTTGCTTCCTAAAAATTTAAAATATACACATGTATGCACAGACACACAAGTACACACTCTTTGTCCCTCAATATAAGAATGCAGATAGTGGATCATGTTTAATGTTTCCTCCAAGACAGGACTTTATAAGCCTGTCCACTTCAAATGCTATGGCAGATATGTTTAGACTTTCCCGCTCGTCATGTCACCATGCCCCTGACCCACATGGATTTGGTGGTCTGTTCAGGACGAGGTCAGATTTTATACTAGTCTGTTGATGATGGAAGAACATGATAATTCTCCAGGCCTTGTTCGTTGTAAGTCTATAAACTGCAGTTCTGGCTGCAAGGGTCCAATATAACGGTGGGAAAACATTTTGTAGATGGAAAATACACTGCCATGGGACTGGGTGATTCTCCTGACTTGACATTTGTCCTTGGAAGTGTTCTCACGTTGCGAGATTCCAGCCGGTCCAGCTGCGCTTTCAGTGCAACACCTCAATTAGCATAAAAAGTCTGAGTGTTGGTGACCCAGGCTTGCATAGAATGCATCTTTAAAAAAAAAAAGATGTATTTATTTTTGGCCACGCTGAGTCTTTGTTGCTGCACGGGCGTTTCTCTAACTGCGCTGAGCGGAACGTCTCTCTAGTTGTGGTGTGAGCTCGTTGTGATGGCTTCTCTTGCTGCGGAGCACGGGCTCTGCTGCGTGTGGGCCTCGGTGGTGGTAGCAGGTGGGCTCCATCGTTGCATTTTCTGGGCTCCACATTGTAGGCTCAATAGTTGCAGCACATGGTCTTGGCTGCTTCATGGCATGTGGGATCTTCCTGGACTAGGGCTCAAGCCCATGTACCCCGCATTGGCAGGCAGATTCTTTACCACTCAGCCACCACGGAAGCCCATAGAATTCACTTTTGAGCTGTAATGGAAGGACGGATAATTGAAACCCCCAGAAAATCCCCAGGTATTTGCTCCTTAGCATAGCAATATGAGATGTTTTCCCATTAAAGTCAGCTATGCTTAAATTGTCTTTAAAATGACTTCATTTTTTCTGATGGCTTTGTGCCTAATTTGGGGGCTTAGGAGTGGGATGGGTGTATCCTACAGTAATTTGAGAAGCCAGTTGGTGCCTGACATTTTCCCATGAACAGCCCACAAAGGGGAGAACACATAGGATCATTGGTGATAGACTGTTTTAGCATCTGACACAAAGTAACTCCCCTTTGCGCCTAAGCTCCAATCACGTGATGGGCCCTGGTTCCGCTCTAAGCCCCCTCCTTTATTTAGTGTATCAGTTCTCATGACCCTTTTCATGAATTATCTAGACCCCTGATTGCCTCATCTCTTCTTTCCTGTTTACCTTTTGGCTGTTTCCCTTGTTCTCTGATAAAAAAAGTGCCCACAAATGGCATGGAGCAAGGGGATGAGAGCCAAGCTAGGTTTGCTGTTTGGTAACAGCTCTAGTGTGTGTGCATGTGTGTGTGTTTAAAGGCTGAAGGAGAGAGTAGGTGGGAATTCTTGGTTGAAATGAGACTCAGGGACATGCTGGGGTTTCATTTGTTCCCCATCTCTTGCTTTTCTGTTACTGTGGGTAATTGGGAGTGGGCTGCAGGGTGTTTTTCTCTGTTGAATCCGCCCTTGTAAACCAGGCAAGTGGGTAGAGAAGAATTAGAGTGTAGGGCTCAGAGGTTTTTTCCACATTGTTCACCCCACAATGAGTCACCCCTCTTGTTTGCTCTCTTACCTCACGGAATAATCTCACATTAAAGGAGCGAATTCATTTTCAAAGATCTACACATTTACTTCTAAATTCAGGGTTAAAATTGAGCCAAGAGTGGACAACAAAATGAATGTAAAACTCTGAAGGAGATTTTTAAAGGCCAAAGATATAGAATATTCAGGGAGAAGGCTGACCCTTCTCCACGAGTCTTCACGTGGGGTACATATGAGGTGCTCTCAGGGAAGAGAGAGGGTAATAGATACAAAGCGCAGGACCCCCTCCCCCTTCAATAGTCACATTTTCTCTCTCTGCACTTCGGATGACGGGAAGGTGATGATGTAGTGACTTCTGCTTGAAGAAGCCATCCTAGAGTTTTGGGTGTTGGTACATCGATAGGAGAACGATCTGGGGGCAGGAAGACTTGAGGACCCCTCGGCAGTGTCCGCGCTGTCTGGTGGTCTGCTGTGTCCTTTGTTCCTTGCTGGGTGTTGGGTTATGGCACCAGCTCCTCTCAAGGACCCCGTGGCTCTTCAGATCAGGATGCGCCTGCGTCCTGGCCTCCGTCCCCCAGGGTGCTTTCAGGAGCCTCTGCAGCTTCTGTTCCAAGCGCCCCCACGTGCTTTCCCAGGGAGGGGCCTCTAGGTCTGTGTTTTCTAGTATCTCTGGACTTGCCCTGGGAGGAGCTGGAATTTCAGCTCCTCTTAGAACCATCTCTTCTGGCCTAGGGAGGATACAGGGATGTATGGGCTAAAGCAGCCTAGTGGGGGACTCACCCCAGCTGAAGCCAGTAGCCAGTGTGTGTTCAAGTAAGGGAGAGAGGGTTGTCCTTACTGAGAATGGAGAAAGGACTCGGTGAATACTTTCTAGCTGCTTGTTAGATTGTAAACTGCGTTCCCCTTCTCCTGTCCTTCTCCATTCATGCTTCCCCCCGCCTCCTGTTCACCCTTCTCATCTTGCCTGATCGTGTGATGCTTTGATCACCCCCTGACACACCCAGCCCTACCTGCCATGTGGTGACCTTTAAGACAGAGCTAGAAGAACCCTGAGCTGGGGATTTCTTCATCTGAGCTCAGTTCCCTGTTGAACTCCCAAATGGGATATAATTGGAAGGGTGGGTGCAGAAATACCTCCTAAAACTGAACAGAGTTTGTAAAACAGGCTACTTTTCCTTTGGGACTTTATGTCTATTGGAAACCCAAATAGAAATAGGACAATGGGAGAAAACAATTTGTTCGTCATCCACGTTTATTCAGCATACACATTTACTGGGTGTCTTTGGGGATGTTTAGCTTTATGATCGACGCTGACCCTAAGGAAATGTAAGACAGAGACCCTGCTCCTTATAGTCTATTTGGGAGATGGGCAGACAGGTAAGCAAATAAGAACAATGAAGTCTAACCAATAATCTAATGGGAGTCTGCCTAAGGCAAATAGGTACATGGGCAGGAGCCGGTGATTCGGCTGGGGGTAGGTGGTGTCAGGGAAAGGCTTCCTTGAAGGCAGAGGGTCTTCCAGCTGCCTTATTTTCCTTGTGGAAGTGACTTCCCTTAACAAGATCACTTTAAGCTCAATTCTCATTGAGTTATTCTCTCCCAGCTGGCCCCTCGGACAATAGGAAATTGACATTTTCCAGCAGTGTTTTTCCTGACGCTCTGCTGTAAGGGACATTGTTGGTTCAAATTGTACATTTGTCTTCTACCAAACCCATTTTCTTCTCTTCTGTGTTTTCTTAAAATTTTTATTGACGTATAATTACAGTAGTATGTAAGTTTCAGGTGTACAGCAAAGTGATTCAGGTATATTAACATATGAATGTATATGCATACATACTCTTTTCAGATACTTTTCCTTTATAGGTTATCACAAGTGAATATATTTCCCTGTGCTGTACAGTAAATCCTTGTTGTTTATCTGTTTTGTGTATGGTGATGTGTGTCTGTTGATCCCATACTCCTAACTCCTCTCCGCTGTCCCCTTTGGCAACCATAAATTTGTTTTCTATGCCTGTGAGTCTGTTTCTGTTTTGTAAATAAGTTCATTTGTATCTTTTTTTTTAGATATGACATCACATAAGTGACAAGTGATGTCATATCCTTGTCTGTCTCAGTCTAACTCACCTTCTCCCATGTTTGCAATCTTACTGTATGGCTATCACCCCAGTCACCCTAACCGGGGACCCAGGGCCCACTTGGATCGCCTCCTCTCTCCTTCTGCAGTCATTGCTTCTGCCTCTGCAGCTGTTCTCAAATCTCCCCTTGTCTCCTGGCTCAGGCCACAGCACTGGTCCAGGCCCTCATGGCGTCTGGGATTCTGATTGGTCTTCTATCTGTTAACCACTCCCACACTGCCATTCTCTCCTAAAATGGCCCCACCATATTTAAACTCCTTTACTTGCCATCTAGGTTCTCGCACTTAAGTTCTTCTTGGTCTGACCCTTGACGACCTCTTTAGCATCACTTCAGGCCACTGCCTGCATTCTCCTCCCCTCTGCATGCCATGCACCATTCATCTAGCTATTTAGAAGCTCTTCCTTGTCACTGACATGTTACTCTGCTTTGTGATTTTTCTGCCTTCGTGGGTGCTGTTCCTTCTGTGTTGAATTGTCTGTCTTTTCTTTCCTGAGTTCAGCTGGCTCCTACTCATCTTTGCAAAGTTTGCTCTAGTATCGCTTCCTGTGGGAAGCCTCCCTGATAGCCCAGCCTGGATTTGTTATGCCTTCTCTGGACAGTTTTGGCCATAGCATCCTGTACTCATGTGTTGCAGAATTTAGCTTACTATATCATGGTTTTTAATTTACTTATCAGCTTTCTGTACTAGAATACAAGTCCTTTGAGGCCAGAATCTGTACCTTACTCATCTTAGCATCCCTGGTACTTGGCACTTTGATGGTACATAGTCGTTATGTTTGGAATTAATATGTGAATGAATGATGTTCTTCCATCTGGCTCGGCATGATTCCTATTATAAAGTTTTTGGGGCCCAGAAAGAACAACTTGGGGGTGGAACTTGGGAAAGGACTTATTGCCTCCCTTCAGAAGAGGCAGAGTCTGCCCGTCCCAGTAGAGATGCGATGGAGGGTTTCATGCTGCCTGTACGTTTCCCCATCCAACACCCACTCGCCTTCCTGTGCCCTTCACAGTCAGTCGAGAGCAGAGAATCAGGGCTAGAGTGAGGGACTAGCTTGGGCCTGGGGAAATGCCCAAAAGTCCAGGAATCTTTCTTTTAATGTTTTGTGCCATGCTATCGGATGGACCAGGATCCCAAGCCCTGCCAGGCAGGGTCTGGGATATCTGCCTTGCCAAGTCCCTCTTATCATTGGTCCCAGAGTGCAGATCATGGTGGAGGTGGTGGTGCTGGTGGATGGGTAGGACTGAGTGGGGGGTGTGCAGAGCCCTTGCTGATGTTTACATGCACAACTATTTTCCCCCCACCTGGAAAATATACTTTCTTCTCCTCTTGAAGAGCTTTGCAGAATTCATTTCCCGCTTTGTTTTGAGCTGAAGGTGAGCCTGACTCCGAAAGAGACTTTAAAATATTCTAGCCCATGGTTCACACAAGCGAATTCCAATGAGCACTTTCATAAATGGCTGATTTGGGGGAAGATGTCAAAGACCCCTGGAGAGTCTGGGCTGTCCCCTCCTGTCAACACCAGCAGGACGCCCCGCAGCCCGACCACCGTGAGCCTCTTTTCACACTGACCCCAGCAAGTCCCATTTCTTAATGGCATTGGGATGGATGAAAATGCCACTACCTTTTTTATAGCCCAACACTTCTGGAAGAGATAAAAAGACCTGATTTGCTATTCTTGCTATATTGACAAAAATTTGTACAGATTATGATCCTTAAAGGTTGTGCAGAAAAAAAAAAAAGAGCCATCATTCTGGTTGACTCCATTGTCCTCTGAATTCTCAGTCTGTCTTGGAAAGGTGCTCCAGGGTAAAATGTGGTAAATGAGATTTCTGCTACTAGGCAGACTACTTATAACCTCTAAAGGATAAAATATAATATTGCCTAGTCTTGCTTTTCACTGTCATCTAGAAATAGTTGCATGCTCTGTTTATTTAATGTACACCCCCATCCAGGTCTTTGGCGCTTCCTAGCCCACGCCTGGTTTGGAGAACCCCTGCAGGCTTTCAGGGGTCTCATGAGACAATTGCCGTGGTCATAAGCTTGATGCAGAAGGCTTGTTGGATGTTGGAATGGACAGTTGTCTCTGGGGACCTTTAAAACATCCCTCATGCATCTTAAATTCTTAGTAAAGATCACTTGTTCATTTTTGATTTTGGACTATGGAGTGGGAGGATTAGAAAAAGACCAATGTTTTACTTCCCCTGGAGGAGCTAGTCCAAAGGGCCAAGGAGGCCTCAAGACTGTTTGTTTAGTCCACTACTACTCGGAGTGCTGAACTTAGTTTGCTTTACCAGGAAAATGCACCCTGCACTTAGAGCGTGCAGGTTGAGTGTTTTAAGTTCCACTTTACAGATGAGATAACTGAGGCCCAGGTGACTTAAGCAATTTGTTGGTGGTCACAAGCAAGCAGATTTGGGACTTATATCCGTATTTCTTTACTCCAAGTTCAGTGCTAGGCTCATTGAATTTCTAGTTTTAAGGGGACCTACATGCCATCAACTATCCTTCCCTAATCCCAGAGCAGACTAAAATCAACCACTATTATCTCCCCACCTCTCCAGGGGTTAAATTCATTTCTTATTCCCCCTGGCTTTGGAGAATGTAGTACATGGAATGACCATTTGTCTAGCTTGTCTAGTTATTTAAAACCTAGAACCAGCTTGGTCTCTGCTAGGATCAGACGCCATGGGGCTTGCGGACAGCCTGAGCCATAGATTCAGAGAAACATCTCGATTGCCTGGTATTATCTGGCAGAAAAGCCTTGGGCCAGAGTAGAGTGATCTGGGTTTTAGACCCTTTAACTGCCTAGACACTCTGTGCCTCGGTTTCCCTATTTGTAAAACAATGCTACTATTAAAGCCTGCCTTCCCTACACCACAGAGCTATGATTAGGATCAAGTGAAAGTACAAAGGAAAAGCCCACCGCTGCCCAGATTTCAGCATGTCCAGGGGCTTCTCTGAGCAGCAAGTTTTGATGGCGAGGATGGCCGAGTGACTCATGGGTGCACAAGAGGGTGGAAATCTGCATCTGATAGCGTAACTCGTGGTGTAAATGTCCAAGTGCCTCCAGGACCCAAGTGAACCTGTCTCTCCTGTCTTCCGCATGCTCCAG
Seq C2 exon
GCTGGGGGAAGTTCGCTCGGCTGACCAGAGCACTGACGAGCAGCCGGGGTGTCCTGCAGCAGCTGGCTCCCAGCGTGCAGAAAGGCGAGAACGTCCACAAGCACTCCCGTCTGGCCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008710:ENSBTAT00000011477:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PD(29.2=70.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development