HsaINT0127063 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000178209 | PLEC
Description
plectin [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9069]
Coordinates
chr8:143938631-143950876:-
Coord C1 exon
chr8:143950184-143950876
Coord A exon
chr8:143938693-143950183
Coord C2 exon
chr8:143938631-143938692
Length
11491 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGC
5' ss Score
7.16
3' ss Seq
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3' ss Score
10.35
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGAGCGGGATCGTGTGCAGAAGAAAACCTTCACCAAGTGGGTCAACAAGCACCTCATCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000178209:ENST00000322810:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.457 A=NA C2=0.051
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0350110=S10_plectin=WD(100=56.0)
A:
NA
C2:
PF0030726=CH=PU(12.9=61.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development