GgaINT0086962 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009877 | KCNH1
Description
potassium channel, voltage gated eag related subfamily H, member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6250]
Coordinates
chr3:21690147-21698851:+
Coord C1 exon
chr3:21690147-21690275
Coord A exon
chr3:21690276-21698732
Coord C2 exon
chr3:21698733-21698851
Length
8457 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTTGT
5' ss Score
7.81
3' ss Seq
GTTTTGGTTTTATTTTTGAGGTT
3' ss Score
4.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACACCTGTCTGGTTCTTTGTGAAAATTGCTCCAATCCGAAATGAGCAGGATAAAGTGGTTTTATTTCTCTGCACTTTCAATGACATCACGGCTTTCAAGCAGCCCATTGAGGATGATTCATGTAAAG
Seq A exon
GTTTGTCTTGTTCATAATTATATATTTATTCTGCTGTTTTTCATTTGCCCTGGTCTTGAAAAAGCTGAAGTCCTTTAAATACTTAAAGACTTAAAGCCAAAGGATTAGACATTAAAATAACTTACGTGAAGCCCCTAGTGGCACAGCTGTGTGAAAGGGATCGCTGCATTGATTTCCTCTGGGAGTTGGCTCTGGCCTGAACTGAAACAGGTGATTGCTAATGAGACCCCCAAGTGCTTTAGGAAGCAGAGCTTGCTTTGCAAATAGGTGCTGTTCTCCATTTAAAATTCGTTATTAATCCCCATACCAGCATAGACTTCAAGTAGTCACAATGATGCTTAACTGTCTCTTTGATCTTGGAGGGAATTGAAGGGTATTGGGCCCTGCACAAATTGTTTATGACACCGTATGCAAAAATGGAGGTATTAATCCTGTCTAACAATGATCTGAATAATTTAATTCTGCCTGGCTTGACATGACTTAGCATTCTTATAGAATTGAAGTTCAGGACTAGTTTTTTTCACATCTGTGAAAATACTCTCATAGTCTTAAGTTGAATCAGGTTCAAGCTGTCAGGTTGAGTGAAGTAGAATTACTGTGTTTTGCTGTTAACCCTTTGCTAAGTTACACCCTAGAAATCTGGAAGCAAACTCAGCTGTAAGAGAGGCCATAAACTTGTACTCAGATTCAGATCCTGACAGAATTAGACCTTTTGTACCCACATGTAGAATTACAGAGACTTGCGTCTTCTGGGGTGAATAAAGACGTAAGTTCTCCTGTTGTTTGCATTTTTGTAGTATTTAATAATATTTGTAGTATTACATTAAACAGGAAACTTACTGTGAAGGTGAATTGATTTACATTTATTCTCAAAATATTATTCTTTAAAAATGCAGTTGCTCAAAGTGGAAACACCTGTTACCATGAAAAAGGAAGTACAGCCTTAACAAACATACCCTCTTCCAAGTTATGTGGGTTATTTTTTTTCCTTTTGAATGCTATTTGTTTGGTTTTTTCAGTGCTTTAGTAAAACTAAAAAATGTATTTTGTTGGAAAAATTGGGTCTACACTATTTTTTTTCCCTGCATGGTTGTCTTCACTGTCCTAATGAGGACTGACAGCAAAGATAAATCAACGTGATGCAGTAAAGCTGGCTCTCATTTGTTTGGTGAGAGTGAAAGCCGTTACTTCATTTGTTCAGTTGATAAGCAGGGCTTTCACCCAGTAGTGGTAGCTGTGCCTTTTGTCTTTGGTTTTGCAGAAGATCCTTAGTTGTAGTGGTGACTTGTGCTCCTGTGAGAAGAGTTTGTCCTTCACTGTCAGAAGAGGGAGGTGCTACAACTTTTTTGTTTTCAAGAGAAATATGCTGAAGAAAGAAAACACAATTTTTTATCATTATTTTTTAAATTTCCTTTGTTGGATCTTGAGATCATGCTGTTCTTACAGTGATCTTGGTAATTCTTAGCAGTTCCATATCTAAAGCAATGTAATGCAAAGATTAAGCCTATTTACAAGTGCACTAACTTGTGGAAGAGTTATGATTTGTTCATATGGCCAATGGAAAGTTGCTAAGTGTTTACTGAGAGTTACAGACAGAACAGAAGAACTGGACCTATTGTTCCGAGGCCACTGAGGCAGAGCTCTATACATGTTGCTTAAGTGTTGCTGCTATGTATGGAACAGTCTGTGTACTAAATAAGCGTTGCAAATCTTATTTCTGAATCTCCTAAAATTGATGAAGTTGCACCAGTTTCATGCCAACAGAGTTCCCTGTTGCTGTGTACGCAAATCAAACACGATACAAATGAAATCACACGTTCTATTCTAATCCTTAATTTATTCCTTATGTCTTCCTCTCTTCTCTAGATTACTTCCTGTAGGCTAGCTAGGCTAGCTTTGGAATTTTGTGTGTGTACTGGGTAGGTGATATTGTGTCAGTCATTTGGTGGCTAGATGAGCAATTCCTTGGAAAAGAAGAGCTAATTTGCAAAACAGAATGTCATGTGTGTGAATATGTCTCTAATATTAGAACTCACTGTGCCACTGGATACTGTGAGGGGGAAAAAACAAATCTGGAATATTAGACAATTGATTGTCTGCAATGAGTTCTGGGACTCATGGAGGGGAAAAAATATGTTGGAAGTTCTAGGAAAAAAAAAAGGCAAAATTATATTAACTGCTTCAAAAAATCATTGCTTTTACAGACCTGAGCTTTGCAGAGAACGCGTTCCTTGCACGGTATACAACGTTCCATTGGAAATTTGTAGCATGTTTTTGAAGGGCAGCAATTCTCCTGGAAACATTTCAGGATAATGGAAAACACATGAGCTCCTGATCTAAAAATGCAACACTCAGAATTTACATATTAATTGTTTTTAATTTAAACTGAGAATTGATTGCTAAATCAATTATTTTTCCATTCTCACCTTCAGTCAACTTTTATCAACTACTCCTTTGCTGTACTTCTACGTAAAATCAGTTTGCTGTGGATATGACTAGTTAATATCTGCTTGCAAATGCAGATATTTTAGCATACGTGCTATCTACATAGTTACAGGGTGGCACGGCATGAAGCATTTCTATTCTTCAAAATCAATGCCTGTATGTCTTTGTAGAGAAAAACATTATGTAGTGCAGGAACATGGTTAAAGAACAGCTTATCAGTCAGGTTGAGCCTCCCTAGCTACAGTATATCTTAGTTTCCTAACACCTGCTGGCAACATCATGCATGATTTTTCAGCTGAATGATACAGTCACTCCGTAAGTGTGAAGTGTTGAGCTCTAATGACAGGTGATTGACCAGTACACAAAAATTAATAGACATCTTTTATACAAAGGTGACTCAGAGAAAGACAGAAGGTCTCAGTACTGTTTTTCATTCTTAGTCCATTTTTTAAGATTAATAATTTCAAAGATTGGAATAGATGAAACAATGTTTCTAAGGTCCTGTAAAAAAAAAATAATAATAATTAGGCTTCTAATTATAAATCTCTGTTGTTTCAGGTAATTCAGTAGATATTTATTTTATGACTGCAATGGGAGTTAGTTAAATTTGATTTTAAATGCAGGTACTTTAGAACAGCGCTCATTCTAAATAAAACAAAAATAGTGTGTCAGTGATGGTGCTGATATTTTTTAAAAAACAGCCTGTTTTCATCTTTCCCTGCATAGTTGCCCCTTTGAAAAAAAAAAAATCAGGAAAAAATATTTACTTGAATAAGCAGGCAAAATCAAGTGATGTCATAGCTAAATTTGGCCTGGGAAGTGATAGGTCACCTTCTTAGCTGAATTTCAGAGTATATGCAATCAATGTGTTTTGTCTGTATGTGTCTTGTTTTGATTTGAGATCTAACACACCAAGTATGAGACATTTGAGAATAGTATATAAAGTGGAATGCATCACTTTACAAAAACTGTAGCTTGTTCAGTTAAACAGAGTCTGAATGCAGTCTGAATAGTTAGTAGGAAACAGGTTTTGCATGTGTGAATGCAATGACGACATACTGAGAGTCATCTGTGCTGCTGTATAAAAGTTTGGGAATTATGCTTTGGAATCCAATTTTTCTTGGTTTTAATTTTTTTTTCCACCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGGAAAAAGAAAAGAGGAAAAAAAAGAGGGCCATCAATTTCAACATCACGGAATTATATGGGGAAAATGGTTGTTGGTCTCTTAGTTATTGTAACCTCCTGTGTCTTGTAGCCATCATCAGTTATGTCCTTTACAGAAGCTCTAGTTGATTTTGCAGGTAGGCTGTCCTTTGCATTGCAAGCAAGGTACACAAAAAATAGTATTTTGATTGCTTCAATCTTTATTCATGGAAAACTCCAACCTGATGTTTTCTTTCTTATTTTTTTCCCCTTTTTGTTTCTCCTTTTTTTTTTTTCTAATTTTTAGTTCTGTTTTTAAATATGTATTTATAGGAGCAAAGCCAGTGTTTGAAATATTTTGATTGTTATACTTTACTTTCATCTAGATAAATTGGTGTCTTAAAAAGGAAACAAATGAAAGGGAAGCAGTGAGTATATTAAGAACTTTGGTATGCTTTTTCACTCCAGATGGAAAAAATAACACAATTTTAGTTATGATATTTTAAAGGGCAGGAGCATTCAGACTGCAGAGAGGTGTGATGGATGTAAGCGGGGAACTGTGACATGGAAGAAAACAAAGGTGGTTCCAGTGGAGGAGATAACTGCTGGAATTCAGATTCACTTGCGTTTACACATTTTTATGTGATCAATAGACTCGTGGTTAAAGTAGCTTATTCTCAAGTGGGCTATGCCTTTGTGTTCTAACTCTAGGGACTGTGTGAGTTACAAAAGCAACTTGGTAACAAGGATTCTGTAACTGCCACAGTAAATAATGTTTGAATTTGTGATTCATCGTTATCAAATTGAAGGTATTAGTAGGTAATAAATACTTACCTGAGATAAATAAGAAATGTGTTGTGGATTCACAAAATCACAGAGAATTAACAGCTCATGCTCATCTCAAAATAGAGAAAATTTGTTTCTTCTGCTTGAGAGGGTTGTTACATGAAGCTTAATGCATTAAAGAAGAGAAGTCTTGATGCATTAAATATCCCAAAAGTGTGTTCTGATGCCACGTTTCCCCACGAAACAGTGTTCAGGAGACAGCTTTTGTCCTCATTGGTAGCCATCTTGGATGTTTTCAAGAGCAGCTTTTACTTAGATTTTTACATTGAAATAGTGAAAGGCTGAAATAGCATCAAGGAATGTGGGACAACTGGAGTTGGTCTGTAATCCTGAAGGCTCTTCATCCTTTTGAAGCTGAAGACATTCTGATTGTTTTGCAGAAAACATCATGTAGGGATGAAGTGAGAAAGGAGACCAATCAGTTATGAAAATAGGTTAAAATCAAAGAGAGAAAGAAGCACAGGCAAGCACAACCATGAGGGTGGCATCCAGCTTTATGTTTTGTTCCCAAATTCTAAGCTGTCCTCTCTGGAACAGCATGAGTT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Seq C2 exon
GTTGGGGAAAGTTTGCTCGCTTGACCCGTGCCCTCACAAGCAGCCGAGGTGTGCTGCAGCAGCTTGCTCCGAGTGTGCAGAAAGGAGAGAATGTTCACAAGCACTCACGACTTGCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009877:ENSGALT00000016057:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.013
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134261=PAS_9=PD(41.3=70.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]