HsaINT0116411 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000162631 | NTNG1
Description
netrin G1 [Source:HGNC Symbol;Acc:23319]
Coordinates
chr1:107979287-108024475:+
Coord C1 exon
chr1:107979287-107979421
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr1:108023233-108024475
Length
43811 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
CGAATGTCTGCGACAACGAGCTCCTGCACTGCCAGAACGGAGGGACGTGCCACAACAACGTGCGCTGCCTGTGCCCGGCCGCATACACGGGCATCCTCTGCGAGAAGCTGCGGTGCGAGGAGGCTGGCAGCTGCGGCTCCGACTCTGGCCAGGGCGCGCCCCCGCACGGCTCCCCAGCGCTGCTGCTGCTGACCACGCTGCTGGGAACCGCCAGCCCCCTGGTGTTCTAGGTGTCACCTCCAGCCACACCGGACGGGCCTGTGCCGTGGGGAAGCAGACACAACCCAAACATTTGCTACTAACATAGGAAACACACACATACAGACACCCCCACTCAGACAGTGTACAAACTAAGAAGGCCTAACTGAACTAAGCCATATTTATCACCCGTGGACAGCACATCCGAGTCAAGACTGTTAATTTCTGACTCCAGAGGAGTTGGCAGCTGTTGATATTATCACTGCAAATCACATTGCCAGCTGCAGAGCATATTGTGGATTGGAAAGGCTGCGACAGCCCCCCAAACAGGAAAGACAAAAAACAAACAAATCAACCGACCTAAAAACATTGGCTACTCTAGCGTGGTGCGCCCTAGTACGACTCCGCCCAGTGTGTGGACCAACCAAATAGCATTCTTTGCTGTCAGGTGCATTGTGGGCATAAGGAAATCTGTTACAAGCTGCCATATTGGCCTGCTTCCGTCCCTGAATCCCTTCCAACCTGTGCTTTAGTGAACGTTGCTCTGTAACCCTTGTTGGTTGAAAGATTTCTTTGTCTGATGTTAGTGATGCACATGTGTAACAGCCCCCTCTAAAAGCGCAAGCCAGTCATACCCCTGTATATCTTAGCAGCACTGAGTCCAGTGCGAGCACACACCCACTATACAAGAGTGGCTATAGGAAAAAAGAAAGTGTATCTATCCTTTTGTATTCAAATGAAGTTATTTTTCTTGAACTACTGTAATATGTAGATTTTTTGTATTATTGCCAATTTGTGTTACCAGACAATCTGTTAATGTATCTAATTCGAATCAGCAAAGACTGACATTTTATTTTGTCCTCTTTCGTTCTGTTTTGTTTCACTGTGCAGAGATTTCTCTGTAAGGGCAACGAACGTGCTGGCATCAAAGAATATCAGTTTACATATATAACAAGTGTAATAAGATTCCACCAAAGGACATTCTAAATGTTTTCTTGTTGCTTTAACACTGGAAGATTTAAAGAATAAAAACTCCTGCATAAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162631-NTNG1:NM_001113226:7
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.013
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=PU(80.0=95.7),PF079748=EGF_2=PU(5.6=4.3)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(18.2=13.0),PF079748=EGF_2=PD(91.7=42.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)