HsaINT0122133 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000138735 | PDE5A
Description
phosphodiesterase 5A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8784]
Coordinates
chr4:119494395-119501253:-
Coord C1 exon
chr4:119501170-119501253
Coord A exon
chr4:119498739-119501169
Coord C2 exon
chr4:119494395-119498738
Length
2431 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATTT
5' ss Score
7.63
3' ss Seq
GCTTTCTTTTTTCTCTTTAGGCC
3' ss Score
11.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GATCTAATGAACAGGGAGAAGAAAAACAAAATCCCAAGTATGCAAGTTGGGTTCATAGATGCCATCTGCTTGCAACTGTATGAG
Seq A exon
GTATTTATATGAAAACTACTAGACTTGCTAAACTTGGACTGTTGTGAATTAGAACCTAAAATTGAAGAGATTAATATTAGGCGCCTATATTTTGCTTCTAAATCAAGAAATAAAATTATTAGCAGTATGGTTTCTTTTACTGATGAACATGTTTGTATTGAACAAGGAACACATACTAATATCTATTGAGTGCCTACTATGTGCTAATCTCCAACAAATTGATTTGGGGATGCTAAGAAGAATTATGTGCCAGTGTTACCCTCAAGGAGCAATACTGTATATACTATGCGTTAGCATATTCTTTTTTTAAGTCTAAATTTTAGCCTAAATAAAGAAAAGTAATCCAACTTTTTCTCATTGTCATAATGTGGCTTTACTCTAGTTATAAAAATTCTTCTGAGATTAAAAGGAAGGAGGTAGAATATTGCAGGTTCCCATTTCCACGTATCTGCTGGCTTGGCTTTTGGAGGGGGGGTGGTTATTGTAGGCAAATAGATTCTCCCTAAAACATCTAACTTATTAGTTTAGATGTTTATGACTCAAATGCAGAAAGAAGAAGTTGTCTTTGTCTTTGAAGGTTTAAACGGAAATGTTTTAAGTTTTAATTATTTGGAAAAAGAACATTTGTCATGGAGTTATCATAGAATGTCAAGAGCAGAAAAAAAACCTAGAAATATTCTAATCCAGATATTTCAGATTTAGTAATTGAACTTGTAAAGTTCATCTCCCAACGAGACAGACTATTTGCCCCAAACAGGTGGTTAGTGGGAGAGGTGCATCTACAGTCCAGTTCTCACTCCTACTCCAGGATTCTCGCCATCAAAAGAATTTAATATAAAGAACTGTGGCTGACAGGGAAAGGAAGGAGAGATACCAAAAGAACCATGGAGAAAAAAAAAAAAAAAAACTAGGTGTCATGTGCCACTGTCGTCTCCCTATTTTTCTCAGCATTCTACTTGTTTACTCCTTTGTTCAAAGCTCTTCCTCAGAAGTATGAAGTGTGTTCAGAGCATTGTTTCAAACACTTGGACATCTCATTCTTTCCATAACAGTTGCTTTCCTTATTGATTGGATTAAGAGTTTCTCCATTAAAAATACTAATGGCTCTTTTGAGTTTTCTCCATCCCTGTAAATACAGTCAACATAGTAATCACCTATTATAGATGTTATCCTTCTACATTTATATATATATATATACACACACACAAGGATTCATTTTATTTGAATCTGCTGTTGAAAATTCTATGTGATACTGACAAGTATTTTTAATATTATTACAGAAATAGTTATGTTCTCACTATAGAAAAATCAGAGGCCGGGCATGGTGGCTTACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCAGAGGCAGGTTGATCACTTGAGCTCAGGAGTTCGAGGCCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCCCTACAAAAAAACAGAAAAATTATTTTCTATTATAAGCGCGGGTGTGGTGGCACGCGCTTGTAGTCCCAGCCACTTAGAAGACTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAATAGGGGAGGAGGGGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAATGGGAGTGGAACCCTGCCCTAAAAAAAAGAAGAAAAAGAAAAATCAGAATTACTGAGAAGCAAAAAGGAAAATAAAACCAGTTACAATCCATTACCCAGAGAAAACTACAGATAACATATCAATGTATATGCTTTATGACATTTTCATATACTTTTCATTTAATAATTCAGTAATTGCCTTTTGCAATCCATAATGTCATTATATCCATATTTTATGTATCAAATGTGTTTCTGTGAGGTTTCTTTTTATTTTTTTATTCTGCGGGAGGTTTTACAGTGACAACCTATTGTTGGGTATTTGTCATTTTAAGTGGTTCACTATTAGGAAGAAATCTGAAATGAACATTCTGGTGGCTAAATATTTATGGCACTATAATTGGTACATAATAATGCCACACCAAATTATGAATCTTTATTATAATATAATCCTGGATAAAAGCCTATTTAAGTACATTGTATGAAACCATTCCCTAGAAAAACGCAAAAACTAAGCAGTTCCCTGATGCAGTCACACTTAGGAAGAGCCAACTGTACTACATAGAAACAAAATGTCTTTTTTCCCCTAAAAGTGGATTCCACACAGATCTGTCTCCCTAGCACAGTAATGTTATTTTGGAATGTGTGTGTTTGCTCTGTCCCTCAGCATGTACTCCTTATCTGTAGTGTTTTAGAAGAATCATGTGTAAATGATCTGTGTATGTGCTCACAAAGCTTGTGAAAATTTCAACAGTGAGTCTGCTTATGAAATGAGTGTGGGATGTGGCCCTTTGTAACAGGCCTGTGGGAGAGGACTTATTTCCTGGCTTCTCTCTAGCTGTTTGCTTTCTTTTTTCTCTTTAG
Seq C2 exon
GCCCTGACCCACGTGTCAGAGGACTGTTTCCCTTTGCTAGATGGCTGCAGAAAGAACAGGCAGAAATGGCAGGCCCTTGCAGAACAGCAGGAGAAGATGCTGATTAATGGGGAAAGCGGCCAGGCCAAGCGGAACTGAGTGGCCTATTTCATGCAGAGTTGAAGTTTACAGAGATGGTGTGTTCTGCAATATGCCTAGTTTCTTACACACTGTCTGTATAGTGTCTGTATTTGGTATATACTTTGCCACTGCTGTATTTTTATTTTTGCACAACTTTTGAGAGTATAGCATGAATGTTTTTAGAGGACTATTACATATTTTTTGTATATTTGTTTTATGCTACTGAACTGAAAGGATCAACAACATCCACTGTTAGCACATTGATAAAAGCATTGTTTGTGATATTTCGTGTACTGCAAAGTGTATGCAGTATTCTTGCACTGAGGTTTTTTTGCTTGGGGATTATTTTAAATAATTGGTTTTTGTGTTTTCTGAATTACCATTTTTTCAAGAATGTTTGGAATCTTTCCTTTTTCAAAAGTAGGTTAGGAGCAAATTATCATACATTCTGTGACATTTAAAGCCTTTATAGGATAGTGAAAAATGCTGGCTGAGTGGATTTTAAGAGAAATAATTGTATTTGTTAACAGTGTCTTTTTTTAAAAAGTTAAGGCACTCTGAAACAAATGGAAAGTCCTATGAAACTGTATTGTAAAGAAAACATTATTTAATTGATATGCTGTTTTGTGAGAGAACAGGCAAGACAGAACTTTGTCACTTCAGTGCAGTACATTTTTCTGAAAGCTACCCATAAAATCACTTTCATCTCACCTACCTGATGCAAAGCAGGTGAAACCTTAGGAGATGATCCAGTCACTGACTTGATTGAGGGATAAGTGTGATTTAGAAATGGAATGGCCTTGGATGTCTATCAGTGAAGAAAAATGTTCTGTTAGAAGATCTCTCTAAGAGTTTTTTTCCTTCTGAGCTTCCTTTTCAAAATAAAAGTGACAATTGTAGCATTGACTTGAAGTGAGACATGGTTATAGATAAGAGAGTACAAAATGACTCTTTTTCCTGTCAATTGAAATTTAAAGAAAAGTTTTAATTATATAAATAGCAAAGGGCTATTGCCAATACTAGGGTCAAAAATGAATTTGAGGGAACAGTGGGTAAGAAACTTTATGCCTGAATAACATTTAGCAGTATTGTGATTGAAAAATTGCCATATTTTGATGTATAGGACAAGTCAACTGAGATCCAGAGAATCCTGGATGTGAATGCTAAACACTGGCCCTTAACTCACATTCAATGTATTTTCTTCCCATAACATTTAGTATAGTTAATATTTTCTTAGAATTTGAGCCCATTTAAGTGGATTAATATTCTACATGTGTGCCCCTAAAGACACATTTACTCAATATTGGAGAAGTAGATAATGAATTAAGCAACTGGTCTAGGAAAGGAAAATTTGTTTCAAATATGCAGGAATGTTTGGATTTGGGGAGAGTAGAAGGAGAGATTTGCTTGATTTGTTAACTTCTACCTCCAACCCACAAAAAAGATATTTGATCTGAGTTTCTATCACTAATTTGGATAGAAAATTTCTAAGGGACATGGTAATCCAGCATTCTCAAGGACCTTTCGCCAAAATGTGTTTTCCATCTATGTCCCGATTCCCCTAAATTTTGCCTAAAATTCAGTATGTTCCTTAAGTTTTTAAAATTCTGAGTGTGTACAAATATCTTGACATAATGCAGTTTTATTTTTATCATTCTGGTAAAAAAACAAAAAATAGAAGCAAAACACATTGTATTGCCATTATTTTGTATTTGGTAAAGGTTAATCTAGGAAGTTACCAACTGTTTAATGCTATATGTATTGTATACTTGTATTTTCAGGATATTTTATTTTTTTTGCCATACAGATAAAATTTGTAAGGTTGCCCCTTTGTGGCACTGGTGTGTAAAATACACAGACTATCACTAAAATAATAGTTATATATACATACAGGTGTATACTTATGCATGCATACATAAATCCTTAGTATAGAAAAATTGCATAAAGAATAGCAATCTTTAATAAACCTTTTTATTACATTGTGATTTAGCAGTTATGCTAAAATATGTACTTATGCTTTAGTAGTTTGTTTGGTCCCCTCTAGTATGTGTCACTGAGAAATTTTTTAAAGACATGGTAGATCGTGTTTAGAGGCTTTGTATGTGTGTCATTTTAATAAGCAAGAAGATATATTTAGATTAGAAATGGTTTGGTCTGCCTTTGAATATTGTTTATTTTACTTTACTAGTTGAGACATTAAAGGAAGCTGGGCAATGCCTATTTTATTTCTTTGTTGGATATTTTAGTTCATACAAAGCAGAGTACTTCTTTAGGGCTGGTTAATTGGTTCAAATAATTTTTAATTTCCTTTCTAGTATCTTCTCAAGTTGGAAAAATATACATACAGTCCTCCTTCACCTTACTCTGTATTTATATTACCCATAACTAGCAAGAAGTTCTTGTTCTAGATTTTTTGTTTGTTTAGTTATAACAGAGTAACATACCATTTAATTACAATTTTTAGCCAGAAAAGTCCCCACTATTTTACTAACTTGTTAAAAGATATCTATATAATTGCCTGGCCTTATATTTTTCAGTAGATTAGACCGTGCCAATCACAATCCTGGGTGGATTTGTGTAAGTCACTTAACCTCTGTGTGCCTAAACAAGTTGTGCTTTTTTAAAAGGAGTTATGTTTGGGCAAAGCCTTTGTCTTCAAGCAGAATGTCACAGAAGGCAGCTACTTTATAAGCCCCAATGGGCCATGGAGACCACTGTCAGAAATGGGATATTAGTCTAGAGAGAAGGTGATCTATTCCCACATGTCATTTCTAATGTTGAGTTTCCATGACTGAACAAAGAGAATATATTTATTCAGCTTCACTTGCAGATCACTAGTGAATGTGAGATTTAGAGCTCATTGAGTATATTGCTTCAAGGTACAAACCCAGGATGATGATGTTGTCACCACTGTCTCTTAATTTTGAATAATAGTTTCCTTTAATAGGAGTATTAGAGATAAGAAAGTATATGAAAATATACTGGAAATATTGGATTCTTGGAGAAAACTGTTCAGTCACAGATATATTCTTGCCTAGCAGTGAAGTGCCTTTATTTTCAGCATAGCAAATAAATATTAGACCTGTTCCAATTTGATCTACAATTTTTTTCTGTGTTTTTCACCAGATTGTACTCCTAAAACTTAACAGGCCATCACAAGCAATTGTCTTTTGTTTACAAGATTGATTTAATATGAGAGGATACAAAATGTCATCGTTATCCTCTCTTATGAACAACTGTAGTCAAAATAAGGTGGCACAATTTAATTGTTTTGTATCAGAAATACACTGACCCACCTTTTATTGAGTCCTGCCACATGTTAGGTACCGTGCTCTGCTGTGGAGACAGAGCAGTGACCCCAAGGAGCTCACGGTCCCTGAAGGAGGTGCTAGAGAAGAGACTTAGCTTCTGATACTGCCAATTTAATGTGAGAACATGGGGTATACTGCATCATTTCCATTTTCATCAATAACATATGTTTTATGCACCTTCTTTACCTGAAACTTACTAAGAATCTACCAGTAAACAAACATCCTGTCTTTTTGCAAGTATGAATCACTTAACCTGCTGATAGTTGAAGAACACTTTAGGAGTTTTGTATTCTTGTATATAGTTTATTTTTTCCATGTGCTAGCCAGGTAAAGATTACACAGTTCTTCTGGACTGTTAAATTGTGCATGGTTTTGGACCCCTTCTGCTCTACTACAGAGAGTGAAGAAGAAAGTATTAAAGCTCACTTTACCATTCCATATACTTACTAAAAGCCTGTGTAAACATGTCTTAATGAATGTTGTTGAAAGCAATGTAAATAGTTGAAAATATAAATTTATATTACAGTTTAAGAAAACCTTATGAGGCATCACTAGCCACTGTTAATATCTATTTGTATTCTTATACCTTTTCAATATATTTGAACAAATATAGTTTCTGGCACTATTTTTATACTAGGAAAAGGAGTTACTATGTATATTATGCTTAGCTTTTAAGGCATTTTAAATAACCATGAATGTTGATTTCATTACTTTCCTTTCCTCCATCACGAGAGTCATTTCAGATGACTCTTTCATGACAAAATCACTTTAAAGGAACACTTACCTCCGATTCCTGTATAAAGTCATGAGATGGTCAAGGTGGTTTTCCATTGTGCAAATTCTTCACCTGTCAGTGGTTTCCTCATTTTGCCATGCTTTGTAAAAATAAAAAGAATGATCAAGTAGGTATGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138735:ENST00000354960:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.130 A=NA C2=0.267
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0023314=PDEase_I=FE(11.3=100)
A:
NA
C2:
PF0023314=PDEase_I=PD(7.9=41.3)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development