MmuINT1026982 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022565 | Plec
Description
plectin [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1277961]
Coordinates
chr15:76194751-76229497:-
Coord C1 exon
chr15:76229358-76229497
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr15:76194751-76194812
Length
34545 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACGG
5' ss Score
10.26
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
ATGAACGAGACCGTGTGCAGAAGAAAACTTTCACCAAGTGGGTCAACAAACACCTTATCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022565:ENSMUST00000074834:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.414 A=NA C2=0.125
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0030726=CH=PU(12.9=61.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types